Dexter Morgan adalah seorang analis bercak darah untuk Miami Metro yang diam-diam menjalani kehidupan ganda sebagai pembunuh berantai, memburu pembunuh lain yang lolos dari keadilan. Musim ini, Dexter secara tidak sengaja membunuh Oscar Prado, saudara dari Asisten Jaksa Wilayah Miguel Prado. Peristiwa tak terduga ini memaksa Dexter menjalin aliansi yang tidak nyaman dengan Miguel, sementara pacarnya, Rita, mengungkapkan bahwa dia hamil, menambahkan komplikasi baru yang signifikan dalam hidupnya.

Saat Dexter memburu pengedar narkoba Freebo, dia ditemukan oleh Miguel, yang secara mengejutkan berterima kasih kepada Dexter karena telah membalaskan dendam saudaranya. Miguel menjadi terpesona oleh "penumpang gelap" Dexter dan ingin berpartisipasi dalam keadilan vigilante-nya. Dexter mencoba mengajari Miguel kodenya, tetapi sifat asli Miguel muncul saat dia mulai membunuh di luar aturan Dexter, terutama membunuh pengacara Ellen Wolf. Ini mengungkapkan niat manipulatif Miguel, mengubah aliansi mereka menjadi permainan kucing-kucingan yang berbahaya. Dexter menyadari Miguel adalah ancaman berbahaya dan harus dihentikan.

Musim ini memuncak dengan Dexter menghadapi dan mencekik Miguel Prado sampai mati, menjebak pembunuh lain, George King (dikenal sebagai "The Skinner"), atas pembunuhan tersebut. Dexter kemudian berhasil membunuh George King setelah ditangkap dan disiksa. Musim ini berakhir dengan Dexter menikahi Rita, seolah-olah merangkul kehidupan normal, meskipun setetes darah di gaun pengantin Rita mengisyaratkan kegelapan abadi dalam dirinya.

Musim 3 dari Dexter mencakup episode 1-12. Berikut semua yang terjadi:

Musim 3, Episode 1: Ayah Kita - Dexter secara keliru membunuh Oscar Prado, saudara dari Asisten Jaksa Wilayah Miguel Prado, saat mencoba membunuh seorang pengedar narkoba. Pembunuhan yang tidak direncanakan ini menyebabkan Dexter membentuk aliansi yang tidak nyaman dengan Miguel. Sementara itu, Rita mengungkapkan kepada Dexter bahwa dia hamil, menambahkan komplikasi baru yang signifikan dalam hidupnya.

Musim 3, Episode 2: Mencari Freebo - Dexter memburu pengedar narkoba Freebo, yang bertanggung jawab atas kematian Teegan. Dexter berhasil membunuh Freebo di garasi terpisah, tetapi ditemukan oleh Miguel Prado. Dexter mengklaim membela diri, dan Miguel, secara mengejutkan, berterima kasih kepada Dexter karena telah membalaskan dendam kematian saudaranya. Episode ini diakhiri dengan Dexter membuang mayat Freebo di laut, sementara Rita memutuskan untuk mempertahankan bayi mereka.

Musim 3, Episode 3: The Lion Sleeps Tonight - Dexter menemukan seorang pedofil, Nathan Marten, memotret Astor. Meskipun Marten tidak memenuhi kriteria biasanya, Dexter mencekiknya hingga mati, menyatakan, "Tidak ada yang menyakiti anak-anakku." Dexter juga bergulat dengan peran sebagai ayah yang akan datang. Episode ini diakhiri dengan Dexter membawa susu ke rumah Rita, meletakkan tangan di perutnya, dan menerima perannya sebagai seorang ayah.

Musim 3, Episode 4: All in the Family - Dexter melamar Rita, yang awalnya menolak tetapi akhirnya menerima setelah dia menggunakan kalimat dari seorang wanita bermasalah yang sedang dia selidiki. Dexter memanipulasi saudara Miguel yang mudah berubah, Ramon, ke dalam konfrontasi agresif, semakin mengisolasi Miguel dan memperkuat kendali Dexter. Ramon dijebak sebagai tidak stabil dan tidak dapat dipercaya, dan Dexter berhasil meyakinkan Miguel bahwa dia adalah satu-satunya yang bisa dia andalkan.

Musim 3, Episode 5: Menjadi Biminese - Dexter melacak seorang suami yang membunuh dua istrinya demi keuntungan finansial ke Bimini. Sementara itu, Rita mengalami keadaan darurat medis saat USG, menyebabkan Dexter mengevaluasi ulang prioritasnya. Manipulasi Miguel Prado terhadap "penumpang gelap" Dexter meningkat saat Dexter menyadari niat sebenarnya Miguel.

Musim 3, Episode 6: Sí Se Puede - Dexter menguji komitmen Miguel terhadap jalan gelapnya dengan mengatur agar mereka membunuh seorang supremasi kulit putih, Clemson Galt. Sementara itu, Debra mencurigai Ramon Prado adalah "The Skinner," dan Rita mempertimbangkan peluang karir baru. Episode ini diakhiri dengan Dexter berhasil membunuh Galt sendirian, menyadari Miguel belum siap untuk berbagi pembunuhannya, dan Miguel menyadari Dexter telah menipunya.

Musim 3, Episode 7: Semudah Pai - Dexter terpecah antara kode etik dan persahabatannya. Dia berjuang untuk mendamaikan keinginan Miguel untuk membunuh pengacara Ellen Wolf dengan aturannya sendiri. Sementara itu, teman Dexter yang sakit parah, Camilla, memintanya untuk mengakhiri penderitaannya. Dexter akhirnya mengeutanasia Camilla dengan pai jeruk nipis beracun, dan dia meninggal dengan tenang, bahkan mengakui bahwa Dexter benar membunuh saudaranya. Dexter dan Miguel berbaikan, dengan Miguel menjadi pendamping prianya.

Musim 3, Episode 8: Kerusakan yang Bisa Dilakukan Seorang Pria - Dengan enggan, Dexter mengajarkan Miguel Prado "Kode" untuk membunuh Billy Fleeter. Setelah Dexter menyuntik Fleeter, Miguel menikam dan membunuhnya, merasa tindakan itu menggembirakan. Sementara itu, Debra menemukan pacar informannya, Anton, hilang, menyadari bahwa dia telah ditangkap oleh Skinner. Dexter melamar Rita, memberinya cincin pertunangan.

Musim 3, Episode 9: Tentang Malam Lalu - Persahabatan Dexter dengan Miguel menegang saat Rita mengonfrontasinya tentang dugaan perselingkuhan. Debra dengan panik mencari Anton, yang ternyata diculik oleh "The Skinner." Dexter menemukan Miguel membunuh Ellen Wolf, dan tes darah mengonfirmasi Miguel menggunakan darah sapi untuk menipu Dexter, mengungkapkan Miguel telah memanipulasinya selama ini. Episode ini diakhiri dengan Dexter menyadari Miguel adalah ancaman berbahaya.

Musim 3, Episode 10: Go Your Own Way - Aliansi Dexter dan Miguel yang tegang mencapai titik puncak saat mereka terlibat dalam permainan kucing dan tikus yang berbahaya. Miguel mengancam karier Debra untuk memanipulasi Dexter, sementara Dexter membalas dengan mengungkap perselingkuhan Miguel dengan LaGuerta kepada istrinya, Sylvia. Episode ini mencapai klimaks dengan Dexter disergap dan diculik saat dia merenungkan langkah selanjutnya melawan Miguel.

Musim 3, Episode 11: I Had a Dream - Dexter tiba-tiba diculik untuk pesta bujangnya, hanya untuk menyadari bahwa dia sekarang harus melenyapkan pendamping prianya, Miguel. LaGuerta mulai curiga terhadap keterlibatan Miguel dalam pembunuhan Ellen Wolf, yang membuat Dexter memasang jebakan. Dexter menghadapi dan mencekik Miguel Prado hingga tewas, menjebak Skinner atas pembunuhan tersebut. Debra mengetahui perselingkuhan ayahnya dengan seorang CI, dan Dexter memintanya untuk menjadi pendamping prianya.

Musim 3, Episode 12: Maukah Anda Menikah dengan Dexter Morgan? - Dexter bersiap untuk pernikahannya dengan Rita sambil secara bersamaan menghadapi dampak dari kematian Miguel dan ancaman baru dari George King. Dexter berhasil membunuh George King setelah ditangkap dan disiksa. Episode ini diakhiri dengan Dexter dan Rita menikah, tanpa menyadari tetesan darah jatuh dari gips Dexter ke gaun pengantin Rita, mengisyaratkan kegelapan di masa depan.