Haven adalah kota misterius tempat penyakit supernatural, yang dikenal sebagai "Troubles," secara teratur muncul, menyebabkan kekacauan dan bahaya. Agen FBI Audrey Parker tiba di Haven dan segera menemukan bahwa dia memiliki hubungan yang dalam dan tidak dapat dijelaskan dengan kota itu dan Troubles yang berulang. Dia bermitra dengan detektif lokal Nathan Wuornos, yang kebal terhadap Troubles, dan sering kali berselisih dengan Duke Crocker, seorang penyelundup menawan yang garis keturunan keluarganya dikutuk oleh Troubles. Tujuan utama Audrey adalah memahami identitas aslinya dan misteri "Colorado Kid," sosok dari masa lalunya, sambil juga mencoba menghentikan Troubles agar tidak menghancurkan Haven.

Musim ini, Audrey mengetahui kebenaran yang mengejutkan: dia adalah sosok berulang yang muncul di Haven setiap 27 tahun untuk menghentikan Troubles, hanya untuk menghilang ketika peristiwa langit yang disebut "Hunter" terjadi. Pencarian Colorado Kid semakin intensif ketika kuburannya ditemukan kosong, menunjukkan bahwa dia mungkin masih hidup. Ancaman baru muncul dalam bentuk "Bolt Gun Killer," yang menargetkan individu yang memiliki Troubles. Nathan dan Duke secara tak terduga dikirim kembali ke tahun 1955, di mana Nathan jatuh cinta pada "Sarah," identitas Audrey sebelumnya. Kemudian, Bolt Gun Killer terungkap sebagai skin-walker bernama Arla Cogan, istri Colorado Kid, yang memanipulasi peristiwa untuk memaksa Audrey masuk ke dalam gudang misterius.

Saat musim mencapai puncaknya, Audrey menghadapi pilihan yang mustahil. Untuk mengakhiri siklus Troubles yang melanda Haven, dia harus memasuki gudang, sebuah pengorbanan yang berarti dia akan menghilang. Audrey memasuki gudang, tampaknya mengorbankan dirinya untuk menghentikan Troubles, dan Duke menghilang ke dalam gudang saat gudang itu lenyap. Haven ditinggalkan menghadapi kehancuran dari badai meteor yang akan datang, meninggalkan Nathan sendirian di tengah kekacauan.

Musim 3 dari Haven mencakup episode 1-13. Berikut semua yang terjadi:

Musim 3, Episode 1: 301 - Audrey disandera oleh seorang pria misterius yang menuntut informasi tentang Colorado Kid. Sementara itu, Haven dilanda fenomena alien yang aneh, dan konflik Nathan dan Duke meningkat. Makam Colorado Kid ditemukan kosong, dan Audrey menemukan pesan samar dalam tulisannya sendiri dari 27 tahun sebelumnya, mengisyaratkan bahwa Colorado Kid mungkin masih hidup.

Musim 3, Episode 2: Stay - Wabah misterius menyebabkan orang berubah menjadi pria telanjang yang menggeram. Audrey dan Nathan menyelidiki, menemukan bahwa transformasi tersebut terkait dengan anjing seorang petani. Episode ini mengungkapkan bahwa "Pemburu" adalah badai meteor yang terjadi setiap 27 tahun, dan persona masa lalu Audrey menghilang selama badai tersebut. Audrey mengetahui bahwa dia hanya punya waktu dua bulan hingga badai berikutnya.

Musim 3, Episode 3: Petani - Serangkaian pembunuhan mengerikan, di mana organ korban diangkat, membawa Audrey dan Nathan kepada individu yang bermasalah dari klinik kesuburan lokal. "Masalah" individu ini menyebabkan organ-organnya gagal berfungsi, memaksanya untuk mengambil organ dari anggota keluarga. Duke terpaksa membunuh pria bermasalah itu, mengakhiri siklus pengambilan organ. Sementara itu, Audrey bergulat dengan hilangnya dirinya yang akan datang karena hujan meteor Hunter.

Musim 3, Episode 4: Over My Head - Saat kematian misterius akibat tenggelam melanda Haven, Audrey menyelidiki serangkaian kematian yang berhubungan dengan laut, mencurigai adanya hubungan dengan Bolt Gun Killer yang sulit dipahami. Sementara itu, Audrey mengalami kilas balik yang kuat ke hari kematian Colorado Kid, yang dipicu oleh liontinnya. Episode berakhir dengan Audrey dan Duke berusaha menemukan Daphne, yang terjebak di dalam mobil saat air pasang naik, dan Audrey menyadari bahwa Daphne mungkin adalah penghubung antara para korban.

Musim 3, Episode 5: Double Jeopardy - Seorang wanita misterius berbaju putih mulai menyerang para kriminal di Haven dengan brutal. Duke Crocker menjadi sasaran, dan Audrey mencurigai "wanita berbaju putih" ini terkait dengan kejahatan kekerasan lainnya baru-baru ini. Episode ini berakhir dengan terungkapnya bahwa penyerang tersebut adalah individu yang bermasalah yang dapat hancur menjadi plester saat terluka, dan pembunuh senapan baut terlihat sedang menjahit bagian tubuh, menyiratkan sebuah ciptaan baru yang mengerikan.

Musim 3, Episode 6: Real Estate - Terpikat ke rumah berhantu yang terkenal pada Halloween, Audrey, Nathan, Duke, dan yang lainnya terjebak. Roh jahat rumah itu, Roland Holloway, memaksa mereka untuk menghadapi ketakutan mereka dan satu sama lain. Chad ditemukan tewas, dan kemudian, Tina tertusuk, saat rumah itu memanipulasi peristiwa, yang akhirnya menyebabkan kehancurannya oleh bom.

Musim 3, Episode 7: Magic Hour (1) - Saat Audrey dan Duke menyelidiki orang tua Colorado Kid di Colorado, Nathan dan Tommy menangani "masalah" di Haven di mana orang mati dibangkitkan untuk mendapatkan bayaran. Rica Hamilton tewas tertabrak mobil, hanya untuk dibangkitkan secara ajaib, tetapi kemudian Noelle ditembak mati oleh Tommy. Episode berakhir dengan Audrey menemukan Nathan tampaknya tewas.

Musim 3, Episode 8: Magic Hour (2) - Audrey dan Duke bekerja sama dengan pembunuh yang mereka buru untuk menyelamatkan Nathan, yang dalam kondisi kritis. Mereka berpacu untuk menemukan seorang wanita dengan kekuatan untuk membangkitkan orang mati. Sementara itu, Teagues menemukan bahwa Pembunuh Senapan Baut telah memanipulasi mereka dan melacak si pembunuh ke target sebenarnya. Episode ini berakhir dengan nyawa Nathan di ujung tanduk saat mereka mati-matian mencari sentuhan kebangkitan.

Musim 3, Episode 9: Sarah - Duke dan Nathan dikirim kembali ke tahun 1955, di mana tindakan Duke untuk menyelamatkan kakeknya secara tidak sengaja mengubah garis waktu. Di masa lalu, Nathan mengembangkan perasaan untuk Sarah, identitas Audrey sebelumnya. Episode ini berakhir dengan Sarah membunuh kakek Duke untuk membela diri, dan Audrey menyadari konsekuensi mengerikan dari campur tangan temporal mereka.

Musim 3, Episode 10: Terbakar - Audrey dan Nathan menyelidiki mayat yang terbakar, hanya untuk menemukan bahwa itu adalah Tommy, tetapi Tommy yang asli meninggal berminggu-minggu yang lalu. Mereka bertemu Ginger, seorang gadis dengan kemampuan mengendalikan pikiran, yang mengungkapkan niat manipulatif Penjaga. Pembunuh Senapan Baut terungkap sebagai penjelma, dan Jordan mencoba menculik Ginger, yang menyebabkan penangkapannya. Episode berakhir dengan Audrey menyadari bahwa dia harus memasuki lumbung untuk mengakhiri Masalah.

Musim 3, Episode 11: Perpisahan Terakhir - Audrey terbangun dan mendapati seluruh Haven tertidur lelap, kecuali seorang pria yang menderita amnesia. Dia menemukan bahwa pria itu secara tidak sengaja menyebabkan koma di seluruh kota ketika ketakutannya akan kematian memicu Masalahnya. Untuk menyelamatkan semua orang, dia harus dikembalikan ke komanya, yang mengarah pada pengorbanannya untuk mengakhiri ketidaksadaran massal. Episode ini juga mengungkapkan bahwa Claire Callahan adalah kulit yang digunakan oleh Pembunuh Bolt Gun.

Musim 3, Episode 12: Reuni - Seorang pembunuh menargetkan para peserta reuni SMA Nathan, mengembalikan mereka ke diri mereka yang remaja sebelum membunuh mereka. Skinwalker terungkap sebagai Arla Cogan, istri Colorado Kid, yang mencari bantuan Audrey untuk mencapai lumbung. Identitas asli dan motif Arla terungkap, dan dia ditangkap oleh saudara Teague. Episode berakhir dengan Audrey menghadapi kedatangan lumbung yang akan datang.

Musim 3, Episode 13: Terima Kasih untuk Kenangan - Saat badai meteor mengancam Haven, Audrey, Nathan, dan Duke menghadapi Pembunuh Senapan Baut dan nasib Audrey yang akan datang. James Cogan, terungkap sebagai putra Nathan dengan Sarah, dibawa ke lumbung oleh Arla. Audrey memasuki lumbung, mengorbankan dirinya untuk mengakhiri Masalah, dan Duke menghilang ke dalam lumbung saat lumbung itu lenyap. Episode berakhir dengan Haven menghadapi kehancuran akibat badai meteor, meninggalkan Nathan sendirian.