La seconda stagione di Haven trascina Audrey Parker, un'agente dell'FBI determinata a indagare su afflizioni soprannaturali, in una città dove strani eventi, noti come "Troubles", sono all'ordine del giorno. Lavora al fianco di Nathan Wuornos, un poliziotto che non sente dolore, e Duke Crocker, un uomo dal passato misterioso. Il conflitto centrale della stagione ruota attorno alla ricerca di Audrey di comprendere e controllare questi Troubles, mentre scopre anche la verità sulla sua stessa identità e sul suo legame con Haven.

La stagione è segnata da scioccanti rivelazioni e pericolosi incontri. Appare una seconda Audrey Parker, portando alla scoperta che l'Audrey originale è in realtà un individuo afflitto con ricordi impiantati. Ian Haskell, che ruba le afflizioni, viene ucciso dopo aver tentato di distruggere Haven. Più tardi, i ricordi di Audrey vengono cancellati da un misterioso edificio. Lori viene elettrocutata dai suoi stessi poteri, e Chris si trasforma in una statua. Evi Ryan viene colpita mortalmente durante un blocco della stazione di polizia. Audrey uccide il Reverendo Driscoll per proteggere Duke. La stagione culmina con Audrey che scopre di essere Lucy Ripley, una precedente iterazione di se stessa, e Kyle Hopkins si suicida per porre fine ai disturbi soprannaturali.

La stagione si conclude con Haven intrappolata in una cupola invisibile, causando la scomparsa dei residenti. Audrey riesce a liberare la città, riportando tutti, ma gli eventi vengono dimenticati dai residenti.

La stagione 2 di Haven copre gli episodi 1-13. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 2, Episodio 1: Una storia di due Audrey - L'episodio si apre con l'arrivo di una seconda Audrey Parker, che afferma di essere un'agente dell'FBI e possiede molti dei ricordi dell'Audrey originale. Mentre piaghe bibliche piombano su Haven, causate da un uomo di nome T.J. il cui potere manifesta ciò che legge, le due Audrey lavorano insieme. Viene rivelato che l'"altra" Audrey è la vera Audrey Parker, mentre l'Audrey originale è la Troubled con ricordi impiantati. L'episodio si conclude con la vera Audrey che protegge l'Audrey impostora dal loro presunto capo dell'FBI, che si rivela provenire dalla realtà dell'impostora.

Stagione 2, Episodio 2: Paura e disgusto - Gli abitanti di Haven sono tormentati dalle loro peggiori paure che si manifestano visivamente, un fenomeno legato al furto di afflizioni da parte di Ian Haskell. Nathan Wuornos recupera il senso del tatto, e Ian viene ferito mortalmente da Nathan dopo aver tentato di distruggere Haven con una lavagna magica, ma prima di morire trasferisce l'afflizione di Jackie a quest'ultimo.

Stagione 2, Episodio 3: Love Machine - Audrey e Nathan indagano sui moli di Haven, che hanno iniziato ad attaccare le persone. Scoprono che un uomo di nome Louis Pufahl, che ripara macchine, ha involontariamente causato questo "Disturbo" infondendo loro un affetto ossessivo. Halsey viene uccisa dalle macchine possedute, e la fidanzata di Louis, Marcia, viene presa di mira. L'episodio si conclude con Audrey che trova un misterioso edificio che cancella i suoi ricordi, lasciandola con l'amnesia.

Stagione 2, Episodio 4: Scintille e Ricreazione - La moglie del sindaco Brody, Felicia, usa una donna di nome Lori, in grado di incanalare l'elettricità, per ucciderlo. Audrey indaga sulla morte del sindaco, scoprendo che la sua afflizione faceva sì che le persone lo adorassero. Chris, il figlio del sindaco, eredita l'afflizione del padre, e Audrey inizia a sviluppare un legame con lui. L'episodio si conclude con Lori che viene elettrocutata dai propri poteri, e Chris che soccombe alla sua afflizione ereditaria, trasformandosi in una statua.

Stagione 2, Episodio 5: Radici - Mentre partecipa a un matrimonio, Audrey scopre che un invitato può controllare le piante. Il matrimonio si trasforma in una trappola mortale mentre le radici eruttano dal terreno, inghiottendo la tenuta e intrappolando i partecipanti, inclusi Audrey, Chris, Duke ed Evi. Anche Nathan, Vince e Dave rimangono intrappolati dalla flora aggressiva. L'episodio si conclude con la rivelazione che l'odio radicato della famiglia ha causato la reazione delle piante, e l'amore viene suggerito come soluzione.

Stagione 2, Episodio 6: Il giorno libero di Audrey Parker - Audrey scopre di rivivere lo stesso giorno, con un amico diverso che muore ogni volta. La causa è un uomo con disturbo ossessivo-compulsivo la cui colpa per la morte della figlia innesca un loop temporale. Alla fine si sacrifica per rompere il ciclo, ma Audrey rimane distrutta dal fatto di non essere riuscita a salvarlo.

Stagione 2, Episodio 7: Le maree che legano - Un misterioso annegamento porta Audrey e Nathan alla reclusa famiglia Glendower, che possiede un "Disturbo" unico che richiede loro di trascorrere lunghi periodi sommersi nell'acqua. Viene rivelato che Cole Glendower ha ucciso Leith Glendower per proteggere il segreto di Gwen/Penny. L'episodio si conclude con gli uomini Glendower, incluso un giovane Daniel, che abbracciano la loro natura acquatica e migrano verso il mare, lasciandosi alle spalle il mondo umano.

Stagione 2, Episodio 8: Friend or Faux - Un mite impiegato di banca, Cornell Stamoran, genera copie più oscure e squilibrate di sé stesso. Questi cloni hanno l'intenzione di uccidere Henry, un giovane testimone dell'appropriazione indebita e dell'omicidio del suo capo da parte di Stamoran. Audrey convince un clone a uccidere lo Stamoran originale, ponendo fine al ciclo di copie. L'episodio si conclude con Nathan che affronta un potenziale licenziamento dalla sua posizione di capo della polizia a causa di prove fabbricate contro di lui.

Stagione 2, Episodio 9: Lockdown - Una misteriosa infezione si diffonde nella stazione di polizia di Haven, costringendo a un lockdown con Audrey e Nathan intrappolati all'interno. Sospettano una causa soprannaturale, non una semplice epidemia. Evi Ryan viene colpita mortalmente mentre cerca di aiutare, e l'episodio si conclude con la rivelazione che il capo Merrill era in contatto con Driscoll, indicando una complicità più profonda.

Stagione 2, Episodio 10: Chi, Cosa, Dove, Wendigo? - Un adolescente scompare nei boschi, portando Audrey e Nathan a indagare su una leggenda locale di un Wendigo. Scoprono che i "Wendigo" sono due giovani ragazze con afflizioni cannibalistiche. Audrey uccide il Reverendo Driscoll per proteggere Duke e le ragazze. L'episodio si conclude con le ragazze prese in custodia protettiva e Duke che lamenta la perdita di una potenziale fonte di informazioni sul suo passato.

Stagione 2, Episodio 11: Business as Usual - Audrey e Nathan indagano su una serie di bizzarri omicidi in cui le vittime vengono mummificate. Duke scopre un scioccante segreto sulla sua stirpe che potrebbe alterare il suo futuro, mentre Audrey affronta una figura del suo passato, portando a una rivelazione sorprendente sulla sua stessa identità. L'episodio si conclude con queste significative scoperte personali sia per Duke che per Audrey.

Stagione 2, Episodio 12: Peccati dei padri - Fantasmi del passato sorgono a Haven, cercando vendetta e rivelando segreti. Bill spara e uccide accidentalmente Sheila, credendo di salvarla da Arlo, suo marito defunto, che sta orchestrando l'evento. Audrey scopre di essere Lucy Ripley, un'iterazione passata di se stessa. L'episodio si conclude con Kyle Hopkins che si suicida per fermare i disturbi soprannaturali, facendo svanire i fantasmi.

Stagione 2, Episodio 13: Notte Silenziosa - Un episodio a tema natalizio ambientato a luglio, Audrey scopre che Haven è intrappolata in una cupola invisibile, causando la scomparsa e l'oblio dei residenti. Una ragazza tormentata, ossessionata da un carillon a forma di globo di neve, è la responsabile. Audrey la convince a liberare la città, ripristinando tutti coloro che sono scomparsi, ma nessuno ricorda gli eventi.