Carrie Mathison, ahora dirigiendo una organización sin fines de lucro que defiende a los musulmanes estadounidenses, asume el caso de Sekou Bah, un joven acusado de terrorismo. Mientras tanto, la presidenta electa Elizabeth Keane se prepara para asumir el cargo, con los funcionarios de inteligencia Saul Berenson y Dar Adal monitoreándola. Peter Quinn, un ex operativo de la CIA, lucha contra el trastorno de estrés postraumático.

El conflicto central de la temporada surge cuando Carrie y Saul descubren una conspiración que involucra a Dar Adal y un complot para desestabilizar la administración entrante. Esto lleva a una serie de eventos cada vez más graves, incluyendo la explosión de la furgoneta de Sekou, el asesinato del agente Conlin y Quinn matando accidentalmente a Astrid. Carrie se enfrenta a la devastadora pérdida de la custodia de su hija, Franny.

La temporada culmina con un importante complot de asesinato contra la presidenta electa Keane. En un acto final de sacrificio, Peter Quinn muere salvando a Keane y Carrie. Keane jura como presidenta y le ofrece un puesto a Carrie, mientras que Dar Adal es encarcelado.

La temporada 6 de Homeland cubre los episodios 1-12. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 6, Episodio 1: Juego Limpio - Seis meses después de la temporada 5, Carrie Mathison dirige una organización sin fines de lucro que defiende a los musulmanes estadounidenses. Ella asume el caso de Sekou Bah, un joven arrestado por apoyar materialmente el terrorismo después de publicar videos en línea. Mientras tanto, Peter Quinn lucha contra el trastorno de estrés postraumático y la adicción en un hospital de veteranos. La presidenta electa Elizabeth Keane recibe información de Saul y Dar Adal, quien alberga preocupaciones sobre su potencial para desmilitarizar la CIA. El episodio concluye con Quinn siendo asaltado después de una noche de drogas, y Carrie descubriéndolo herido.

Temporada 6, Episodio 2: El hombre en el sótano - Carrie y Reda defienden a Sekou, quien fue incriminado por un informante del FBI, Saad. Peter Quinn lucha con su recuperación, experimentando una convulsión después de negarse a tomar medicamentos. Saul y Dar Adal investigan a la presidenta electa Keane, sospechando que alberga un secreto. El episodio concluye con Quinn viendo un video de su propia tortura, y Carrie dándose cuenta de que Saad fue coaccionado por el Agente Conlin para implicar a Sekou.

Temporada 6, Episodio 3: El Pacto - La desobediencia de Carrie a una orden judicial para hablar con Saad lleva a que el acuerdo de culpabilidad de Sekou sea revocado, dejándolo enfrentando una larga sentencia de prisión. Saul interroga al banquero iraní Farhad Nafisi en Abu Dhabi, sospechando de su participación en un programa nuclear paralelo. Peter Quinn, cada vez más paranoico, agrede a un hombre y le roba su arma, mientras Carrie chantajea al agente Conlin con pruebas de trampa, asegurando la liberación de Sekou.

Temporada 6, Episodio 4: Un destello de luz - Carrie es presionada por Dar Adal para que deje de asesorar a la presidenta electa Keane. Mientras tanto, Saul es detenido por el embajador israelí Etai Luskin mientras investiga un posible programa nuclear iraní. El episodio culmina con la furgoneta de reparto de Sekou explotando en la ciudad de Nueva York, y Etai informando a Saul que ha ocurrido un ataque.

Temporada 6, Episodio 5: Casus Belli - Tras un atentado en Manhattan, la presidenta electa Keane es trasladada a un lugar seguro mientras Carrie lidia con las consecuencias de la liberación de Sekou. Peter Quinn, encargado de cuidar a la hija de Carrie, escala una confrontación con reporteros hasta una situación de rehenes, lo que lleva a su arresto. Carrie descubre pruebas que sugieren que Sekou fue incriminado, dándose cuenta de que la están vigilando.

Temporada 6, Episodio 6: El Regreso - Carrie investiga una corporación sospechosa vinculada al atentado, mientras el presidente electo Keane escapa de su ubicación segura. El episodio culmina con el asesinato del Agente Conlin en su casa por el misterioso "chico del Jeep azul", y Quinn siendo sedado y secuestrado por Astrid.

Temporada 6, Episodio 7: Riesgo Inminente - Carrie se enfrenta a una devastadora sentencia del tribunal de familia, perdiendo la custodia de Franny tras ser considerada un riesgo inminente. Mientras tanto, Javadi es rescatado de la tortura por un antiguo asociado, solo para matar a su rescatador para atar cabos sueltos. Quinn intenta regresar a Nueva York pero es interceptada por Astrid, que está trabajando con Dar Adal. El episodio concluye con Carrie, angustiada, cayendo del carro.

Temporada 6, Episodio 8: Alt.Truth - Carrie y Saul se reúnen para exponer una conspiración, pero Javadi los traiciona, diciéndole a la presidenta electa Keane que Irán está desarrollando un programa nuclear. Mientras tanto, Quinn, cada vez más paranoico, mata accidentalmente a Astrid mientras intenta rastrear una amenaza. El episodio concluye con Quinn sobreviviendo a un ataque de francotirador al saltar a un lago, dejando su destino incierto.

Temporada 6, Episodio 9: Marionetas de calcetín - Dar Adal traiciona a Majid Javadi ante el Mossad, lo que lleva a la captura de Javadi. Max se infiltra en una empresa tecnológica involucrada en la desinformación. Quinn se enfrenta a Dar Adal, quien niega su participación en el intento de asesinato de Quinn, pero Quinn escapa tras un altercado. Keane está convencida de la conspiración de Dar para manipular el acuerdo nuclear con Irán, y el episodio concluye con Quinn rastreando al asesino de Dar.

Temporada 6, Episodio 10: La Casa de la Bandera - Carrie Mathison es manipulada para que abandone su testimonio contra Dar Adal cuando le hacen creer que su hija, Franny, está enferma. Peter Quinn localiza a un operativo clave involucrado en un atentado y se prepara para disparar. El presidente electo Keane jura desafiante que meterá a Dar Adal en la cárcel, mientras que Max es detenido después de reunir pruebas. El episodio concluye con Quinn haciendo que Carrie sea testigo de cómo apunta a un hombre dentro de la "casa de la bandera".

Temporada 6, Episodio 11: R es por Romeo - Una bomba detona en una casa segura de terroristas domésticos, matando a numerosos agentes del FBI e hiriendo gravemente a Carrie y Quinn. Quinn, buscando venganza por la muerte de Astrid, mata a golpes a George Belli. El episodio concluye con Carrie y Quinn descubriendo pruebas de que un grupo de operaciones especiales está atacando la Costa Este, dejando a la audiencia en suspenso.

Temporada 6, Episodio 12: America First - La conspiración de Dar Adal se desmorona mientras tortura al Senador Coto y secuestra a Max. Carrie y Quinn corren para proteger a la Presidenta electa Keane de un complot de asesinato orquestado por el General McClendon. Peter Quinn muere salvando a Keane y Carrie, y Keane asume el cargo, ofreciéndole a Carrie un puesto. El episodio concluye con Carrie contemplando su futuro y Saul visitando a un Dar Adal encarcelado.