Haven è una città misteriosa dove afflizioni soprannaturali, note come "Troubles" (Problemi), si manifestano regolarmente, causando caos e pericolo. L'agente dell'FBI Audrey Parker arriva a Haven e scopre presto di avere una profonda e inspiegabile connessione con la città e i suoi ricorrenti Problemi. Collabora con il detective locale Nathan Wuornos, immune ai Problemi, e si trova spesso in disaccordo con Duke Crocker, un affascinante contrabbandiere la cui stirpe familiare è maledetta dai Problemi. L'obiettivo principale di Audrey è comprendere la sua vera identità e il mistero del "Colorado Kid", una figura del suo passato, cercando anche di impedire che i Problemi distruggano Haven.

In questa stagione, Audrey scopre una verità sconvolgente: è una figura ricorrente che appare a Haven ogni 27 anni per fermare i Problemi, solo per scomparire quando si verifica un evento celeste chiamato "il Cacciatore". La ricerca del Colorado Kid si intensifica quando la sua tomba viene trovata vuota, suggerendo che potrebbe essere ancora vivo. Emerge una nuova minaccia sotto forma del "Killer della Pistola a Bulloni", che prende di mira individui affetti dai Problemi. Nathan e Duke vengono inaspettatamente rimandati al 1955, dove Nathan si innamora di "Sarah", una precedente identità di Audrey. Successivamente, il Killer della Pistola a Bulloni si rivela essere una mutaforma di nome Arla Cogan, la moglie del Colorado Kid, che manipola gli eventi per costringere Audrey a entrare in un misterioso fienile.

Mentre la stagione culmina, Audrey affronta una scelta impossibile. Per porre fine al ciclo dei Problemi che affliggono Haven, deve entrare nel fienile, un sacrificio che significa la sua scomparsa. Audrey entra nel fienile, apparentemente sacrificandosi per fermare i Problemi, e Duke scompare nel fienile mentre questo svanisce. Haven è lasciata ad affrontare la distruzione di un'imminente tempesta di meteoriti, lasciando Nathan solo in mezzo al caos.

La stagione 3 di Haven copre gli episodi 1-13. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 3, Episodio 1: 301 - Audrey è tenuta prigioniera da un uomo misterioso che chiede informazioni sul Colorado Kid. Nel frattempo, Haven è afflitta da bizzarri fenomeni alieni, e il conflitto tra Nathan e Duke si intensifica. La tomba del Colorado Kid viene trovata vuota, e Audrey scopre un messaggio criptico scritto di suo pugno 27 anni prima, che suggerisce che il Colorado Kid potrebbe essere ancora vivo.

Stagione 3, Episodio 2: Resta - Una misteriosa afflizione fa trasformare le persone in uomini nudi e ringhianti. Audrey e Nathan indagano, scoprendo che le trasformazioni sono legate al cane di un contadino. L'episodio rivela che il "Cacciatore" è una tempesta di meteoriti che si verifica ogni 27 anni, e le personalità passate di Audrey scompaiono durante essa. Audrey scopre di avere solo due mesi prima della prossima tempesta.

Stagione 3, Episodio 3: L'agricoltore - Una serie di raccapriccianti omicidi, in cui alle vittime vengono rimossi gli organi, porta Audrey e Nathan a un individuo problematico di una clinica locale per la fertilità. Il "Disturbo" di questo individuo causa il fallimento dei suoi organi, costringendolo a prelevarli dai membri della famiglia. Duke è costretto a uccidere l'uomo problematico, ponendo fine al ciclo di prelievo di organi. Nel frattempo, Audrey lotta con la sua imminente scomparsa a causa della pioggia di meteoriti del Cacciatore.

Stagione 3, Episodio 4: Over My Head - Mentre misteriosi annegamenti affliggono Haven, Audrey indaga su una serie di morti legate all'oceano, sospettando un legame con l'elusivo Bolt Gun Killer. Nel frattempo, Audrey vive un potente flashback del giorno in cui il Colorado Kid è morto, innescato dal suo medaglione. L'episodio si conclude con Audrey e Duke che lavorano per localizzare Daphne, intrappolata in un'auto mentre la marea sale, e Audrey che si rende conto che Daphne potrebbe essere il collegamento tra le vittime.

Stagione 3, Episodio 5: Doppio Rischio - Una misteriosa donna in bianco inizia ad attaccare brutalmente i criminali a Haven. Duke Crocker è nel mirino, e Audrey sospetta che questa "donna in bianco" sia collegata ad altri recenti crimini violenti. L'episodio si conclude con la rivelazione che l'aggressore è un individuo Troubled che può frantumarsi in gesso se ferito, e l'assassino con la pistola a bulloni viene mostrato mentre cuce parti del corpo, implicando una nuova e terrificante creazione.

Stagione 3, Episodio 6: Real Estate - Attirati in una famigerata casa infestata ad Halloween, Audrey, Nathan, Duke e altri rimangono intrappolati. Lo spirito malevolo della casa, Roland Holloway, li costringe a confrontare le loro paure e l'un l'altro. Chad viene trovato morto, e più tardi, Tina viene impalata, mentre la casa manipola gli eventi, portando infine alla sua distruzione tramite una bomba.

Stagione 3, Episodio 7: Magic Hour (1) - Mentre Audrey e Duke indagano sui genitori del Colorado Kid in Colorado, Nathan e Tommy si occupano di un "problema" a Haven dove i morti vengono resuscitati a pagamento. Rica Hamilton viene uccisa da un'auto, solo per essere miracolosamente rianimata, ma poi Noelle viene sparata e uccisa da Tommy. L'episodio finisce con Audrey che trova Nathan apparentemente morto.

Stagione 3, Episodio 8: Magic Hour (2) - Audrey e Duke fanno squadra con l'assassino che stanno braccando per salvare Nathan, che è in condizioni critiche. Corrono per trovare una donna con il potere di resuscitare i morti. Nel frattempo, i Teague scoprono che il Killer della Pistola a Bulloni li ha manipolati e rintracciano l'assassino fino al suo vero bersaglio. L'episodio si conclude con la vita di Nathan in bilico mentre cercano disperatamente il tocco della resurrezione.

Stagione 3, Episodio 9: Sarah - Duke e Nathan vengono rimandati nel 1955, dove le azioni di Duke per salvare suo nonno alterano inavvertitamente la linea temporale. Nel passato, Nathan sviluppa sentimenti per Sarah, un'identità precedente di Audrey. L'episodio si conclude con Sarah che uccide il nonno di Duke per legittima difesa, e Audrey che si rende conto delle terribili conseguenze del loro intromettersi nel tempo.

Stagione 3, Episodio 10: Bruciato - Audrey e Nathan indagano su un corpo bruciato, solo per scoprire che si tratta di Tommy, ma il vero Tommy è morto settimane fa. Incontrano Ginger, una ragazza con abilità di controllo mentale, che rivela le intenzioni manipolative della Guardia. L'assassino della pistola a bulloni si rivela essere un mutaforma, e Jordan tenta di rapire Ginger, portando al suo arresto. L'episodio si conclude con Audrey che si rende conto di dover entrare nel fienile per porre fine ai guai.

Stagione 3, Episodio 11: Ultimi Addii - Audrey si sveglia e scopre che tutta Haven è in un sonno profondo, tranne un uomo che soffre di amnesia. Scopre che è stato lui a causare involontariamente il coma che ha colpito tutta la città, quando la sua paura di morire ha scatenato il suo Trouble. Per salvare tutti, deve essere riportato nel suo coma, il che porta a il suo sacrificio per porre fine all'incoscienza di massa. L'episodio rivela anche che Claire Callahan era una pelle usata dal Bolt Gun Killer.

Stagione 3, Episodio 12: Reunion - Un assassino prende di mira i partecipanti alla riunione del liceo di Nathan, facendoli regredire alla loro adolescenza prima di ucciderli. Lo Skinwalker si rivela essere Arla Cogan, la moglie del Colorado Kid, che cerca l'aiuto di Audrey per raggiungere il fienile. La vera identità e il movente di Arla vengono smascherati, e lei viene arrestata dai fratelli Teague. L'episodio si conclude con Audrey che affronta l'imminente arrivo del fienile.

Stagione 3, Episodio 13: Thanks for the Memories - Mentre una pioggia di meteoriti minaccia Haven, Audrey, Nathan e Duke affrontano il Killer della Pistola a Bulloni e il destino imminente di Audrey. James Cogan, rivelato essere il figlio di Nathan con Sarah, viene portato al fienile da Arla. Audrey entra nel fienile, sacrificandosi per porre fine ai guai, e Duke scompare nel fienile mentre questo svanisce. L'episodio si conclude con Haven che affronta la distruzione a causa della pioggia di meteoriti, lasciando Nathan da solo.