Haven est une ville mystérieuse où des afflictions surnaturelles, connues sous le nom de "Troubles", se manifestent régulièrement, causant chaos et danger. L'agent du FBI Audrey Parker arrive à Haven et découvre bientôt qu'elle a un lien profond et inexpliqué avec la ville et ses Troubles récurrents. Elle s'associe au détective local Nathan Wuornos, immunisé contre les Troubles, et se retrouve souvent en conflit avec Duke Crocker, un charmant contrebandier dont la lignée familiale est maudite par les Troubles. L'objectif principal d'Audrey est de comprendre sa véritable identité et le mystère du "Colorado Kid", une figure de son passé, tout en essayant d'empêcher les Troubles de détruire Haven.

Cette saison, Audrey découvre une vérité choquante : elle est une figure récurrente qui apparaît à Haven tous les 27 ans pour arrêter les Troubles, pour ensuite disparaître lorsqu'un événement céleste appelé le "Chasseur" se produit. La recherche du Colorado Kid s'intensifie lorsque sa tombe est retrouvée vide, suggérant qu'il pourrait être encore en vie. Une nouvelle menace émerge sous la forme du "Tueur au pistolet à clous", qui cible les personnes affectées par les Troubles. Nathan et Duke sont envoyés de manière inattendue en 1955, où Nathan tombe amoureux de "Sarah", une identité antérieure d'Audrey. Plus tard, le Tueur au pistolet à clous se révèle être un changeur de peau nommé Arla Cogan, la femme du Colorado Kid, qui manipule les événements pour forcer Audrey dans une grange mystérieuse.

Alors que la saison culmine, Audrey est confrontée à un choix impossible. Pour mettre fin au cycle des Troubles qui affligent Haven, elle doit entrer dans la grange, un sacrifice qui signifie sa disparition. Audrey entre dans la grange, se sacrifiant apparemment pour arrêter les Troubles, et Duke disparaît dans la grange alors qu'elle s'évanouit. Haven se retrouve face à la destruction par une tempête de météores imminente, laissant Nathan seul au milieu du chaos.

La saison 3 de Haven couvre les épisodes 1-13. Voici tout ce qui s'est passé:

Saison 3, Épisode 1 : 301 - Audrey est retenue captive par un homme mystérieux qui exige des informations sur le Colorado Kid. Pendant ce temps, Haven est en proie à d'étranges phénomènes extraterrestres, et le conflit entre Nathan et Duke s'intensifie. La tombe du Colorado Kid est découverte vide, et Audrey découvre un message cryptique de sa propre écriture datant de 27 ans, suggérant que le Colorado Kid pourrait être encore en vie.

Saison 3, Épisode 2 : Restez - Une mystérieuse affliction transforme les gens en hommes nus et grognants. Audrey et Nathan enquêtent, découvrant que les transformations sont liées au chien d'un fermier. L'épisode révèle que le "Chasseur" est une pluie de météores qui se produit tous les 27 ans, et que les anciennes personnalités d'Audrey disparaissent pendant celle-ci. Audrey apprend qu'il ne lui reste que deux mois avant la prochaine tempête.

Saison 3, Épisode 3 : Le Fermier - Une série de meurtres macabres, où les victimes voient leurs organes retirés, mène Audrey et Nathan à un individu perturbé d'une clinique de fertilité locale. Le "Trouble" de cet individu provoque la défaillance de ses organes, le forçant à les prélever sur des membres de sa famille. Duke est forcé de tuer l'homme perturbé, mettant fin au cycle de prélèvement d'organes. Pendant ce temps, Audrey lutte avec sa disparition imminente due à la pluie de météores du Chasseur.

Saison 3, Épisode 4 : Sous l'eau - Alors que des noyades mystérieuses frappent Haven, Audrey enquête sur une série de décès liés à l'océan, suspectant un lien avec le mystérieux Bolt Gun Killer. Pendant ce temps, Audrey revit un puissant flash-back du jour où le Colorado Kid est mort, déclenché par son médaillon. L'épisode se termine avec Audrey et Duke qui s'efforcent de retrouver Daphne, piégée dans une voiture alors que la marée monte, et Audrey réalisant que Daphne pourrait être le lien entre les victimes.

Saison 3, Épisode 5 : Double Jeopardy - Une mystérieuse femme en blanc commence à attaquer brutalement des criminels à Haven. Duke Crocker est visé, et Audrey soupçonne que cette "femme en blanc" est liée à d'autres crimes violents récents. L'épisode se termine avec la révélation que l'agresseuse est une personne Troublée qui peut se briser en plâtre lorsqu'elle est blessée, et le tueur au pistolet à clous est montré en train de coudre des parties du corps, impliquant une nouvelle création horrifiante.

Saison 3, Épisode 6 : Immobilier - Attirés dans une maison hantée notoire le soir d'Halloween, Audrey, Nathan, Duke et d'autres se retrouvent piégés. L'esprit malveillant de la maison, Roland Holloway, les force à affronter leurs peurs et les uns les autres. Chad est retrouvé mort, et plus tard, Tina est empalée, tandis que la maison manipule les événements, menant finalement à sa destruction par une bombe.

Saison 3, Épisode 7 : L'heure magique (1) - Pendant qu'Audrey et Duke enquêtent sur les parents du Colorado Kid dans le Colorado, Nathan et Tommy s'occupent d'un "trouble" à Haven où les morts sont ramenés à la vie contre paiement. Rica Hamilton est tuée par une voiture, pour être miraculeusement ressuscitée, mais ensuite Noelle est abattue et tuée par Tommy. L'épisode se termine avec Audrey trouvant Nathan apparemment mort.

Saison 3, Épisode 8 : L'heure magique (2) - Audrey et Duke font équipe avec le tueur qu'ils traquent pour sauver Nathan, qui est dans un état critique. Ils se précipitent pour trouver une femme ayant le pouvoir de ressusciter les morts. Pendant ce temps, les Teague découvrent que le Tueur au pistolet à boulons les a manipulés et traquent le meurtrier jusqu'à sa véritable cible. L'épisode se termine avec la vie de Nathan en suspens alors qu'ils cherchent désespérément le toucher de la résurrection.

Saison 3, Épisode 9 : Sarah - Duke et Nathan sont renvoyés en 1955, où les actions de Duke pour sauver son grand-père altèrent involontairement la chronologie. Dans le passé, Nathan développe des sentiments pour Sarah, une ancienne identité d'Audrey. L'épisode se termine avec Sarah tuant le grand-père de Duke pour légitime défense, et Audrey réalisant les conséquences désastreuses de leur ingérence temporelle.

Saison 3, Épisode 10 : Brûlé - Audrey et Nathan enquêtent sur un corps brûlé, pour découvrir qu'il s'agit de Tommy, mais le vrai Tommy est mort il y a des semaines. Ils rencontrent Ginger, une fille dotée de pouvoirs de contrôle mental, qui révèle les intentions manipulatrices de la Garde. Le Tueur au pistolet à clous est révélé être un skin-walker, et Jordan tente d'enlever Ginger, ce qui conduit à son arrestation. L'épisode se termine avec Audrey réalisant qu'elle doit entrer dans la grange pour mettre fin aux Troubles.

Saison 3, Épisode 11 : Derniers adieux - Audrey se réveille pour trouver tout Haven plongé dans un profond sommeil, à l'exception d'un homme souffrant d'amnésie. Elle découvre qu'il a involontairement provoqué le coma généralisé de la ville lorsque sa peur de mourir a déclenché son Trouble. Pour sauver tout le monde, il doit être ramené dans son coma, ce qui conduit à son sacrifice pour mettre fin à l'inconscience collective. L'épisode révèle également que Claire Callahan était une peau utilisée par le Tueur au pistolet à boulons.

Saison 3, Épisode 12 : Réunion - Un tueur cible les participants à la réunion de lycée de Nathan, les ramenant à leur adolescence avant de les assassiner. Le Skinwalker se révèle être Arla Cogan, la femme du Colorado Kid, qui cherche l'aide d'Audrey pour atteindre la grange. La véritable identité et les motivations d'Arla sont révélées, et elle est appréhendée par les frères Teague. L'épisode se termine avec Audrey confrontée à l'arrivée imminente de la grange.

Saison 3, Épisode 13 : Merci pour les souvenirs - Alors qu'une pluie de météores menace Haven, Audrey, Nathan et Duke affrontent le Tueur au pistolet à boulons et le destin imminent d'Audrey. James Cogan, révélé être le fils de Nathan et Sarah, est amené à la grange par Arla. Audrey entre dans la grange, se sacrifiant pour mettre fin aux Troubles, et Duke disparaît dans la grange alors qu'elle s'évanouit. L'épisode se termine avec Haven confrontée à la destruction par la pluie de météores, laissant Nathan seul.