Haven es un pueblo misterioso donde las aflicciones sobrenaturales, conocidas como "Problemas", se manifiestan regularmente, causando caos y peligro. La agente del FBI Audrey Parker llega a Haven y pronto descubre que tiene una conexión profunda e inexplicable con el pueblo y sus recurrentes Problemas. Se asocia con el detective local Nathan Wuornos, quien es inmune a los Problemas, y a menudo se encuentra en desacuerdo con Duke Crocker, un encantador contrabandista cuyo linaje familiar está maldito por los Problemas. El objetivo principal de Audrey es comprender su verdadera identidad y el misterio del "Colorado Kid", una figura de su pasado, mientras también intenta evitar que los Problemas destruyan Haven.

Esta temporada, Audrey descubre una verdad impactante: es una figura recurrente que aparece en Haven cada 27 años para detener los Problemas, solo para desaparecer cuando ocurre un evento celestial llamado el "Cazador". La búsqueda del Colorado Kid se intensifica cuando su tumba es encontrada vacía, lo que sugiere que aún podría estar vivo. Una nueva amenaza surge en forma del "Asesino de la Pistola de Perno", que ataca a individuos con Problemas. Nathan y Duke son enviados inesperadamente a 1955, donde Nathan se enamora de "Sarah", una identidad anterior de Audrey. Más tarde, se revela que el Asesino de la Pistola de Perno es una cambiaformas llamada Arla Cogan, la esposa del Colorado Kid, quien manipula los eventos para forzar a Audrey a entrar en un misterioso granero.

A medida que la temporada culmina, Audrey se enfrenta a una elección imposible. Para poner fin al ciclo de Problemas que asolan Haven, debe entrar en el granero, un sacrificio que significa su desaparición. Audrey entra en el granero, aparentemente sacrificándose para detener los Problemas, y Duke desaparece en el granero mientras este se desvanece. Haven queda enfrentando la destrucción de una inminente tormenta de meteoritos, dejando a Nathan solo en medio del caos.

La temporada 3 de Haven cubre los episodios 1-13. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 3, Episodio 1: 301 - Audrey es retenida cautiva por un hombre misterioso que exige información sobre el Niño de Colorado. Mientras tanto, Haven se ve asolada por extraños fenómenos alienígenas, y el conflicto entre Nathan y Duke se intensifica. Se descubre que la tumba del Niño de Colorado está vacía, y Audrey descubre un mensaje críptico escrito con su propia letra de hace 27 años, insinuando que el Niño de Colorado podría seguir vivo.

Temporada 3, Episodio 2: Quédate - Una misteriosa aflicción hace que la gente se transforme en hombres desnudos y gruñendo. Audrey y Nathan investigan, descubriendo que las transformaciones están relacionadas con el perro de un granjero. El episodio revela que el "Cazador" es una tormenta de meteoritos que ocurre cada 27 años, y las personas pasadas de Audrey desaparecen durante ella. Audrey se entera de que solo le quedan dos meses hasta la próxima tormenta.

Temporada 3, Episodio 3: El Granjero - Una serie de espantosos asesinatos, donde a las víctimas se les extraen los órganos, lleva a Audrey y Nathan a un individuo problemático de una clínica de fertilidad local. El "Problema" de este individuo causa el fallo de sus órganos, obligándolo a extraerlos de miembros de la familia. Duke se ve obligado a matar al hombre problemático, poniendo fin al ciclo de extracción de órganos. Mientras tanto, Audrey lidia con su inminente desaparición debido a la lluvia de meteoros del Cazador.

Temporada 3, Episodio 4: Por encima de mi cabeza - Mientras misteriosas ahogamientos asolan Haven, Audrey investiga una serie de muertes relacionadas con el océano, sospechando una conexión con el esquivo Bolt Gun Killer. Mientras tanto, Audrey experimenta un poderoso flashback del día en que murió el Colorado Kid, desencadenado por su medallón. El episodio concluye con Audrey y Duke trabajando para localizar a Daphne, quien está atrapada en un coche mientras la marea sube, y Audrey se da cuenta de que Daphne podría ser el vínculo entre las víctimas.

Temporada 3, Episodio 5: Doble Peligro - Una misteriosa mujer de blanco comienza a atacar brutalmente a criminales en Haven. Duke Crocker es el objetivo, y Audrey sospecha que esta "mujer de blanco" está conectada con otros crímenes violentos recientes. El episodio concluye con la revelación de que la atacante es un individuo con problemas que puede desintegrarse en yeso al ser herido, y se muestra al asesino de la pistola de pernos cosiendo partes del cuerpo, lo que implica una nueva y espantosa creación.

Temporada 3, Episodio 6: Bienes raíces - Atraídos a una notoria casa embrujada en Halloween, Audrey, Nathan, Duke y otros quedan atrapados. El espíritu malévolo de la casa, Roland Holloway, los obliga a enfrentar sus miedos y entre sí. Chad es encontrado muerto, y más tarde, Tina es empalada, mientras la casa manipula los eventos, lo que finalmente lleva a su destrucción por bomba.

Temporada 3, Episodio 7: La hora mágica (1) - Mientras Audrey y Duke investigan a los padres del Niño de Colorado en Colorado, Nathan y Tommy lidian con un "problema" en Haven donde los muertos están siendo resucitados a cambio de un pago. Rica Hamilton es atropellada por un coche, solo para ser milagrosamente revivida, pero luego Noelle es disparada y asesinada por Tommy. El episodio termina con Audrey encontrando a Nathan aparentemente muerto.

Temporada 3, Episodio 8: La hora mágica (2) - Audrey y Duke unen fuerzas con el asesino al que han estado cazando para salvar a Nathan, quien se encuentra en estado crítico. Corren para encontrar a una mujer con el poder de resucitar a los muertos. Mientras tanto, los Teague descubren que el Asesino de la Pistola de Rayos los ha manipulado y rastrean al asesino hasta su verdadero objetivo. El episodio concluye con la vida de Nathan pendiendo de un hilo mientras buscan desesperadamente el toque de resurrección.

Temporada 3, Episodio 9: Sarah - Duke y Nathan son enviados de regreso a 1955, donde las acciones de Duke para salvar a su abuelo alteran inadvertidamente la línea de tiempo. En el pasado, Nathan se enamora de Sarah, una identidad anterior de Audrey. El episodio concluye con Sarah matando al abuelo de Duke en defensa propia, y Audrey dándose cuenta de las terribles consecuencias de su intromisión temporal.

Temporada 3, Episodio 10: Quemado - Audrey y Nathan investigan un cuerpo quemado, solo para descubrir que es Tommy, pero el Tommy real murió hace semanas. Se encuentran con Ginger, una chica con habilidades de control mental, quien revela las intenciones manipuladoras de la Guardia. El Asesino de la Pistola de Pernos se revela como un cambia-pieles, y Jordan intenta secuestrar a Ginger, lo que lleva a su arresto. El episodio concluye con Audrey dándose cuenta de que debe entrar en el granero para acabar con los Problemas.

Temporada 3, Episodio 11: Últimos Adiós - Audrey despierta y encuentra a todo Haven en un profundo sueño, excepto a un hombre que sufre de amnesia. Ella descubre que él causó inadvertidamente el coma generalizado del pueblo cuando su miedo a morir activó su Problema. Para salvar a todos, debe ser devuelto a su coma, lo que lleva a su sacrificio para terminar la inconsciencia masiva. El episodio también revela que Claire Callahan era una piel utilizada por el Asesino del Rifle de Pernos.

Temporada 3, Episodio 12: Reunión - Un asesino ataca a los asistentes a la reunión de secundaria de Nathan, devolviéndolos a su yo adolescente antes de asesinarlos. Se revela que el Cambiapieles es Arla Cogan, la esposa del Niño de Colorado, quien busca la ayuda de Audrey para llegar al granero. La verdadera identidad y el motivo de Arla quedan expuestos, y es detenida por los hermanos Teague. El episodio concluye con Audrey enfrentando la inminente llegada del granero.

Temporada 3, Episodio 13: Gracias por los recuerdos - Mientras una tormenta de meteoritos amenaza Haven, Audrey, Nathan y Duke se enfrentan al Asesino del Arma de Rayos y al inminente destino de Audrey. James Cogan, revelado como el hijo de Nathan con Sarah, es llevado al granero por Arla. Audrey entra en el granero, sacrificándose para acabar con los Troubles, y Duke desaparece en el granero mientras este se desvanece. El episodio concluye con Haven enfrentándose a la destrucción por la tormenta de meteoritos, dejando a Nathan solo.