Dexter Morgan, un analista forense di schizzi di sangue per la polizia di Miami Metro, vive segretamente una doppia vita come serial killer che prende di mira solo altri assassini, seguendo un codice rigoroso insegnatogli dal padre adottivo, Harry. Sua sorella, Debra Morgan, una detective, si sta ancora riprendendo da un'esperienza traumatica. La fidanzata di Dexter, Rita Bennett, è una madre single con due figli. In questa stagione, Dexter lotta con il suo impulso a uccidere dopo gli eventi della stagione precedente, mentre il suo collega, il sergente Doakes, diventa sempre più sospettoso di lui.

Il conflitto centrale si accende quando dei cacciatori di tesori scoprono un macabro cimitero sottomarino delle vittime passate di Dexter, portando a una massiccia indagine dell'FBI sul "Macellaio di Bay Harbor", guidata dall'agente speciale Frank Lundy. Per coprire le sue tracce con Rita, Dexter mente di avere una dipendenza dalla droga e partecipa alle riunioni dei Narcotici Anonimi, dove incontra Lila Tournay, la sua sponsor manipolatrice che si ossessiona rapidamente a lui. Il sergente Doakes, implacabile nella sua ricerca, scopre infine i trofei nascosti di vetrini di sangue di Dexter, confermando i suoi sospetti che Dexter sia il Macellaio di Bay Harbor. Dexter incapacita Doakes e lo imprigiona, ma un colpo di scena scioccante rivela che Harry si è suicidato a causa della vergogna di aver creato il "Passeggero Oscuro" di Dexter.

Nel climax, Lila rintraccia Dexter nel luogo in cui si trova Doakes, scopre il segreto di Dexter e poi uccide Doakes dando fuoco alla baita, incastrandolo come il Macellaio di Bay Harbor. Con Doakes ufficialmente identificato come l'assassino, il caso del Macellaio di Bay Harbor viene chiuso. Dexter si reca quindi a Parigi, dove affronta e uccide Lila, eliminando l'ultima persona che conosceva il suo segreto.

La stagione 2 di Dexter copre gli episodi 1-12. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 2, Episodio 1: È vivo! - Cinque settimane dopo aver ucciso suo fratello, Dexter lotta con il suo Oscuro Passeggero, trovandosi incapace di uccidere. La costante sorveglianza del sergente Doakes ostacola le opportunità di Dexter, e quando finalmente ne ha una, lascia andare il bersaglio. Nel frattempo, Debra torna al lavoro, ancora traumatizzata, e cercatori di tesori scoprono un macabro cimitero delle passate vittime di Dexter, portando all'indagine sul "Macellaio di Bay Harbor".

Stagione 2, Episodio 2: In Attesa di Esalare - Dexter lotta per ritrovare il suo istinto omicida e combatte con il senso di colpa per la morte di un testimone. Alla fine uccide Little Chino, ritrovando il suo "mojo". Nel frattempo, Rita affronta Dexter riguardo alla morte di Paul, portandolo a mentire di essere un tossicodipendente per coprire le sue azioni. L'agente dell'FBI Frank Lundy arriva per indagare sugli omicidi del "Macellaio di Bay Harbor".

Stagione 2, Episodio 3: Una scomoda bugia - Dexter partecipa agli incontri dei Narcotici Anonimi per coprire le sue tracce, portando Rita a sospettare di abuso di droghe. Prende di mira Roger Hicks, un venditore di auto collegato a degli omicidi. Dexter uccide Hicks, ma la sua partecipazione ai NA lo introduce a Lila, che diventa la sua sponsor e riconosce la sua natura ingannevole. Doakes osserva Dexter a un incontro dei NA, rafforzando i suoi sospetti.

Stagione 2, Episodio 4: Trasparente - Dexter tenta di spaventare la sua sponsor Lila mostrandole le vittime del Macellaio di Bay Harbor, ma lei sorprendentemente ammira l'assassino. Dopodiché distrugge le prove rompendo l'unità AC dell'obitorio, sciogliendo i cadaveri e potenzialmente esponendosi. Nel frattempo, Doakes è costretto a uccidere Curtis Barnes per legittima difesa, e la madre di Rita fa visita, percependo che Dexter nasconde qualcosa.

Stagione 2, Episodio 5: Il Difensore Oscuro - Dexter scopre che uno degli assassini di sua madre, Santos Jimenez, è vivo. Incoraggiato da Lila, Dexter affronta Jimenez, scoprendo che sua madre era un'informatrice e amante di Harry. Dexter picchia brutalmente Jimenez, lasciandolo incosciente. Nel frattempo, Debra lascia Gabriel, e la madre di Rita, Gail, decide di trasferirsi, sospettando che Dexter nasconda qualcosa. L'episodio si conclude con Dexter che pulisce la sua barca, ignaro di essere sorvegliato dalla polizia.

Stagione 2, Episodio 6: Dex, Bugie e Videotape - Un emulatore emerge, imitando il Macellaio di Bay Harbor, costringendo Dexter a eliminare l'imitatore. La relazione di Dexter con Rita implose dopo che lei scopre la sua relazione con Lila, portando alla loro rottura. Dexter inoltre corre contro il tempo per distruggere un video di sorveglianza che potrebbe smascherarlo.

Stagione 2, Episodio 7: Quella notte, crebbe una foresta - Dexter invia un manifesto fuorviante alla stampa per deviare le indagini sul Macellaio di Bay Harbor. Inoltre, sabota il sergente Doakes, portando a un brutale assalto di Doakes a Dexter per rappresaglia. Nel frattempo, Lila, disperata per l'attenzione di Dexter, incendia il suo stesso appartamento, un atto che Dexter inizia a sospettare abbia orchestrato lei. L'episodio si conclude con Dexter che lascia Rita e i bambini per occuparsi dell'"emergenza" di Lila.

Stagione 2, Episodio 8: Arriva il mattino - Dexter viene attaccato da Santos Jimenez, l'assassino di sua madre, che Lila ha orchestrato per affrontarlo. Dexter affronta Lila, rendendosi conto che ha organizzato l'attacco per tenerlo vicino, e la avverte di stare lontano da lui e Rita. Nel frattempo, Doakes scopre i trofei di vetrini di sangue di Dexter, confermando i suoi sospetti sul Macellaio di Bay Harbor. L'episodio si conclude con Dexter che rintraccia e uccide Jimenez con una motosega.

Stagione 2, Episodio 9: La resistenza è inutile - Dexter si ritrova inseguito dall'FBI, che sospetta che sia il Macellaio di Bay Harbor. Manipola la situazione, portandoli a credere che Doakes sia l'assassino. Nel frattempo, Doakes, avendo scoperto le diapositive di sangue di Dexter, lo affronta. Dexter mette fuori combattimento Doakes e lo imprigiona in una gabbia, preparando il terreno per un confronto disperato.

Stagione 2, Episodio 10: Qualcosa su Harry - Dexter affronta il signore della droga Jose Garza, consolidando Doakes come il principale sospettato per il Macellaio di Bay Harbor. Tuttavia, Doakes rivela un segreto devastante: Harry si è suicidato per la vergogna di aver addestrato Dexter. Questa rivelazione frantuma il mondo di Dexter, portandolo a capire che suo padre non poteva vivere con ciò che aveva creato.

Stagione 2, Episodio 11: Svolta Imminente - Dexter contempla di costituirsi dopo che Lila accusa falsamente Angel di stupro, portando alla sospensione di Angel. Doakes scappa dalla sua gabbia ma viene ricatturato da spacciatori di droga, costringendo lui e Dexter a cooperare. Lila scopre il GPS di Dexter, conducendola alla posizione di Doakes, e Dexter alla fine decide di non arrendersi alle autorità.

Stagione 2, Episodio 12: L'invasione britannica - Lila scopre Doakes imprigionato e apprende che Dexter è il Macellaio di Bay Harbor. Quindi uccide Doakes appiccando il fuoco alla baita, incastrandolo come l'assassino. Dexter si riconcilia con Rita, ma in seguito rintraccia Lila a Parigi e la uccide. Il caso del Macellaio di Bay Harbor è chiuso, con Doakes ufficialmente identificato come l'assassino.

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