Dexter Morgan ist ein Blutspurenanalyst für Miami Metro, der heimlich ein Doppelleben als Serienmörder führt und andere Mörder jagt, die der Gerechtigkeit entkommen sind. In dieser Staffel tötet Dexter versehentlich Oscar Prado, den Bruder des stellvertretenden Staatsanwalts Miguel Prado. Dieses unerwartete Ereignis zwingt Dexter zu einer unbehaglichen Allianz mit Miguel, während seine Freundin Rita offenbart, dass sie schwanger ist, was sein Leben um eine bedeutende neue Komplikation erweitert.

Als Dexter den Drogendealer Freebo jagt, wird er von Miguel entdeckt, der Dexter überraschenderweise dafür dankt, dass er seinen Bruder gerächt hat. Miguel ist fasziniert von Dexters „dunklem Begleiter“ und möchte an seiner Selbstjustiz teilhaben. Dexter versucht, Miguel seinen Kodex beizubringen, doch Miguels wahre Natur kommt zum Vorschein, als er beginnt, außerhalb von Dexters Regeln zu töten, insbesondere die Anwältin Ellen Wolf. Dies offenbart Miguels manipulative Absichten und verwandelt ihre Allianz in ein gefährliches Katz-und-Maus-Spiel. Dexter erkennt, dass Miguel eine gefährliche Bedrohung darstellt und gestoppt werden muss.

Die Staffel gipfelt darin, dass Dexter Miguel Prado konfrontiert und erwürgt, wobei er einen anderen Mörder, George King (bekannt als „Der Häuter“), für den Mord verantwortlich macht. Dexter gelingt es dann, George King zu töten, nachdem er gefangen genommen und gefoltert wurde. Die Staffel endet damit, dass Dexter Rita heiratet und scheinbar ein normales Leben führt, obwohl ein Bluttropfen auf Ritas Hochzeitskleid auf seine anhaltende Dunkelheit hindeutet.

Staffel 3 von Dexter umfasst die Episoden 1-12. Hier ist alles, was passiert ist:

Staffel 3, Episode 1: Unser Vater - Dexter tötet versehentlich Oscar Prado, den Bruder des stellvertretenden Bezirksstaatsanwalts Miguel Prado, während er versucht, einen Drogenhändler zu töten. Diese ungeplante Tötung führt dazu, dass Dexter eine unruhige Allianz mit Miguel eingeht. In der Zwischenzeit enthüllt Rita Dexter, dass sie schwanger ist, was eine bedeutende neue Komplikation in sein Leben bringt.

Staffel 3, Episode 2: Freebo finden - Dexter jagt den Drogenhändler Freebo, der für Teegans Tod verantwortlich ist. Dexter tötet Freebo erfolgreich in einer freistehenden Garage, wird aber von Miguel Prado entdeckt. Dexter behauptet Notwehr, und Miguel dankt Dexter überraschenderweise dafür, dass er den Tod seines Bruders gerächt hat. Die Episode endet damit, dass Dexter Freebos Leiche im Ozean entsorgt, während Rita beschließt, ihr Baby zu behalten.

Staffel 3, Episode 3: Der Löwe schläft heut Nacht - Dexter entdeckt einen Pädophilen, Nathan Marten, der Astor fotografiert. Obwohl Marten nicht den üblichen Kriterien entspricht, erwürgt er ihn, mit den Worten: "Niemand tut meinen Kindern weh." Dexter kämpft auch mit der bevorstehenden Vaterschaft. Die Episode endet damit, dass Dexter Milch zu Ritas Haus bringt, eine Hand auf ihren Bauch legt und seine Rolle als Vater akzeptiert.

Staffel 3, Episode 4: Alles in der Familie - Dexter macht Rita einen Heiratsantrag, den sie zunächst ablehnt, aber schließlich annimmt, nachdem er Zeilen einer verstörten Frau verwendet, die er untersucht. Dexter manipuliert Miguels unberechenbaren Bruder Ramon zu einer aggressiven Konfrontation, wodurch er Miguel weiter isoliert und Dexters Kontrolle festigt. Ramon wird als instabil und unzuverlässig dargestellt, und Dexter überzeugt Miguel erfolgreich davon, dass er der Einzige ist, auf den er sich verlassen kann.

Staffel 3, Episode 5: Turning Biminese - Dexter verfolgt einen Ehemann, der zwei Ehefrauen aus finanziellem Gewinn nach Bimini ermordet hat. Währenddessen erlebt Rita einen medizinischen Notfall während eines Ultraschalls, was Dexter dazu veranlasst, seine Prioritäten neu zu bewerten. Miguel Prados Manipulation von Dexters "dunklem Begleiter" eskaliert, als Dexter Miguels wahre Absichten erkennt.

Staffel 3, Episode 6: Sí Se Puede - Dexter testet Miguels Engagement für seinen dunklen Pfad, indem er arrangiert, dass sie gemeinsam einen weißen Rassisten, Clemson Galt, töten. Währenddessen vermutet Debra, dass Ramon Prado "Der Häuter" ist, und Rita erwägt eine neue Karrierechance. Die Episode endet damit, dass Dexter Galt erfolgreich allein tötet, wobei er erkennt, dass Miguel noch nicht bereit ist, seinen Kill zu teilen, und Miguel erkennt, dass Dexter ihn getäuscht hat.

Staffel 3, Episode 7: Einfach wie Kuchen - Dexter ist hin- und hergerissen zwischen seinem Kodex und seinen Freundschaften. Er hat Mühe, Miguels Wunsch, die Anwältin Ellen Wolf zu töten, mit seinen eigenen Regeln in Einklang zu bringen. In der Zwischenzeit bittet Dexters unheilbar kranke Freundin Camilla ihn, ihr Leiden zu beenden. Dexter euthanasiert Camilla schließlich mit einem vergifteten Limettenkuchen, und sie stirbt friedlich und erkennt sogar an, dass Dexter Recht hatte, seinen Bruder zu töten. Dexter und Miguel versöhnen sich, wobei Miguel sein Trauzeuge wird.

Staffel 3, Episode 8: Der Schaden, den ein Mann anrichten kann - Dexter bringt Miguel Prado widerwillig den "Kodex" bei, um Billy Fleeter zu töten. Nachdem Dexter Fleeter injiziert hat, ersticht und tötet Miguel ihn und findet den Akt berauschend. In der Zwischenzeit entdeckt Debra, dass ihr Informanten-Freund Anton vermisst wird, und erkennt, dass er vom Skinner entführt wurde. Dexter macht Rita einen Heiratsantrag und schenkt ihr einen Verlobungsring.

Staffel 3, Episode 9: Über die letzte Nacht - Dexters Freundschaft mit Miguel wird angespannt, als Rita ihn wegen vermuteter Untreue zur Rede stellt. Debra sucht verzweifelt nach Anton, der, wie sich herausstellt, von "The Skinner" entführt wurde. Dexter entdeckt, dass Miguel Ellen Wolf ermordet hat, und ein Bluttest bestätigt, dass Miguel Kuhblut benutzt hat, um Dexter zu täuschen, was enthüllt, dass Miguel ihn die ganze Zeit manipuliert hat. Die Episode endet damit, dass Dexter erkennt, dass Miguel eine gefährliche Bedrohung darstellt.

Staffel 3, Episode 10: Geh Deinen Eigenen Weg - Dexters und Miguels angespannte Allianz erreicht einen Wendepunkt, als sie sich in ein gefährliches Katz-und-Maus-Spiel verwickeln. Miguel bedroht Debras Karriere, um Dexter zu manipulieren, während Dexter sich rächt, indem er Miguels Affäre mit LaGuerta seiner Frau Sylvia offenbart. Die Episode gipfelt darin, dass Dexter überfallen und entführt wird, während er über seinen nächsten Schritt gegen Miguel nachdenkt.

Staffel 3, Episode 11: Ich hatte einen Traum - Dexter wird unerwartet für seinen Junggesellenabschied entführt und muss feststellen, dass er nun seinen Trauzeugen Miguel eliminieren muss. LaGuerta wird misstrauisch gegenüber Miguels Beteiligung an Ellen Wolfs Mord, was Dexter dazu veranlasst, eine Falle zu stellen. Dexter konfrontiert und erdrosselt Miguel Prado zu Tode, wobei er den Skinner des Mordes beschuldigt. Debra erfährt von der Affäre ihres Vaters mit einer Informantin, und Dexter bittet sie, sein Trauzeuge zu sein.

Staffel 3, Episode 12: Nimmst du Dexter Morgan? - Dexter bereitet sich auf seine Hochzeit mit Rita vor, während er gleichzeitig mit den Folgen von Miguels Tod und einer neuen Bedrohung durch George King zu kämpfen hat. Dexter schafft es, George King zu töten, nachdem er gefangen genommen und gefoltert wurde. Die Episode endet damit, dass Dexter und Rita heiraten, ohne zu bemerken, dass ein blutiger Tropfen von Dexters Gips auf Ritas Hochzeitskleid fällt, was auf zukünftige Dunkelheit hindeutet.