Atlantis, vor Tausenden von Jahren von den hochentwickelten Alten erbaut, ist die Heimatbasis einer Elite-Expedition von der Erde. Diese mutigen Militärkommandanten und Wissenschaftler springen durch das Stargate der Stadt, um die wunderbare Pegasus-Galaxie zu erkunden und gegen die hinterhältigen Wraith zu kämpfen, die die Kontrolle über Atlantis um jeden Preis anstreben.