Lorsque l'agent spécial du FBI Audrey Parker est envoyée dans la petite ville de Haven, dans le Maine, pour une affaire de routine, elle se retrouve rapidement de plus en plus impliquée dans le retour des "Troubles", une plaie d'afflictions surnaturelles qui ont frappé la ville au moins deux fois auparavant. Avec une ouverture à la possibilité du paranormal, elle découvre également un lien plus personnel à Haven qui pourrait la mener vers la mère qu'elle n'a jamais connue. Elle et son partenaire, le détective de police Nathan Wuornos, se retrouvent souvent confrontés à des problèmes causés à la fois par les effets des Troubles et par les actions des habitants de la ville qui prennent des mesures plus drastiques contre ceux qui sont Troublés.