La segunda temporada de Haven sumerge a Audrey Parker, una decidida agente del FBI que investiga aflicciones sobrenaturales, en un pueblo donde los extraños sucesos, conocidos como "Troubles", son habituales. Trabaja junto a Nathan Wuornos, un oficial de policía que no siente dolor, y Duke Crocker, un hombre con un pasado misterioso. El conflicto central de la temporada gira en torno a la búsqueda de Audrey por comprender y controlar estos Troubles, al mismo tiempo que descubre la verdad sobre su propia identidad y su conexión con Haven.

La temporada está marcada por impactantes revelaciones y peligrosos encuentros. Aparece una segunda Audrey Parker, lo que lleva al descubrimiento de que la Audrey original es en realidad una persona con Troubles y recuerdos implantados. Ian Haskell, quien roba aflicciones, muere tras intentar destruir Haven. Más tarde, los recuerdos de Audrey son borrados por un misterioso edificio. Lori se electrocuta con sus propios poderes, y Chris se convierte en una estatua. Evi Ryan recibe un disparo mortal durante un cierre de emergencia en la comisaría. Audrey mata al Reverendo Driscoll para proteger a Duke. La temporada culmina con Audrey descubriendo que es Lucy Ripley, una iteración pasada de sí misma, y Kyle Hopkins se suicida para poner fin a las perturbaciones sobrenaturales.

La temporada concluye con Haven atrapado en una cúpula invisible, lo que provoca la desaparición de los residentes. Audrey logra liberar el pueblo, restaurando a todos, pero los residentes olvidan los sucesos.

La temporada 2 de Haven cubre los episodios 1-13. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 2, Episodio 1: Una historia de dos Audreys - El episodio comienza con la llegada de una segunda Audrey Parker, quien afirma ser una agente del FBI y posee muchos de los recuerdos de la Audrey original. Mientras plagas bíblicas descienden sobre Haven, causadas por un hombre llamado T.J. cuyo poder manifiesta lo que lee, las dos Audreys trabajan juntas. Se revela que la "otra" Audrey es la verdadera Audrey Parker, mientras que la Audrey original es la "Troubled" con recuerdos implantados. El episodio concluye con la verdadera Audrey protegiendo a la Audrey impostora de su supuesto jefe del FBI, quien se revela que es de la realidad de la impostora.

Temporada 2, Episodio 2: Miedo y asco - Los habitantes de Haven son asediados por sus peores miedos manifestándose visualmente, un fenómeno vinculado a que Ian Haskell robe aflicciones. Nathan Wuornos recupera su sentido del tacto, y Ian es herido de muerte por Nathan tras intentar destruir Haven con un tablero de rompecabezas, pero transfiere la aflicción de Jackie a este antes de morir.

Temporada 2, Episodio 3: Máquina de Amor - Audrey y Nathan investigan los muelles de Haven, que han comenzado a atacar a la gente. Descubren que un hombre llamado Louis Pufahl, que repara máquinas, ha causado inadvertidamente este "Problema" al imbuirlas con afecto obsesivo. Halsey es asesinada por las máquinas poseídas, y la novia de Louis, Marcia, es el objetivo. El episodio concluye con Audrey encontrando un edificio misterioso que borra sus recuerdos, dejándola con amnesia.

Temporada 2, Episodio 4: Chispas y Recreación - La esposa del alcalde Brody, Felicia, utiliza a una mujer llamada Lori, que puede canalizar electricidad, para matarlo. Audrey investiga la muerte del alcalde, descubriendo que su aflicción hacía que la gente lo adorara. Chris, el hijo del alcalde, hereda la aflicción de su padre, y Audrey comienza a desarrollar una conexión con él. El episodio concluye con Lori siendo electrocutada por sus propios poderes, y Chris sucumbiendo a su aflicción heredada, convirtiéndose en una estatua.

Temporada 2, Episodio 5: Raíces - Mientras asiste a una boda, Audrey descubre que un invitado puede controlar las plantas. La boda se convierte en una trampa mortal cuando las raíces brotan del suelo, engullendo la finca y atrapando a los asistentes, incluyendo a Audrey, Chris, Duke y Evi. Nathan, Vince y Dave también quedan atrapados por la agresiva flora. El episodio concluye con la revelación de que el odio arraigado de la familia ha provocado la reacción de las plantas, y se sugiere el amor como solución.

Temporada 2, Episodio 6: El día libre de Audrey Parker - Audrey descubre que está reviviendo el mismo día, con un amigo diferente muriendo cada vez. La causa es un hombre con TOC cuya culpa por la muerte de su hija desencadena un bucle temporal. Finalmente se sacrifica para romper el ciclo, pero Audrey queda desconsolada al no poder salvarlo.

Temporada 2, Episodio 7: Las mareas que atan - Un misterioso ahogamiento lleva a Audrey y Nathan a la reclusa familia Glendower, que posee un "Problema" único que les exige pasar largos períodos sumergidos en agua. Se revela que Cole Glendower asesinó a Leith Glendower para proteger el secreto de Gwen/Penny. El episodio concluye con los hombres Glendower, incluido un joven Daniel, abrazando su naturaleza acuática y migrando al mar, dejando atrás el mundo humano.

Temporada 2, Episodio 8: Amigo o Falso - Un banquero de modales apacibles, Cornell Stamoran, engendra copias más oscuras y desquiciadas de sí mismo. Estos clones tienen la intención de matar a Henry, un joven testigo del malversación y asesinato de su jefe por parte de Stamoran. Audrey convence a un clon para que mate al Stamoran original, poniendo fin al ciclo de copias. El episodio concluye con Nathan enfrentando un posible despido de su puesto de jefe de policía debido a pruebas falsas en su contra.

Temporada 2, Episodio 9: Confinamiento - Una misteriosa infección se propaga por la comisaría de Haven, obligando a un confinamiento con Audrey y Nathan atrapados dentro. Sospechan una causa sobrenatural, no un simple brote. Evi Ryan recibe un disparo mortal mientras intentaba ayudar, y el episodio concluye con la revelación de que el Jefe Merrill estuvo en contacto con Driscoll, lo que indica una complicidad más profunda.

Temporada 2, Episodio 10: ¿Quién, Qué, Dónde, Wendigo? - Un adolescente desaparece en el bosque, lo que lleva a Audrey y Nathan a investigar una leyenda local de un Wendigo. Descubren que los "Wendigos" son dos niñas con aflicciones caníbales. Audrey mata al Reverendo Driscoll para proteger a Duke y a las niñas. El episodio concluye con las niñas siendo puestas bajo custodia protectora, y Duke lamentando la pérdida de una posible fuente de información sobre su pasado.

Temporada 2, Episodio 11: Negocios como siempre - Audrey y Nathan investigan una serie de asesinatos extraños donde las víctimas son momificadas. Duke descubre un impactante secreto sobre su linaje que podría alterar su futuro, mientras Audrey se enfrenta a una figura de su pasado, lo que lleva a una revelación sorprendente sobre su propia identidad. El episodio concluye con estos importantes descubrimientos personales tanto para Duke como para Audrey.

Temporada 2, Episodio 12: Pecados de los Padres - Fantasmas del pasado se alzan en Haven, buscando venganza y revelando secretos. Bill accidentalmente dispara y mata a Sheila, creyendo que la está salvando de Arlo, su difunto esposo, quien está orquestando el evento. Audrey descubre que es Lucy Ripley, una iteración pasada de sí misma. El episodio concluye con Kyle Hopkins suicidándose para detener las perturbaciones sobrenaturales, haciendo que los fantasmas desaparezcan.

Temporada 2, Episodio 13: Noche de Paz - Un episodio navideño ambientado en julio, Audrey descubre que Haven está atrapado en una cúpula invisible, lo que hace que los residentes desaparezcan y sean olvidados. Una chica atormentada, obsesionada con una bola de nieve, es la responsable. Audrey la convence para que libere el pueblo, restaurando a todos los que desaparecieron, pero nadie recuerda los eventos.