Dexter Morgan, analityk śladów krwi w policji Miami Metro, potajemnie prowadzi życie seryjnego mordercy, który obiera za cel tylko innych zabójców. W tym sezonie Dexter zmaga się z pytaniami o wiarę i swojego „Mrocznego Pasażera”, wychowując jednocześnie syna, Harrisona. Jego siostra, Debra Morgan, policjantka, zostaje awansowana na porucznika, co zbliża ją do ukrytego świata Dextera.

Główny konflikt pojawia się wraz z nadejściem „Zabójców Zagłady”, Travisa Marshalla, religijnego fanatyka, i jego rzekomego mentora, profesora Gellara. Popełniają oni makabryczne morderstwa inspirowane Biblią, tworząc wyszukane sceny w całym Miami. Dexter prowadzi śledztwo, początkowo wierząc, że Gellar jest mózgiem operacji. Jednak szokujący zwrot akcji ujawnia, że profesor Gellar nie żyje od trzech lat, a Travis miał halucynacje na jego temat, co czyni Travisa jedynym, urojonym zabójcą. Gdy czyny Travisa eskalują, porywa Harrisona na ostateczne rytualne poświęcenie.

Dexter konfrontuje się z Travisem, ostatecznie zabijając go w swoim pokoju śmierci. W szokującym punkcie kulminacyjnym Debra przybywa na miejsce zdarzenia i jest świadkiem morderstwa popełnianego przez Dextera, co pozostawia ją oszołomioną i na zawsze zmienia ich relację.

Sezon 6 serialu Dexter obejmuje odcinki 1-12. Oto wszystko, co się wydarzyło:

Sezon 6, Odcinek 1: Takie Rzeczy - Dexter uczestniczy w zjeździe absolwentów po 20 latach od ukończenia liceum, obierając za cel byłego kolegę z klasy, którego podejrzewa o zamordowanie jego żony. W międzyczasie Dexter zmaga się z pytaniami duchowymi, rozważając katolickie przedszkole dla Harrisona. Odcinek kończy się, gdy Dexter zabija Joe Walkera, a Debra staje się bohaterką, powstrzymując uzbrojonego napastnika.

Sezon 6, Odcinek 2: Dawno, dawno temu... - Dexter poznaje Brata Sama, pastora i byłego skazańca, który prowadzi warsztat dla byłych więźniów. Debra niespodziewanie otrzymuje propozycję awansu na porucznika i oświadczyny od Quinna, które odrzuca. Dexter prowadzi śledztwo w sprawie Brata Sama, wierząc, że jest zabójcą, ale ostatecznie bierze na cel i zabija Julio Benesa, członka gangu, który groził Samowi. W międzyczasie Travis i Profesor Gellar przygotowują swoją następną ofiarę "Dnia Zagłady".

Sezon 6, Odcinek 3: Smokey i Bandit - Dexter obiera za cel Waltera Kenneya, seryjnego mordercę z jego młodości znanego jako "Zębowa Wróżka", który kolekcjonuje zęby swoich ofiar. Dexter konfrontuje się z własną śmiertelnością i potencjalną przyszłością jako starzejący się zabójca. W międzyczasie Debra zmaga się ze swoją nową rolą porucznika, stawiając czoła wyzwaniom ze strony LaGuerty. Odcinek kończy się uduszeniem Kenneya przez Dextera, a Travis i Gellar prezentują niepokojący obraz zamordowanej biegaczki przywiązanej do czterech koni, sygnalizując apokalipsę.

Sezon 6, Odcinek 4: Koń Innego Koloru - Dexter zmaga się z wiarą po nagłej operacji Harrisona. W międzyczasie, śledztwo w sprawie "Zabójcy Apokalipsy" nabiera tempa wraz z makabryczną sceną czterech koni i jeźdźców. Travis Marshall, manipulowany przez Gellara, bierze udział w śmiertelnej pułapce, która skutkuje przypadkową śmiercią kelnerki, która zostaje przebita kolczatką. Odcinek kończy się, gdy Dexter kwestionuje własne przekonania i naturę wiary.

Sezon 6, Odcinek 5: Anioł Śmierci - Dexter prowadzi śledztwo w sprawie Zabójców Dnia Zagłady, których najnowsza ofiara jest ozdobiona anielskimi skrzydłami. Podejrzewa Travisa Marshalla, pracownika muzeum, o udział w zbrodniach. W międzyczasie Brat Sam zostaje postrzelony przez nieznanego napastnika. Dexter konfrontuje się z Travisem, który twierdzi, że Profesor Gellar jest mózgiem operacji, ale Dexter później odkrywa, że Gellar nie żyje od trzech lat, a Travis ma na jego punkcie halucynacje. Odcinek kończy się tym, że Dexter oszczędza Travisa, zamierzając wykorzystać go do odkrycia prawdy.

Sezon 6, Odcinek 6: Po Prostu Odpuść - Dexter prowadzi śledztwo w sprawie postrzelenia Brata Sama, ostatecznie odkrywając, że strzelcem był Nick. Pomimo ostatniego życzenia Sama, aby Dexter wybaczył Nickowi, Dexter topi Nicka w oceanie. Odcinek kończy się, gdy Dexter widzi halucynację swojego zmarłego brata, Briana Mosera, który oklaskuje jego czyny.

Sezon 6, Odcinek 7: Nebraska - Dexter podróżuje do Nebraski po tym, jak dowiaduje się, że rodzina Zabójcy Trójcy stała się celem. Konfrontuje się z Jonahem Mitchellem, synem Trójcy, który wyznaje, że jego siostra popełniła samobójstwo, a on następnie zabił ich matkę w przypływie wściekłości. Dexter, pod wpływem ducha swojego brata Briana, ostatecznie oszczędza Jonaha, decydując się pozwolić mu żyć z jego poczuciem winy. Dexter następnie odjeżdża, zostawiając mroczny wpływ Briana za sobą.

Sezon 6, Odcinek 8: Grzech Zaniechania - Dexter wykorzystuje nauki Brata Sama, aby podążać za wskazówkami dotyczącymi Zabójcy Apokalipsy, podczas gdy Debra spiera się z LaGuertą o zamkniętą sprawę. Dexter konfrontuje się z Travisem, przekonując go, by pomógł znaleźć Gellara, odwołując się do "grzechu zaniechania". Gellar porywa siostrę Travisa, Lisę, i wykorzystuje ją w tableau, a Dexter odkrywa opuszczony kościół, który służy jako kryjówka Gellara, gdzie znajduje Travisa przykutego łańcuchami. Gellar ucieka, ale Travis, teraz w pełni zaangażowany w powstrzymanie go, zgadza się pomóc Dexterowi.

Sezon 6, Odcinek 9: Zdobądź Gellara - Dexter śledzi Travisa do opuszczonego kościoła, tylko po to, by odkryć zamrożone zwłoki Profesora Gellara w zamrażarce, ujawniając, że Travis działał sam i halucynował swojego mentora. Dexter zdaje sobie sprawę, że Travis jest prawdziwym zabójcą. W międzyczasie Debra konfrontuje się z LaGuertą w sprawie nierozwiązanej sprawy, a Louis Greene okazuje się, że ukradł dowody.

Sezon 6, Odcinek 10: Ricochet Rabbit - Dexter odkrywa, że Travis jest jedynym zabójcą, a nie Gellar, i że Gellar jest jedynie halucynacją. Dexter ucieka z pułapki Travisa i wrobia Gellara w morderstwa. Travis, z fanatyczną parą, porywa Holly Benson i podrzyna jej gardło, podczas gdy Dexter konfrontuje się i zabija "Doomsday Adama" w samoobronie. Odcinek kończy się, gdy Dexter zdaje sobie sprawę z potencjału masowych ofiar śmiertelnych w wyniku działań Travisa.

Sezon 6, Odcinek 11: Porozmawiaj z ręką - Dexter udaremnia próbę Beth uwolnienia trującego gazu w Miami Metro, ale sam zostaje wystawiony na jego działanie. Travis ucieka po obezwładnieniu Dextera i pozostawieniu go na łodzi z ładunkiem wybuchowym. W międzyczasie Debra zmaga się z niepokojącymi rewelacjami od swojej terapeutki na temat jej uczuć do Dextera. Travis ucieka z pułapki Dextera i tworzy nową scenę, "Jezioro Ognia", z Dexterem na pokładzie wybuchającej łodzi, choć Dexter przeżywa.

Sezon 6, Odcinek 12: Tak Kończy Się Świat - W finale sezonu, Dexter ściga się z zaćmieniem słońca, aby powstrzymać Travisa, który porwał Harrisona na ostateczną ofiarę rytualną. Dexter konfrontuje się z Travisem w wieżowcu, a po walce, Dexter zabija Travisa. W momencie, gdy Dexter popełnia morderstwo, Debra jest świadkiem tego czynu, co wprawia ją w szok i nieodwracalnie zmienia ich relację. Dexter zostaje później uratowany z oceanu przez przepływającą łódź.