La deuxième saison de Haven plonge Audrey Parker, une agente déterminée du FBI enquêtant sur des afflictions surnaturelles, dans une ville où des événements étranges, appelés "Troubles", sont monnaie courante. Elle travaille aux côtés de Nathan Wuornos, un policier qui ne ressent pas la douleur, et de Duke Crocker, un homme au passé mystérieux. Le conflit principal de la saison tourne autour de la quête d'Audrey pour comprendre et contrôler ces Troubles, tout en découvrant la vérité sur sa propre identité et sa connexion à Haven.

La saison est marquée par des révélations choquantes et des rencontres dangereuses. Une seconde Audrey Parker apparaît, menant à la découverte que l'Audrey originale est en réalité une personne Troublée avec des souvenirs implantés. Ian Haskell, qui vole les afflictions, est tué après avoir tenté de détruire Haven. Plus tard, les souvenirs d'Audrey sont effacés par un bâtiment mystérieux. Lori est électrocutée par ses propres pouvoirs, et Chris se transforme en statue. Evi Ryan est mortellement abattue lors d'un confinement au poste de police. Audrey tue le Révérend Driscoll pour protéger Duke. La saison culmine avec Audrey apprenant qu'elle est Lucy Ripley, une ancienne itération d'elle-même, et Kyle Hopkins se suicide pour mettre fin aux perturbations surnaturelles.

La saison se termine avec Haven piégé dans un dôme invisible, provoquant la disparition des habitants. Audrey parvient à libérer la ville, restaurant tout le monde, mais les événements sont oubliés par les habitants.

La saison 2 de Haven couvre les épisodes 1-13. Voici tout ce qui s'est passé:

Saison 2, Épisode 1 : Une histoire de deux Audrey - L'épisode s'ouvre sur l'arrivée d'une seconde Audrey Parker, qui prétend être une agente du FBI et possède de nombreux souvenirs de l'Audrey originale. Alors que des plaies bibliques s'abattent sur Haven, causées par un homme nommé T.J. dont le pouvoir manifeste ce qu'il lit, les deux Audrey travaillent ensemble. Il est révélé que l'"autre" Audrey est la véritable Audrey Parker, tandis que l'Audrey originale est la Troublée avec des souvenirs implantés. L'épisode se termine avec la véritable Audrey protégeant l'Audrey imposture de leur prétendu patron du FBI, qui se révèle être originaire de la réalité de l'imposture.

Saison 2, Épisode 2 : La peur et le dégoût - Les habitants de Haven sont en proie à leurs pires peurs qui se manifestent visuellement, un phénomène lié au vol des afflictions par Ian Haskell. Nathan Wuornos retrouve son sens du toucher, et Ian est mortellement blessé par Nathan après avoir tenté de détruire Haven avec un puzzle, mais il transfère l'affliction de Jackie à ce dernier avant de mourir.

Saison 2, Épisode 3 : Love Machine - Audrey et Nathan enquêtent sur les quais de Haven, qui ont commencé à attaquer les gens. Ils découvrent qu'un homme nommé Louis Pufahl, qui répare des machines, a involontairement causé ce "Trouble" en leur insufflant une affection obsessionnelle. Halsey est tuée par les machines possédées, et la petite amie de Louis, Marcia, est ciblée. L'épisode se termine avec Audrey trouvant un bâtiment mystérieux qui efface ses souvenirs, la laissant amnésique.

Saison 2, Épisode 4 : Étincelles et loisirs - La femme du maire Brody, Felicia, utilise une femme nommée Lori, capable de canaliser l'électricité, pour le tuer. Audrey enquête sur la mort du maire, découvrant que son affliction amenait les gens à l'adorer. Chris, le fils du maire, hérite de l'affliction de son père, et Audrey commence à développer un lien avec lui. L'épisode se termine avec Lori électrocutée par ses propres pouvoirs, et Chris succombant à son affliction héritée, se transformant en statue.

Saison 2, Épisode 5 : Racines - Alors qu'elle assiste à un mariage, Audrey découvre qu'un invité peut contrôler les plantes. Le mariage se transforme en un piège mortel alors que des racines jaillissent du sol, engloutissant le domaine et piégeant les invités, y compris Audrey, Chris, Duke et Evi. Nathan, Vince et Dave sont également piégés par la flore agressive. L'épisode se termine par la révélation que la haine profondément ancrée de la famille a provoqué la réaction des plantes, et que l'amour est suggéré comme solution.

Saison 2, Épisode 6 : Le Jour de Repos d'Audrey Parker - Audrey découvre qu'elle revit le même jour, avec un ami différent mourant à chaque fois. La cause est un homme atteint de TOC dont la culpabilité concernant la mort de sa fille déclenche une boucle temporelle. Il se sacrifie finalement pour briser le cycle, mais Audrey est laissée désemparée de ne pas avoir pu le sauver.

Saison 2, Épisode 7 : Les marées qui lient - Une mystérieuse noyade mène Audrey et Nathan à la famille reclusive des Glendower, qui possède un "Trouble" unique les obligeant à passer de longues périodes immergés dans l'eau. Il est révélé que Cole Glendower a assassiné Leith Glendower pour protéger le secret de Gwen/Penny. L'épisode se termine avec les hommes Glendower, y compris un jeune Daniel, embrassant leur nature aquatique et migrant vers la mer, laissant derrière eux le monde humain.

Saison 2, Épisode 8 : Ami ou Faux - Un banquier doux comme un agneau, Cornell Stamoran, engendre des copies plus sombres et dérangées de lui-même. Ces clones ont l'intention de tuer Henry, un jeune témoin de l'escroquerie et du meurtre de son patron par Stamoran. Audrey convainc un clone de tuer le Stamoran original, mettant fin au cycle des copies. L'épisode se termine avec Nathan confronté à un licenciement potentiel de son poste de chef de police en raison de preuves fabriquées contre lui.

Saison 2, Épisode 9 : Confinement - Une mystérieuse infection se propage dans le poste de police de Haven, forçant un confinement avec Audrey et Nathan piégés à l'intérieur. Ils suspectent une cause surnaturelle, pas une simple épidémie. Evi Ryan est mortellement abattue en essayant d'aider, et l'épisode se termine avec la révélation que le chef Merrill était en contact avec Driscoll, indiquant une complicité plus profonde.

Saison 2, Épisode 10 : Qui, Quoi, Où, Wendigo ? - Un adolescent disparaît dans les bois, ce qui amène Audrey et Nathan à enquêter sur une légende locale du Wendigo. Ils découvrent que les "Wendigos" sont deux jeunes filles souffrant d'afflictions cannibales. Audrey tue le Révérend Driscoll pour protéger Duke et les filles. L'épisode se termine avec les filles placées en garde à vue, et Duke déplorant la perte d'une source potentielle d'informations sur son passé.

Saison 2, Épisode 11 : Comme d'habitude - Audrey et Nathan enquêtent sur une série de meurtres bizarres où les victimes sont momifiées. Duke découvre un secret choquant sur sa lignée qui pourrait changer son avenir, tandis qu'Audrey affronte une figure de son passé, ce qui mène à une révélation surprenante sur sa propre identité. L'épisode se termine avec ces découvertes personnelles importantes pour Duke et Audrey.

Saison 2, Épisode 12 : Les péchés des pères - Les fantômes du passé surgissent à Haven, cherchant vengeance et révélant des secrets. Bill tire accidentellement et tue Sheila, croyant la sauver d'Arlo, son défunt mari, qui orchestre l'événement. Audrey apprend qu'elle est Lucy Ripley, une ancienne itération d'elle-même. L'épisode se termine avec Kyle Hopkins se suicidant pour arrêter les perturbations surnaturelles, provoquant la disparition des fantômes.

Saison 2, Épisode 13 : Nuit de silence - Un épisode sur le thème de Noël qui se déroule en juillet, Audrey découvre que Haven est piégé dans un dôme invisible, provoquant la disparition et l'oubli des habitants. Une jeune fille troublée, obsédée par une boule à neige, en est responsable. Audrey la convainc de libérer la ville, restaurer tous ceux qui ont disparu, mais personne ne se souvient des événements.