Dexter Morgan, seorang analis bercak darah forensik untuk Polisi Miami Metro, diam-diam hidup sebagai pembunuh berantai yang hanya menargetkan pembunuh lain. Musim ini, Dexter bergulat dengan pertanyaan tentang iman dan "Penumpang Gelap" miliknya sendiri sambil membesarkan putranya, Harrison. Kakaknya, Debra Morgan, seorang petugas polisi, dipromosikan menjadi Letnan, membawanya lebih dekat ke dunia tersembunyi Dexter.

Konflik utama muncul dengan kemunculan "Pembunuh Kiamat," Travis Marshall, seorang fanatik agama, dan mentornya yang diduga, Profesor Gellar. Mereka melakukan pembunuhan mengerikan yang terinspirasi Alkitab, menciptakan tableau yang rumit di seluruh Miami. Dexter menyelidiki, awalnya percaya Gellar adalah dalangnya. Namun, sebuah kejutan mengejutkan mengungkapkan bahwa Profesor Gellar telah meninggal selama tiga tahun, dan Travis telah berhalusinasi tentangnya, menjadikan Travis satu-satunya pembunuh yang delusi. Saat tindakan Travis meningkat, dia menculik Harrison untuk ritual pengorbanan terakhir.

Dexter menghadapi Travis, akhirnya membunuhnya di ruang pembunuhannya. Dalam klimaks yang mengejutkan, Debra tiba di tempat kejadian dan menyaksikan Dexter melakukan pembunuhan, meninggalkannya tertegun dan selamanya mengubah hubungan mereka.

Musim 6 dari Dexter mencakup episode 1-12. Berikut semua yang terjadi:

Musim 6, Episode 1: Hal-Hal Semacam Itu - Dexter menghadiri reuni SMA ke-20 tahunnya, menargetkan mantan teman sekelas yang dia yakini membunuh istrinya. Sementara itu, Dexter bergulat dengan pertanyaan spiritual saat dia mempertimbangkan sekolah prasekolah Katolik untuk Harrison. Episode ini diakhiri dengan Dexter membunuh Joe Walker, dan Debra menjadi pahlawan dengan menghentikan seorang pria bersenjata.

Musim 6, Episode 2: Dahulu Kala... - Dexter diperkenalkan kepada Brother Sam, seorang pendeta dan mantan narapidana yang menjalankan bengkel untuk mantan narapidana. Debra secara tak terduga ditawari promosi menjadi Letnan dan lamaran pernikahan dari Quinn, yang ia tolak. Dexter menyelidiki Brother Sam, meyakini dia adalah seorang pembunuh, tetapi pada akhirnya menargetkan dan membunuh Julio Benes, seorang anggota geng yang mengancam Sam. Sementara itu, Travis dan Profesor Gellar mempersiapkan korban "Kiamat" mereka berikutnya.

Musim 6, Episode 3: Smokey and the Bandit - Dexter menargetkan Walter Kenney, seorang pembunuh berantai dari masa mudanya yang dikenal sebagai "The Tooth Fairy," yang mengumpulkan gigi para korbannya. Dexter menghadapi kematiannya sendiri dan potensi masa depannya sebagai pembunuh yang menua. Sementara itu, Debra berjuang dengan peran barunya sebagai Letnan, menghadapi tantangan dari LaGuerta. Episode ini diakhiri dengan Dexter membekap Kenney hingga tewas, dan Travis dan Gellar menampilkan adegan mengerikan seorang pelari yang dibunuh diikat ke empat kuda, menandakan kiamat.

Musim 6, Episode 4: Kuda dengan Warna yang Berbeda - Dexter bergulat dengan keyakinan setelah operasi darurat Harrison. Sementara itu, investigasi terhadap "Pembunuh Kiamat" semakin intensif dengan adegan mengerikan empat kuda dan penunggang. Travis Marshall, dimanipulasi oleh Gellar, berpartisipasi dalam jebakan mematikan yang mengakibatkan kematian tidak sengaja seorang pelayan, yang tertusuk oleh kerah berduri. Episode ini diakhiri dengan Dexter mempertanyakan keyakinannya sendiri dan hakikat iman.

Musim 6, Episode 5: Malaikat Maut - Dexter menyelidiki Pembunuh Kiamat, yang korban terbarunya dihiasi dengan sayap malaikat. Dia mencurigai Travis Marshall, seorang pekerja museum, terlibat. Sementara itu, Brother Sam ditembak oleh penyerang tak dikenal. Dexter menghadapi Travis, yang mengklaim Profesor Gellar adalah dalangnya, tetapi Dexter kemudian menemukan Gellar telah meninggal selama tiga tahun, dengan Travis menghalusinasi dirinya. Episode ini diakhiri dengan Dexter mengampuni Travis, berniat untuk menggunakannya untuk menemukan kebenaran.

Musim 6, Episode 6: Lepaskan Saja - Dexter menyelidiki penembakan Brother Sam, yang pada akhirnya menemukan bahwa Nick adalah penembaknya. Terlepas dari permintaan terakhir Sam agar Dexter memaafkan Nick, Dexter menenggelamkan Nick di laut. Episode ini diakhiri dengan Dexter melihat halusinasi saudara laki-lakinya yang telah meninggal, Brian Moser, memuji tindakannya.

Musim 6, Episode 7: Nebraska - Dexter melakukan perjalanan ke Nebraska setelah mengetahui bahwa keluarga Trinity Killer telah menjadi sasaran. Dia menghadapi Jonah Mitchell, putra Trinity, yang mengaku bahwa saudara perempuannya bunuh diri dan dia kemudian membunuh ibu mereka dalam keadaan marah. Dexter, dipengaruhi oleh hantu saudaranya Brian, akhirnya mengampuni Jonah, memilih untuk membiarkannya hidup dengan rasa bersalahnya. Dexter kemudian pergi, meninggalkan pengaruh gelap Brian di belakang.

Musim 6, Episode 8: Dosa Kelalaian - Dexter menggunakan ajaran Brother Sam untuk mengejar petunjuk tentang Pembunuh Kiamat, sementara Debra berselisih dengan LaGuerta tentang kasus yang sudah ditutup. Dexter menghadapi Travis, meyakinkannya untuk membantu menemukan Gellar dengan mengimbau "dosa kelalaian." Gellar menculik saudara perempuan Travis, Lisa, dan menggunakannya dalam sebuah tableau, dan Dexter menemukan sebuah gereja terbengkalai yang berfungsi sebagai tempat persembunyian Gellar, di mana ia menemukan Travis dirantai. Gellar melarikan diri, tetapi Travis, yang sekarang sepenuhnya berkomitmen untuk menghentikannya, setuju untuk membantu Dexter.

Musim 6, Episode 9: Get Gellar - Dexter melacak Travis ke sebuah gereja terbengkalai, hanya untuk menemukan mayat Profesor Gellar yang membeku di dalam freezer, mengungkapkan bahwa Travis bertindak sendiri dan menghalusinasi mentornya. Dexter menyadari bahwa Travis adalah pembunuh sebenarnya. Sementara itu, Debra menghadapi LaGuerta tentang kasus lama, dan Louis Greene terungkap telah mencuri bukti.

Musim 6, Episode 10: Ricochet Rabbit - Dexter menemukan bahwa Travis adalah satu-satunya pembunuh, bukan Gellar, dan bahwa Gellar hanyalah halusinasi. Dexter melarikan diri dari jebakan Travis dan menjebak Gellar atas pembunuhan tersebut. Travis, dengan pasangan fanatik, menculik Holly Benson dan menggorok lehernya, sementara Dexter menghadapi dan membunuh "Doomsday Adam" untuk membela diri. Episode ini diakhiri dengan Dexter menyadari potensi korban massal dari tindakan Travis.

Musim 6, Episode 11: Talk to the Hand - Dexter menggagalkan upaya Beth untuk melepaskan gas beracun di Miami Metro, tetapi dia sendiri terpapar. Travis melarikan diri setelah melumpuhkan Dexter dan meninggalkannya di atas perahu yang dipasangi bom untuk meledak. Sementara itu, Debra bergulat dengan wahyu yang meresahkan dari terapisnya tentang perasaannya terhadap Dexter. Travis melarikan diri dari jebakan Dexter dan membuat tableau baru, "Lake of Fire," dengan Dexter di atas perahu yang meledak, meskipun Dexter selamat.

Musim 6, Episode 12: This Is the Way the World Ends - Di episode final musim ini, Dexter berpacu dengan gerhana matahari untuk menghentikan Travis, yang telah menculik Harrison untuk ritual pengorbanan terakhir. Dexter menghadapi Travis di sebuah gedung pencakar langit, dan setelah perkelahian, Dexter membunuh Travis. Tepat saat Dexter melakukan pembunuhan, Debra menyaksikan tindakan tersebut, membuatnya terkejut dan mengubah hubungan mereka secara permanen. Dexter kemudian diselamatkan dari laut oleh sebuah perahu yang lewat.