Stargate Universe folgt einer Gruppe von Soldaten, Wissenschaftlern und Zivilisten, die sich selbst überlassen sind, als sie durch ein Stargate gezwungen werden, als ihre geheime Basis angegriffen wird. Die verzweifelten Überlebenden finden sich an Bord eines alten Raumschiffs wieder, das auf einem unbekannten Kurs gefangen ist und nicht zur Erde zurückkehren kann. Angesichts der grundlegenden Bedürfnisse nach Nahrung, Wasser und Luft muss die Gruppe die Geheimnisse des Stargates des Schiffs entschlüsseln, um zu überleben. Die Gefahren, Abenteuer und Hoffnungen, die sie an Bord der Destiny finden, werden die Helden und Schurken unter ihnen offenbaren.