Die erste Staffel von Stargate Atlantis startet eine menschliche Expedition in die Pegasus-Galaxie, wo sie die legendäre verlorene Stadt Atlantis entdecken. Angeführt von der zivilen Diplomatin Dr. Elizabeth Weir, gehören zum Team Major John Sheppard, ein Militäroffizier mit der seltenen genetischen Fähigkeit, Antiker-Technologie zu bedienen, und Teyla Emmagan, eine athosianische Anführerin, die zu einer wichtigen Verbündeten und Führerin in der neuen Galaxie wird. Ihr primäres Ziel ist es, Atlantis zu erkunden, seine fortschrittliche Technologie aufzudecken und einen Weg zu finden, in einer fernen Galaxie ohne sofortigen Heimweg zu überleben. Ihre Ankunft weckt jedoch versehentlich die Wraith, eine mächtige und parasitäre außerirdische Rasse, die sich von Menschen ernährt und zum furchterregendsten Feind der Expedition wird.

Die Staffel etabliert schnell die große Bedrohung durch die Wraith, während das Team die Herausforderungen ihres neuen Zuhauses meistert. Atlantis, ursprünglich untergetaucht, steigt an die Meeresoberfläche, aber seine Energiereserven sind kritisch niedrig. Frühe Begegnungen mit den Wraith sind brutal und führen zu dem schockierenden Moment, als Colonel Sumner von Sheppard getötet wird, um seine vollständige Verwandlung in einen Wraith zu verhindern. Die Expedition trifft auch auf andere menschliche Zivilisationen, wie die Genii, die zunächst als einfache Bauern erscheinen, sich aber als militaristische Gesellschaft entpuppen, die heimlich Waffen zur Bekämpfung der Wraith entwickelt. Ein gefährliches Hoffan-Medikament, das Immunität gegen die Wraith verleihen soll, erweist sich für diejenigen, die es einnehmen, als tragisch tödlich. Im Verlauf der Staffel werden die Absichten der Wraith klar: Sie planen, Atlantis zu überfallen und sein Stargate zu nutzen, um ein neues Nahrungsgebiet – die Erde – zu erreichen.

In einem verzweifelten Höhepunkt nähert sich eine massive Wraith-Flotte Atlantis und zwingt das Team, sich auf eine Belagerung vorzubereiten. Während der Vorbereitungen wird Dr. Peter Grodin getötet, als ein antiker Verteidigungssatellit überlastet. Da Verstärkung von der Erde unterwegs, aber noch Tage entfernt ist, entwickelt das Atlantis-Team einen riskanten Plan, die Stadt zu tarnen und die Wraith glauben zu lassen, sie sei zerstört worden, während sie sich auf den unvermeidlichen Angriff vorbereiten.

Staffel 1 von Stargate Atlantis umfasst die Episoden 1-20. Hier ist alles, was passiert ist:

Staffel 1, Episode 1: Aufstieg, Teil 1 - Dr. Weirs Team, einschließlich Major Sheppard, reist nach Atlantis in der Pegasus-Galaxie, eine Einwegreise. Sie entdecken, dass die Stadt unter Wasser liegt und an Energie verliert. Sheppards Fähigkeit, antike Technologie zu nutzen, wird entscheidend. Das Team trifft auf die Athosianer und weckt dabei unbeabsichtigt die Wraith. Die Episode endet damit, dass das Team gestrandet ist und einer ungewissen Zukunft gegenübersteht.

Staffel 1, Episode 2: Aufstieg, Teil 2 - Das Atlantis-Team wird zusammen mit gefangenen Athosianern von den Wraith gefangen genommen. Sheppard, Ford und Teyla entkommen, um sie zu retten. Colonel Sumner wird von Sheppard getötet, nachdem er in einen Wraith verwandelt wurde. Atlantis steigt an die Meeresoberfläche, als sein Schild versagt. Die Episode endet damit, dass sich die Athosianer in Atlantis niederlassen.

Staffel 1, Folge 3: Verstecken und Suchen - Während McKay Becketts Gentherapie testet und in einem persönlichen Schutzschild gefangen wird, setzt ein athosisches Kind versehentlich eine Schattenkreatur frei. Die Kreatur ernährt sich von Atlantiss Energie und verursacht Fehlfunktionen. Das Team lockt die Entität durch das Sternentor zu einem unbewohnten Planeten.

Staffel 1, Episode 4: Achtunddreißig Minuten - Während der Rückkehr von einem Wraith-Planeten wird Sheppard von einem Iratus-Käfer angegriffen. Das Puddle Jumper des Teams bleibt im Stargate stecken, wodurch ihnen nur noch 38 Minuten bleiben, bevor sich das Tor abschaltet. Teyla begleitet Sheppards Körper in das Wurmloch. McKay und Zelenka arbeiten daran, die Schubdüsen des Jumpers manuell einzufahren. Ford dekomprimiert den Jumper und drückt ihn durch das Tor.

Staffel 1, Episode 5: Verdacht - Nach wiederholten Wraith-Hinterhalten vermutet Weir einen Verräter unter den Athosianern. Die Spannungen steigen, als Weir die Athosianer festhält und verhört, was zu Hallings Empörung und einer Massenflucht führt. Sheppard entdeckt einen Wraith-Sender, der in Teylas Halskette versteckt ist, und entlastet damit die Athosianer. Ein Wraith wird gefangen genommen, was auf zukünftige Konflikte hindeutet.

Staffel 1, Episode 6: Kindheitstraum - Das Atlantis-Team stürzt auf einem Planeten ab, dessen Bewohner sich im Alter von 25 Jahren rituell das Leben nehmen, um den Wraith zu entgehen. McKay entdeckt einen antiken elektromagnetischen Schild, der sie schützt und von einem ZPM angetrieben wird. Er deaktiviert ihn und alarmiert unwissentlich die Wraith. Das Team reaktiviert den Schild und überzeugt den Anführer, Keras, die traditionellen Opfergaben zu überdenken. Das Team bricht auf und überlässt die Dorfbewohner einer ungewissen Zukunft, frei von dem obligatorischen Selbstmordritual.

Staffel 1, Episode 7: Vergiftete Quelle - Das Atlantis-Team trifft auf die Hoffaner, die ein Medikament entwickeln, um immun gegen die Wraith zu werden. Dr. Beckett unterstützt sie, doch die Hoffaner stürzen sich in menschliche Versuche. Trotz einer Sterblichkeitsrate von 50 % entscheiden sie sich, ihr Volk zu impfen. Das Medikament erweist sich als wirksam gegen die Wraith, aber auch als tödlich, was zu weit verbreiteter Krankheit führt. Die Episode endet mit der Erkenntnis, dass die Hoffaner-Bevölkerung aufgrund der Nebenwirkungen des Medikaments einer düsteren Zukunft gegenübersteht.

Staffel 1, Episode 8: Unter der Erde - Das Atlantis-Team, das mit Nahrungsmittelknappheit konfrontiert ist, verhandelt mit den Genii, scheinbar einfachen Bauern. Sie entdecken jedoch, dass die Genii eine militaristische Gesellschaft sind, die heimlich Atomwaffen entwickelt, um gegen die Wraith zu kämpfen. Während einer Mission zur Sammlung von Wraith-Daten wird Tyrus von einem Wraith getötet, und Teyla lässt ihn zurück. Die Allianz zerfällt nach gegenseitigen Verraten, wobei das Team wertvolle Wraith-Informationen erhält.

Staffel 1, Episode 9: Heimkehr - Das Atlantis-Team entdeckt einen Planeten mit einer energiereichen Atmosphäre und nutzt diese, um die Erde anzuwählen. Sie kehren nach Hause zurück, doch seltsame Vorkommnisse enthüllen, dass es sich um eine Illusion handelt, die von Energie-Wesen erschaffen wurde, welche getötet werden, wenn das Gate aktiviert wird. Das Team kehrt nach Atlantis zurück, ihre Hoffnungen auf Rettung zerschlagen, als sie von einem Unfall erfahren, der den Hyperantrieb der Prometheus zerstörte.

Staffel 1, Episode 10: Der Sturm - Als ein gewaltiger Hurrikan Atlantis bedroht, plant das Team die Evakuierung. McKay und Zelenka entwickeln einen riskanten Plan, um die Energie des Sturms zu nutzen, um die Schilde der Stadt mit Strom zu versorgen. Die Genii, angeführt von Kolya, infiltrieren Atlantis und nehmen Weir und McKay gefangen. Sheppard muss die Genii aufhalten und Atlantis vor der Invasion retten, bevor der Sturm eintrifft. Die Episode endet mit Weir und McKay als Geiseln.

Staffel 1, Episode 11: Das Auge - Mit einem gewaltigen Sturm, der sich Atlantis nähert, erobern Commander Kolya und seine Genii-Soldaten die Stadt und nehmen Weir und McKay als Geiseln. Sheppard führt einen Ein-Mann-Krieg und sabotiert die Stadt, um die Genii-Streitkräfte zu spalten. Sheppard aktiviert den Tor-Schild und tötet Genii-Verstärkungen. Kolya wird erschossen und fällt durch das Sternentor. Der Sturm lässt nach und Atlantis ist gerettet.

Staffel 1, Folge 12: Der Trotzige - Sheppards Team untersucht ein abgestürztes Wraith-Schiff und entdeckt einen ruhenden Wraith, der Dr. Abrams tötet und sich von Dr. Gall ernährt. Der Wraith übernimmt die Kontrolle über ihren Jumper, aber Sheppard lockt ihn mit McKays Hilfe heraus. Lt. Ford trifft ein und zerstört den Wraith mit einem Drohnenangriff.

Staffel 1, Episode 13: Gefahrenzone - Nach einem Sturm entdeckt ein Erkundungsteam ein Labor, in dem ein tödlicher Naniten-Virus freigesetzt wird, der Halluzinationen und Tod verursacht. Eine stadtweite Quarantäne wird eingeleitet. Sheppard und Teyla verfolgen in Schutzanzügen eine infizierte Person. Um den Virus auszurotten, zündet Sheppard einen Naquadah-Generator über Atlantis. Der Nanovirus wird ausgelöscht, und die Stadt kehrt zum Normalzustand zurück.

Staffel 1, Episode 14: Sanctuary - Das Atlantis-Team stößt auf einen scheinbar Wraith-freien Planeten, der durch ein mysteriöses Energiefeld geschützt wird. Sie entdecken eine prätechnologische Gesellschaft, die von der Priesterin Chaya angeführt wird, die heimlich eine aufgestiegene Antike ist. Chaya lehnt es ab, Außenstehenden Zuflucht zu gewähren, besucht aber Atlantis und knüpft eine Verbindung zu Sheppard. Schließlich kehrt Chaya auf ihren Planeten zurück, um ihn vor einem Wraith-Angriff zu verteidigen, und offenbart ihre wahre Natur und Macht.

Staffel 1, Episode 15: Bevor ich schlafe - Das Atlantis-Team entdeckt eine ältere Frau im Kälteschlaf, die sich als Dr. Weir aus einer alternativen Zeitlinie herausstellt. Sie erzählt von einer katastrophalen Ankunft, bei der Atlantis überflutet wurde, was zu vielen Todesfällen führte. Weir reiste in die Vergangenheit, um Ereignisse zu ändern, aber stirbt in der Gegenwart. Die junge Weir verstreut daraufhin die Asche ihrer älteren Selbst über der Stadt.

Staffel 1, Episode 16: Die Bruderschaft - Sheppards Team sucht auf Dagan nach einem ZPM und trifft auf die Genii und eine lokale Bruderschaft. Sie lösen ein Rätsel, aber Koljas Team erleidet einen Verlust. Die Bruderschaft, angeführt von Allina, offenbart, dass sie das ZPM nicht aufgeben werden, da sie glauben, es beschützen zu müssen, bis die Antiker zurückkehren. Ein Wraith-Dart scannt Atlantis.

Staffel 1, Episode 17: Briefe von Pegasus - Angesichts einer nahenden Wraith-Flotte bereitet das Atlantis-Team einen Datenburst zur Erde vor, der persönliche Nachrichten enthält. Sheppard und Teyla erkunden die Wraith und versprechen dem Dorf von Orin Hilfe, können aber deren Sicherheit nicht garantieren. Das Team nimmt herzliche Botschaften auf. Die Episode endet mit der erfolgreichen Übertragung zur Erde, einem nachdenklichen Abschied, während Atlantis sich auf den bevorstehenden Wraith-Angriff vorbereitet.

Staffel 1, Episode 18: Das Geschenk - Teyla wird von Albträumen geplagt und entdeckt, dass sie Wraith-DNA hat, die auf alten Experimenten an ihren Vorfahren beruht. Dies gibt ihr eine mentale Verbindung zu den Wraith. Während sie versucht, Informationen zu sammeln, übernimmt ein Wraith die Kontrolle über Teyla und enthüllt ihren Plan, die Erde zu überfallen. Die Episode endet mit der Erkenntnis, dass die Wraith auf dem Weg nach Atlantis sind, um ein neues Jagdgebiet zu erreichen: die Erde.

Staffel 1, Episode 19: Die Belagerung, Teil 1 - Als Wraith-Schwarmflotten sich Atlantis nähern, versucht McKays Team, eine antike Satellitenwaffe wieder zu aktivieren. Teyla sieht sich mit Misstrauen konfrontiert. Grodin wird getötet, als der Satellit überlastet. Weir leitet die Selbstzerstörung ein. Ein Wraith-Infiltrator, Bob, wird entdeckt. Die Episode endet damit, dass sich Atlantis auf den unvermeidlichen Wraith-Angriff vorbereitet.

Staffel 1, Episode 20: Die Belagerung, Teil 2 - Als die Wraith näher rücken, bereitet sich Atlantis auf die Evakuierung vor und aktiviert die Selbstzerstörung. Verstärkung von der Erde trifft ein, angeführt von Colonel Everett, aber die Situation bleibt angespannt. Das Team wendet sich an die Genii um Hilfe und sichert Atomwaffen. Schließlich planen sie, die Stadt zu tarnen, nachdem sie eine Atombombe über ihr gebeamt haben, um die Wraith glauben zu machen, Atlantis sei zerstört.