Dexter Morgan è un analista di schizzi di sangue per la Miami Metro che vive segretamente una doppia vita come serial killer, dando la caccia ad altri assassini che sono sfuggiti alla giustizia. Questa stagione, Dexter uccide accidentalmente Oscar Prado, il fratello del Vice Procuratore Distrettuale Miguel Prado. Questo evento inaspettato costringe Dexter a una difficile alleanza con Miguel, mentre la sua ragazza, Rita, rivela di essere incinta, aggiungendo una nuova significativa complicazione alla sua vita.

Mentre Dexter dà la caccia allo spacciatore Freebo, viene scoperto da Miguel, che sorprendentemente ringrazia Dexter per aver vendicato suo fratello. Miguel rimane affascinato dal "passeggero oscuro" di Dexter e vuole partecipare alla sua giustizia vigilante. Dexter tenta di insegnare a Miguel il suo codice, ma la vera natura di Miguel emerge quando inizia a uccidere al di fuori delle regole di Dexter, in particolare assassinando l'avvocato Ellen Wolf. Questo rivela le intenzioni manipolatrici di Miguel, trasformando la loro alleanza in un pericoloso gioco del gatto e del topo. Dexter si rende conto che Miguel è una minaccia pericolosa e deve essere fermato.

La stagione culmina con Dexter che affronta e strangola Miguel Prado a morte, incastrando un altro killer, George King (conosciuto come "Lo Scorticatore"), per l'omicidio. Dexter riesce poi a uccidere George King dopo essere stato catturato e torturato. La stagione si conclude con Dexter che sposa Rita, apparentemente abbracciando una vita normale, anche se una goccia di sangue sull'abito da sposa di Rita allude alla sua duratura oscurità.

La stagione 3 di Dexter copre gli episodi 1-12. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 3, Episodio 1: Nostro Padre - Dexter uccide per errore Oscar Prado, il fratello del sostituto procuratore distrettuale Miguel Prado, mentre tenta di uccidere uno spacciatore di droga. Questo omicidio non pianificato porta Dexter a formare un'alleanza difficile con Miguel. Nel frattempo, Rita rivela a Dexter di essere incinta, aggiungendo una nuova e significativa complicazione alla sua vita.

Stagione 3, Episodio 2: A caccia di Freebo - Dexter dà la caccia allo spacciatore Freebo, responsabile della morte di Teegan. Dexter uccide con successo Freebo in un garage isolato, ma viene scoperto da Miguel Prado. Dexter afferma di aver agito per legittima difesa e Miguel, sorprendentemente, ringrazia Dexter per aver vendicato la morte di suo fratello. L'episodio si conclude con Dexter che si sbarazza del corpo di Freebo nell'oceano, mentre Rita decide di tenere il loro bambino.

Stagione 3, Episodio 3: Il leone si addormenta stasera - Dexter scopre un pedofilo, Nathan Marten, che fotografa Astor. Nonostante Marten non rientri nei soliti criteri, Dexter lo strangola a morte, affermando: "Nessuno fa del male ai miei figli". Dexter lotta anche con l'imminente paternità. L'episodio si conclude con Dexter che porta del latte a casa di Rita, le mette una mano sulla pancia e accetta il suo ruolo di padre.

Stagione 3, Episodio 4: Affari di famiglia - Dexter chiede a Rita di sposarlo, che inizialmente rifiuta ma alla fine accetta dopo che lui usa frasi di una donna disturbata che sta indagando. Dexter manipola il fratello instabile di Miguel, Ramon, spingendolo a un confronto aggressivo, isolando ulteriormente Miguel e consolidando il controllo di Dexter. Ramon viene dipinto come instabile e inaffidabile, e Dexter convince con successo Miguel che lui è l'unico su cui può contare.

Stagione 3, Episodio 5: Biminese per caso - Dexter rintraccia a Bimini un marito che ha assassinato due mogli per guadagno finanziario. Nel frattempo, Rita ha un'emergenza medica durante un'ecografia, spingendo Dexter a rivalutare le sue priorità. La manipolazione del "passeggero oscuro" di Dexter da parte di Miguel Prado si intensifica mentre Dexter si rende conto delle vere intenzioni di Miguel.

Stagione 3, Episodio 6: Sí Se Puede - Dexter mette alla prova l'impegno di Miguel verso il suo lato oscuro organizzando l'uccisione di un suprematista bianco, Clemson Galt. Nel frattempo, Debra sospetta che Ramon Prado sia "Lo Scorticatore", e Rita considera una nuova opportunità di carriera. L'episodio si conclude con Dexter che uccide con successo Galt da solo, realizzando che Miguel non è ancora pronto a condividere la sua uccisione, e con Miguel che realizza che Dexter lo ha ingannato.

Stagione 3, Episodio 7: Facile come una torta - Dexter è combattuto tra il suo codice e le sue amicizie. Fatica a conciliare il desiderio di Miguel di uccidere l'avvocato Ellen Wolf con le sue stesse regole. Nel frattempo, l'amica di Dexter, Camilla, malata terminale, gli chiede di porre fine alle sue sofferenze. Dexter alla fine pratica l'eutanasia a Camilla con una torta di lime avvelenata, e lei muore pacificamente, riconoscendo persino che Dexter aveva ragione a uccidere suo fratello. Dexter e Miguel si riconciliano, con Miguel che diventa il suo testimone di nozze.

Stagione 3, Episodio 8: Il danno che un uomo può fare - Dexter insegna con riluttanza a Miguel Prado il "Codice" per uccidere Billy Fleeter. Dopo che Dexter inietta Fleeter, Miguel lo pugnala e lo uccide, trovando l'atto esaltante. Nel frattempo, Debra scopre che il suo fidanzato informatore Anton è scomparso, rendendosi conto che è stato preso dallo Squartatore. Dexter chiede a Rita di sposarlo, regalandole un anello di fidanzamento.

Stagione 3, Episodio 9: A Proposito della Notte Scorsa - L'amicizia tra Dexter e Miguel si incrina mentre Rita lo affronta per un sospetto tradimento. Debra cerca freneticamente Anton, che si rivela essere stato rapito da "Lo Scorticatore". Dexter scopre che Miguel ha assassinato Ellen Wolf, e un esame del sangue conferma che Miguel ha usato sangue di mucca per ingannare Dexter, rivelando che Miguel lo ha manipolato fin dall'inizio. L'episodio si conclude con Dexter che realizza che Miguel è una minaccia pericolosa.

Stagione 3, Episodio 10: Segui la tua strada - La tesa alleanza tra Dexter e Miguel raggiunge un punto di rottura mentre si impegnano in un pericoloso gioco del gatto col topo. Miguel minaccia la carriera di Debra per manipolare Dexter, mentre Dexter reagisce esponendo la relazione di Miguel con LaGuerta a sua moglie, Sylvia. L'episodio culmina con Dexter che viene aggredito e rapito mentre contempla la sua prossima mossa contro Miguel.

Stagione 3, Episodio 11: Avevo un sogno - Dexter viene inaspettatamente rapito per il suo addio al celibato, solo per rendersi conto che ora deve eliminare il suo testimone, Miguel. LaGuerta sospetta del coinvolgimento di Miguel nell'omicidio di Ellen Wolf, spingendo Dexter a tendergli una trappola. Dexter affronta e strangola Miguel Prado a morte, incastrando lo Scorticatore per l'omicidio. Debra viene a sapere della relazione di suo padre con un informatore confidenziale e Dexter le chiede di essere il suo testimone.

Stagione 3, Episodio 12: Vuoi tu Dexter Morgan? - Dexter si prepara per il suo matrimonio con Rita mentre contemporaneamente affronta le conseguenze della morte di Miguel e una nuova minaccia da George King. Dexter riesce a uccidere George King dopo essere stato catturato e torturato. L'episodio si conclude con il matrimonio di Dexter e Rita, ignari di una goccia di sangue che cade dal gesso di Dexter sull'abito da sposa di Rita, preannunciando future oscurità.