Temporada 1, Episódio 1: "Piloto" - Diagnosticado com câncer de pulmão em Estágio III e com dois anos de vida, o professor de química Walter White, que vive em Albuquerque, Novo México, decide usar sua experiência para fabricar metanfetamina para garantir o futuro financeiro de sua família. Ele faz parceria com o ex-aluno Jesse Pinkman, e eles convertem um trailer usado em um laboratório de drogas móvel. Após um confronto violento com traficantes rivais, Walt e Jesse escapam, deixando os traficantes mortos. O episódio termina com Walt e Jesse dirigindo o trailer pelo deserto, sua parceria e empreendimento criminoso irreversivelmente iniciados.

Temporada 1, Episódio 2: "Gato no Saco..." - Após sobreviverem ao acidente com o RV, Walter e Jesse retornam à casa de Jesse com dois corpos. Eles descobrem que Krazy-8 está vivo, levando a um cara ou coroa para decidir quem se desfaz do corpo de Emilio e quem mata Krazy-8. Jesse tenta dissolver Emilio em uma banheira com ácido fluorídrico, o que destrói a banheira e faz com que o teto desabe, derramando os restos mortais. Walt prende Krazy-8 em seu porão, mas a incapacidade de Walt de matá-lo leva a Krazy-8 permanecer vivo, e Walt fica com o resultado irreversível de ter que matá-lo mais tarde. O episódio termina com Walt e Jesse no porão de Jesse, com Krazy-8 ainda vivo e preso a um poste.

Temporada 1, Episódio 3: "...e a Mala Está no Rio" - Após se desfazerem dos restos mortais de Emilio Koyama, Walter White e Jesse Pinkman ficam com Krazy-8, a quem mantêm cativo no porão de Jesse. Walt tenta criar laços com Krazy-8, descobrindo que seu nome verdadeiro é Domingo Gallardo Molina, e até decide libertá-lo. No entanto, Walt descobre que um fragmento de um prato quebrado está faltando, percebendo que Krazy-8 se armou. Em uma luta, Walt garroteia Krazy-8 até a morte com uma trava de bicicleta, e então se desfaz de seu corpo no vaso sanitário. Enquanto isso, Skyler White suspeita que Walt Jr. esteja usando maconha, levando Hank Schrader a tentar uma intervenção para "assustá-lo".

Temporada 1, Episódio 4: "Cancer Man" - Walter White, após ser diagnosticado com câncer de pulmão em Estágio III, revela seu diagnóstico à sua família em um churrasco, causando angústia. Enquanto isso, Jesse Pinkman retorna à casa de seus pais, de quem está afastado, onde assume a culpa pelo uso de maconha de seu irmão mais novo. Mais tarde, após um confronto em um posto de gasolina, Walt, sentindo-se emasculado e enfurecido por um corretor da bolsa irritante chamado Ken, causa um curto-circuito na bateria do carro dele com um rodo, fazendo com que o veículo exploda. Walt é deixado em seu carro, contemplando seu prognóstico sombrio e o fardo financeiro do tratamento.

Temporada 1, Episódio 5: "Massa Cinzenta" - Walter e Skyler comparecem à festa de aniversário de Elliott Schwartz, ex-sócio e amigo de Walt, onde Walt recebe uma oferta de emprego na Gray Matter Technologies. Walt, sentindo-se humilhado pela implicação de que precisa de caridade devido ao seu câncer, recusa a oferta. Enquanto isso, Jesse, após uma entrevista de emprego fracassada, decide voltar a cozinhar metanfetamina no trailer com seu amigo Badger. Walt, após uma intervenção com sua família sobre seu tratamento de câncer, muda de ideia e decide se submeter ao tratamento, mas recusa a assistência financeira de Elliott. Ele então vai à casa de Jesse e pergunta se ele quer cozinhar. O episódio conclui com a decisão definitiva de Walt de continuar a cozinhar metanfetamina, marcando sua total adesão à persona "Heisenberg".

Temporada 1, Episódio 6: "Crazy Handful of Nothin'" - Walter White, lutando contra os efeitos colaterais da quimioterapia e a pressão financeira do tratamento de seu câncer, faz parceria com Jesse Pinkman para produzir e distribuir metanfetamina. Depois que Jesse é severamente espancado e roubado pelo distribuidor de drogas Tuco Salamanca, Walt, adotando o pseudônimo "Heisenberg", confronta Tuco. Walt detona uma porção de fulminato de mercúrio no escritório de Tuco, garantindo um pagamento substancial e estabelecendo um novo, embora perigoso, acordo comercial. O episódio termina com Walt se afastando da cena, exultante com seu novo poder, antes de um corte para preto.

Temporada 1, Episódio 7: "Um Acordo Sem Violência" - Walt e Jesse lutam para atender à demanda de Tuco Salamanca por dois quilos de metanfetamina, levando-os a roubar um grande tambor de metilamina de um armazém de produtos químicos. Durante uma reunião tensa em um ferro-velho, Tuco, enfurecido com a falta, espanca brutalmente um de seus capangas. Mais tarde, enquanto cozinham no porão de Jesse durante uma casa aberta, eles escapam por pouco de serem descobertos. O episódio termina com Walt e Jesse entregando com sucesso uma quantidade maior de sua metanfetamina azul exclusiva para Tuco, que fica satisfeito com o produto.