Dexter Morgan, un analista forense di schizzi di sangue per la polizia di Miami Metro, vive segretamente come un serial killer che prende di mira solo altri assassini. In questa stagione, Dexter si confronta con questioni di fede e con il suo "Passeggero Oscuro" mentre cresce suo figlio, Harrison. Sua sorella, Debra Morgan, un'agente di polizia, viene promossa a Tenente, avvicinandola al mondo nascosto di Dexter.

Il conflitto centrale nasce con l'emergere dei "Killer dell'Apocalisse", Travis Marshall, un fanatico religioso, e il suo presunto mentore, il Professor Gellar. Essi commettono omicidi raccapriccianti, di ispirazione biblica, creando elaborate scene in tutta Miami. Dexter indaga, credendo inizialmente che Gellar sia la mente. Tuttavia, un colpo di scena scioccante rivela che il Professor Gellar è morto da tre anni, e Travis lo ha allucinato, rendendo Travis l'unico, delirante assassino. Man mano che gli atti di Travis si intensificano, egli rapisce Harrison per un sacrificio rituale finale.

Dexter affronta Travis, e alla fine lo uccide nella sua stanza degli omicidi. In un climax scioccante, Debra arriva sulla scena e assiste a Dexter che commette l'omicidio, lasciandola sbalordita e cambiando per sempre la loro relazione.

La stagione 6 di Dexter copre gli episodi 1-12. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 6, Episodio 1: Quelle Cose Lì - Dexter partecipa alla sua rimpatriata del liceo dopo 20 anni, prendendo di mira un ex compagno di classe che crede abbia assassinato sua moglie. Nel frattempo, Dexter affronta questioni spirituali mentre considera una scuola materna cattolica per Harrison. L'episodio si conclude con Dexter che uccide Joe Walker, e Debra che diventa un'eroina fermando un uomo armato.

Stagione 6, Episodio 2: C'era una volta... - Dexter conosce Fratello Sam, un ministro ed ex detenuto che gestisce un'officina per ex detenuti. A Debra viene inaspettatamente offerta una promozione a Tenente e una proposta di matrimonio da Quinn, che lei rifiuta. Dexter indaga su Fratello Sam, credendolo un assassino, ma alla fine prende di mira e uccide Julio Benes, un membro di una gang che ha minacciato Sam. Nel frattempo, Travis e il Professor Gellar preparano la loro prossima vittima del "Giorno del Giudizio".

Stagione 6, Episodio 3: Smokey and the Bandit - Dexter prende di mira Walter Kenney, un serial killer della sua gioventù conosciuto come "La Fatina dei Denti", che colleziona i denti delle sue vittime. Dexter affronta la propria mortalità e il potenziale futuro come killer anziano. Nel frattempo, Debra lotta con il suo nuovo ruolo di Tenente, affrontando le sfide di LaGuerta. L'episodio si conclude con Dexter che soffoca Kenney a morte, e Travis e Gellar che mostrano un inquietante tableau di una jogger assassinata legata a quattro cavalli, segnalando l'apocalisse.

Stagione 6, Episodio 4: Un cavallo di un altro colore - Dexter lotta con la fede dopo l'intervento chirurgico d'urgenza di Harrison. Nel frattempo, l'indagine sull'"Assassino dell'Apocalisse" si intensifica con un macabro tableau di quattro cavalli e cavalieri. Travis Marshall, manipolato da Gellar, partecipa a una trappola mortale che si conclude con la morte accidentale di una cameriera, che viene impalata da un collare chiodato. L'episodio si conclude con Dexter che mette in discussione le proprie convinzioni e la natura della fede.

Stagione 6, Episodio 5: L'angelo della morte - Dexter indaga sugli Assassini dell'Apocalisse, la cui ultima vittima è adornata con ali d'angelo. Sospetta che Travis Marshall, un impiegato del museo, sia coinvolto. Nel frattempo, Fratello Sam viene colpito da un aggressore sconosciuto. Dexter affronta Travis, che afferma che il Professor Gellar è la mente dietro tutto, ma Dexter scopre in seguito che Gellar è morto da tre anni e Travis lo sta allucinando. L'episodio si conclude con Dexter che risparmia Travis, con l'intenzione di usarlo per scoprire la verità.

Stagione 6, Episodio 6: Lascia Andare - Dexter indaga sulla sparatoria di Fratello Sam, scoprendo alla fine che Nick è stato il tiratore. Nonostante l'ultimo desiderio di Sam che Dexter perdoni Nick, Dexter annega Nick nell'oceano. L'episodio si conclude con Dexter che vede un'allucinazione del suo defunto fratello, Brian Moser, che applaude le sue azioni.

Stagione 6, Episodio 7: Nebraska - Dexter si reca in Nebraska dopo aver appreso che la famiglia del Trinity Killer è stata presa di mira. Affronta Jonah Mitchell, il figlio di Trinity, che confessa che sua sorella si è suicidata e che lui ha poi ucciso la loro madre in un impeto di rabbia. Dexter, influenzato dal fantasma di suo fratello Brian, alla fine risparmia Jonah, scegliendo di lasciarlo vivere con il suo senso di colpa. Dexter poi si allontana in auto, lasciandosi alle spalle l'influenza oscura di Brian.

Stagione 6, Episodio 8: Peccato di Omissione - Dexter usa gli insegnamenti di Fratello Sam per seguire indizi sull'Assassino dell'Apocalisse, mentre Debra si scontra con LaGuerta su un caso chiuso. Dexter affronta Travis, convincendolo ad aiutare a trovare Gellar facendo appello al "peccato di omissione". Gellar rapisce la sorella di Travis, Lisa, e la usa in un tableau, e Dexter scopre una chiesa abbandonata che funge da nascondiglio di Gellar, dove trova Travis incatenato. Gellar scappa, ma Travis, ora pienamente impegnato a fermarlo, accetta di aiutare Dexter.

Stagione 6, Episodio 9: Get Gellar - Dexter rintraccia Travis in una chiesa abbandonata, solo per scoprire il cadavere congelato del Professor Gellar in un congelatore, rivelando che Travis ha agito da solo e ha allucinato il suo mentore. Dexter si rende conto che Travis è il vero assassino. Nel frattempo, Debra affronta LaGuerta riguardo a un caso irrisolto, e si rivela che Louis Greene ha rubato delle prove.

Stagione 6, Episodio 10: Ricochet Rabbit - Dexter scopre che Travis è l'unico assassino, non Gellar, e che Gellar è semplicemente un'allucinazione. Dexter sfugge alla trappola di Travis e incastra Gellar per gli omicidi. Travis, con una coppia fanatica, rapisce Holly Benson e le taglia la gola, mentre Dexter affronta e uccide "Doomsday Adam" per legittima difesa. L'episodio si conclude con Dexter che realizza il potenziale di vittime di massa derivante dalle azioni di Travis.

Stagione 6, Episodio 11: Parla con la mano - Dexter sventa il tentativo di Beth di rilasciare gas tossico al Miami Metro, ma viene esposto lui stesso. Travis scappa dopo aver incapacitato Dexter e averlo lasciato su una barca predisposta per esplodere. Nel frattempo, Debra lotta con rivelazioni inquietanti del suo terapista sui suoi sentimenti per Dexter. Travis sfugge alla trappola di Dexter e crea un nuovo tableau, il "Lago di Fuoco", con Dexter a bordo di una barca che esplode, anche se Dexter sopravvive.

Stagione 6, Episodio 12: Così finisce il mondo - Nel finale di stagione, Dexter corre contro un'eclissi solare per fermare Travis, che ha rapito Harrison per un sacrificio rituale finale. Dexter affronta Travis in un grattacielo e, dopo una lotta, Dexter uccide Travis. Proprio mentre Dexter commette l'omicidio, Debra assiste all'atto, lasciandola sotto shock e cambiando irrevocabilmente il loro rapporto. Dexter viene successivamente salvato dall'oceano da una barca di passaggio.