Tras un devastador atentado en la sede de la CIA, el ex sargento de la Marina Nicholas Brody es incriminado como el autor intelectual y se convierte en fugitivo. La oficial de la CIA Carrie Mathison, que cree en la inocencia de Brody a pesar de su trastorno bipolar, es públicamente deshonrada y recluida en un hospital psiquiátrico. Su mentor, Saul Berenson, el director interino de la CIA, parece traicionarla, revelando su condición y su antigua relación con Brody a un comité del Senado. Sin embargo, esta crisis pública es una estratagema calculada: Carrie y Saul están trabajando juntos en secreto para atraer al oficial de inteligencia iraní Majid Javadi.

Carrie es liberada y comienza a trabajar con el abogado de Javadi, aparentemente en contra de la CIA, como parte del elaborado plan. Mientras tanto, Brody es encontrado en un estado terrible en Caracas y Saul lo coacciona para que emprenda una peligrosa misión en Irán. Su tarea es asesinar al General Akbari, un alto funcionario iraní, para facilitar el ascenso de Javadi como agente doble de la CIA. Brody lleva a cabo con éxito el asesinato, golpeando y asfixiando hasta la muerte al General Akbari, y llama a Carrie para su extracción.

A pesar de su éxito, la extracción de Brody se ve frustrada y es capturado por fuerzas iraníes. Luego es ejecutado públicamente en Irán. Cuatro meses después, Carrie, ahora embarazada del hijo de Brody, está destinada en Estambul y le añade en secreto una estrella en el muro conmemorativo de la CIA.

La temporada 3 de Homeland cubre los episodios 1-12. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 3, Episodio 1: Tin Man is Down - Dos meses después del atentado de la CIA, Carrie es interrogada por un comité del Senado mientras Saul ordena el asesinato de seis cerebros. Quinn duda pero finalmente mata accidentalmente a un niño durante su misión. Saul traiciona a Carrie revelando su trastorno bipolar y su aventura con Brody al comité. El episodio concluye con Carrie viendo el testimonio de Saul, devastada.

Temporada 3, Episodio 2: Uh... Oh... Ah... - Carrie es internada involuntariamente después de declarar públicamente la inocencia de Brody. Saul recluta a Fara para rastrear a los financieros del ataque de Langley. Quinn amenaza a un banquero para que coopere. Dana busca consuelo con Leo. Fuertemente medicada, Carrie solo puede pronunciar "Que te jodan, Saul" cuando él la visita.

Temporada 3, Episodio 3: Torre de David - Brody está retenido en un barrio marginal de Caracas, recuperándose de heridas de bala. Carrie está recluida en una institución mental, intentando convencer a su terapeuta de que está mejorando. Brody busca refugio en una mezquita, pero los hombres de El Niño matan a todos allí excepto a Brody. De vuelta en su celda, Brody se inyecta heroína. El episodio concluye con Brody y Carrie en sus respectivas prisiones, sucumbiendo a las drogas.

Temporada 3, Episodio 4: Game On - Carrie es dada de alta del hospital psiquiátrico y, sin otras opciones, aparentemente acepta trabajar con el abogado de Javadi, Bennett, contra la CIA. Dana se escapa con Leo. Sin embargo, el episodio concluye con un giro: Carrie y Saul están trabajando juntos en secreto, habiendo orquestado toda la situación para atraer a terroristas iraníes.

Temporada 3, Episodio 5: La jugada de yoga - Carrie pone en peligro su misión de ayudar a Jessica a encontrar a Dana, ejecutando una arriesgada "jugada de yoga" para evadir la vigilancia. Saul se entera de que no será Director de la CIA. Carrie es secuestrada por hombres de Javadi. Dana descubre el oscuro secreto de Leo sobre la muerte accidental de su hermano y regresa a casa. El episodio concluye con Javadi enfrentándose a Carrie.

Temporada 3, Episodio 6: Todavía Positiva - Carrie se enfrenta a Javadi, revelando el plan de la CIA para capturarlo. Carrie descubre que está embarazada. Javadi, evadiendo su reunión planeada con Saul, asesina a su exesposa Fariba y a su nuera Susan. Javadi es detenido, y Saul lo golpea al llegar al refugio. Dana cambia su apellido a Lazaro.

Temporada 3, Episodio 7: Gerontion - Saul convence a Javadi para que se convierta en un agente doble en Irán, amenazando con exponer su malversación de fondos. Quinn confiesa asesinatos que no cometió para proteger a la CIA. Javadi le revela a Carrie que el verdadero autor del atentado de Langley sigue libre. Lockhart está encerrado en una sala de conferencias. El episodio concluye con Carrie buscando la ayuda de Quinn para limpiar el nombre de Brody.

Temporada 3, Episodio 8: Una carretilla roja - Carrie es disparada por Quinn mientras intenta evitar que Franklin mate al terrorista de Langley, quien es posteriormente asesinado, eliminando al testigo clave de la inocencia de Brody. Mientras tanto, Saul se prepara para un viaje clandestino, y Fara se enfrenta al escrutinio del Inspector General sobre sus acciones. El episodio concluye con Saul encontrando a Brody en un estado desesperado en Caracas.

Temporada 3, Episodio 9: Una última cosa - Después de una brutal abstinencia de heroína, Brody es coaccionado por Saul para emprender una peligrosa misión en Irán. Carrie facilita un breve y desgarrador reencuentro entre Brody y su hija distanciada, Dana, quien lo rechaza, declarando que nunca quiere volver a verlo. Brody parte entonces hacia Irán, decidido a sobrevivir por Dana y Carrie. El episodio concluye con Brody comenzando su misión, preparando el escenario para su potencial redención o perdición.

Temporada 3, Episodio 10: Buenas Noches - La misión de Brody para asesinar a un funcionario iraní sale mal cuando su equipo es emboscado por la policía kurda. Después de que el equipo de la CIA elimina a los oficiales, Brody huye en pánico pero finalmente es capturado por fuerzas iraníes. Majid Javadi ejecuta a uno de los soldados de Brody, y Brody es llevado a Teherán, solo y en territorio enemigo.

Temporada 3, Episodio 11: El hombre grande en Teherán - Brody, buscando cumplir su misión, apalea y sofoca hasta la muerte al General Akbari en su oficina. Luego llama a Carrie, revelando sus acciones y exigiendo extracción. Mientras tanto, Saul y Lockhart discuten la aparente deserción de Brody y el posible compromiso de Javadi como activo, y Lockhart sugiere que Brody debe ser eliminado. El episodio concluye con Carrie enfrentando el inmenso desafío de extraer a Brody, ahora un hombre buscado en Irán, mientras la CIA lidia con las consecuencias.

Temporada 3, Episodio 12: La Estrella - Después de matar a Akbari, Brody escapa y se reúne con Carrie, revelando que está embarazada. Sin embargo, su extracción planificada es frustrada por Dar Adal, lo que lleva a la ejecución pública de Brody en Irán. Cuatro meses después, Carrie, ahora jefa de estación en Estambul, agrega en secreto una estrella para Brody en el muro conmemorativo de la CIA.