Dexter Morgan, analystes médico-légiste pour la police de Miami Metro, mène secrètement une double vie en tant que tueur en série qui ne cible que d'autres meurtriers, suivant un code strict enseigné par son père adoptif, Harry. Sa sœur, Debra Morgan, une détective, se remet encore d'une épreuve traumatisante. La petite amie de Dexter, Rita Bennett, est une mère célibataire de deux enfants. Cette saison, Dexter lutte contre son envie de tuer après les événements de la saison précédente, tandis que son collègue, le sergent Doakes, se méfie de plus en plus de lui.

Le conflit central éclate lorsque des chasseurs de trésors découvrent un macabre cimetière sous-marin des victimes passées de Dexter, ce qui entraîne une enquête massive du FBI sur le "Boucher de Bay Harbor", dirigée par l'agent spécial Frank Lundy. Pour couvrir ses traces auprès de Rita, Dexter prétend avoir une toxicomanie et assiste à des réunions des Narcotiques Anonymes, où il rencontre Lila Tournay, sa sponsor manipulatrice qui devient rapidement obsédée par lui. Le sergent Doakes, implacable dans sa poursuite, découvre finalement les trophées de lames de sang cachés de Dexter, confirmant ses soupçons que Dexter est le Boucher de Bay Harbor. Dexter neutralise Doakes et l'emprisonne, mais un retournement de situation choquant révèle que Harry s'est suicidé en raison de la honte d'avoir créé le "Dark Passenger" de Dexter.

Dans le climax, Lila retrouve Dexter à l'emplacement de Doakes, découvre le secret de Dexter, puis tue Doakes en incendiant la cabane, le faisant passer pour le Boucher de Bay Harbor. Doakes étant officiellement identifié comme le tueur, l'affaire du Boucher de Bay Harbor est close. Dexter se rend ensuite à Paris, où il confronte et tue Lila, éliminant la dernière personne qui connaissait son secret.

La saison 2 de Dexter couvre les épisodes 1-12. Voici tout ce qui s'est passé:

Saison 2, Épisode 1 : C'est vivant ! - Cinq semaines après avoir tué son frère, Dexter lutte contre son Passager Noir, se retrouvant incapable de tuer. La surveillance constante du sergent Doakes entrave les opportunités de Dexter, et quand il en a enfin une, il laisse sa cible partir. Pendant ce temps, Debra retourne au travail, toujours traumatisée, et des chasseurs de trésors découvrent un cimetière macabre des victimes passées de Dexter, ce qui mène à l'enquête sur le "Boucher de Bay Harbor".

Saison 2, Épisode 2 : En Attendant de Souffler - Dexter lutte pour retrouver son instinct de tueur et est rongé par la culpabilité suite à la mort d'un témoin. Il tue finalement Little Chino, retrouvant son "mojo". Pendant ce temps, Rita confronte Dexter à propos de la mort de Paul, ce qui l'amène à mentir en se faisant passer pour un toxicomane afin de dissimuler ses actes. L'agent du FBI Frank Lundy arrive pour enquêter sur les meurtres du "Boucher de Bay Harbor".

Saison 2, Épisode 3 : Un Mensonge Gênant - Dexter assiste à des réunions des Narcotiques Anonymes pour couvrir ses traces, ce qui amène Rita à soupçonner une toxicomanie. Il cible Roger Hicks, un vendeur de voitures lié à des meurtres. Dexter tue Hicks, mais sa présence aux NA lui fait rencontrer Lila, qui devient sa marraine et reconnaît sa nature trompeuse. Doakes observe Dexter à une réunion des NA, ce qui renforce ses soupçons.

Saison 2, Épisode 4 : Transparent - Dexter tente d'effrayer sa marraine Lila en lui montrant les victimes du Boucher de Bay Harbor, mais elle admire étonnamment le tueur. Il détruit ensuite des preuves en cassant le climatiseur de la morgue, faisant fondre les cadavres et s'exposant potentiellement. Pendant ce temps, Doakes est forcé de tuer Curtis Barnes en état de légitime défense, et la mère de Rita lui rend visite, sentant que Dexter cache quelque chose.

Saison 2, Épisode 5 : Le sombre justicier - Dexter découvre que l'un des assassins de sa mère, Santos Jimenez, est vivant. Encouragé par Lila, Dexter confronte Jimenez, apprenant que sa mère était une informatrice et l'amante d'Harry. Dexter bat brutalement Jimenez, le laissant inconscient. Pendant ce temps, Debra rompt avec Gabriel, et la mère de Rita, Gail, décide d'emménager, soupçonnant que Dexter cache quelque chose. L'épisode se termine avec Dexter nettoyant son bateau, ignorant qu'il est surveillé par la police.

Saison 2, Épisode 6 : Dex, Mensonges et Vidéosurveillance - Un copycat émerge, imitant le Boucher de Bay Harbor, forçant Dexter à éliminer l'imitateur. La relation de Dexter avec Rita implose après qu'elle découvre sa liaison avec Lila, menant à leur rupture. Dexter se lance également dans une course contre la montre pour détruire une vidéo de surveillance qui pourrait le démasquer.

Saison 2, Épisode 7 : Cette nuit-là, une forêt a poussé - Dexter envoie un manifeste trompeur à la presse pour détourner l'enquête sur le Boucher de Bay Harbor. Il sabote également le sergent Doakes, ce qui conduit à ce que Doakes agresse brutalement Dexter en représailles. Pendant ce temps, Lila, désespérée d'attirer l'attention de Dexter, incendie son propre appartement, un acte que Dexter commence à soupçonner qu'elle a orchestré. L'épisode se termine avec Dexter quittant Rita et les enfants pour s'occuper de "l'urgence" de Lila.

Saison 2, Épisode 8 : Le Matin Vient - Dexter est attaqué par Santos Jimenez, le meurtrier de sa mère, que Lila a orchestré pour l'affronter. Dexter confronte Lila, réalisant qu'elle a organisé l'attaque pour le garder près d'elle, et l'avertit de rester loin de lui et de Rita. Pendant ce temps, Doakes découvre les trophées de lames de sang de Dexter, confirmant ses soupçons sur le Boucher de Bay Harbor. L'épisode se termine avec Dexter traquant et tuant Jimenez avec une tronçonneuse.

Saison 2, Épisode 9 : La résistance est futile - Dexter se retrouve poursuivi par le FBI, qui le soupçonne d'être le Boucher de Bay Harbor. Il manipule la situation, les amenant à croire que Doakes est le tueur. Pendant ce temps, Doakes, ayant découvert les lames de sang de Dexter, le confronte. Dexter neutralise Doakes et l'emprisonne dans une cage, préparant le terrain pour une confrontation désespérée.

Saison 2, Épisode 10 : Il y a quelque chose à propos d'Harry - Dexter confronte le baron de la drogue Jose Garza, solidifiant Doakes comme le principal suspect du Boucher de Bay Harbor. Cependant, Doakes révèle un secret dévastateur : Harry s'est suicidé à cause de la honte d'avoir formé Dexter. Cette révélation brise le monde de Dexter, l'amenant à réaliser que son père ne pouvait pas vivre avec ce qu'il avait créé.

Saison 2, Épisode 11 : Virage à Gauche - Dexter envisage de se dénoncer après que Lila ait faussement accusé Angel de viol, entraînant la suspension d'Angel. Doakes s'échappe de sa cage mais est recapturé par des trafiquants de drogue, le forçant, lui et Dexter, à coopérer. Lila découvre le GPS de Dexter, la menant à l'emplacement de Doakes, et Dexter décide finalement de ne pas se rendre aux autorités.

Saison 2, Épisode 12 : L'Invasion Britannique - Lila découvre Doakes emprisonné et apprend que Dexter est le Boucher de Bay Harbor. Elle tue ensuite Doakes en incendiant la cabane, l'accusant d'être le tueur. Dexter se réconcilie avec Rita, mais traque plus tard Lila à Paris et la tue. L'affaire du Boucher de Bay Harbor est close, Doakes étant officiellement identifié comme le tueur.

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