Haven ist eine mysteriöse Stadt, in der übernatürliche Leiden, bekannt als "Troubles", regelmäßig auftreten und Chaos und Gefahr verursachen. FBI-Agentin Audrey Parker kommt in Haven an und entdeckt bald, dass sie eine tiefe, unerklärliche Verbindung zur Stadt und ihren wiederkehrenden Troubles hat. Sie tut sich mit dem lokalen Detektiv Nathan Wuornos zusammen, der immun gegen die Troubles ist, und gerät oft in Konflikt mit Duke Crocker, einem charmanten Schmuggler, dessen Familienlinie von den Troubles verflucht ist. Audreys Hauptziel ist es, ihre wahre Identität und das Geheimnis des "Colorado Kid", einer Figur aus ihrer Vergangenheit, zu verstehen, während sie gleichzeitig versucht, die Troubles davon abzuhalten, Haven zu zerstören.

In dieser Staffel erfährt Audrey eine schockierende Wahrheit: Sie ist eine wiederkehrende Figur, die alle 27 Jahre in Haven auftaucht, um die Troubles zu stoppen, nur um zu verschwinden, wenn ein himmlisches Ereignis namens "Hunter" eintritt. Die Suche nach dem Colorado Kid intensiviert sich, als sein Grab als leer befunden wird, was darauf hindeutet, dass er noch am Leben sein könnte. Eine neue Bedrohung entsteht in Form des "Bolt Gun Killers", der Troubled-Individuen ins Visier nimmt. Nathan und Duke werden unerwartet ins Jahr 1955 zurückgeschickt, wo sich Nathan in "Sarah" verliebt, eine frühere Identität von Audrey. Später wird der Bolt Gun Killer als ein Skin-Walker namens Arla Cogan, die Frau des Colorado Kid, entlarvt, die Ereignisse manipuliert, um Audrey in eine mysteriöse Scheune zu zwingen.

Als die Staffel ihren Höhepunkt erreicht, steht Audrey vor einer unmöglichen Wahl. Um den Kreislauf der Troubles, die Haven plagen, zu beenden, muss sie die Scheune betreten, ein Opfer, das ihr Verschwinden bedeutet. Audrey betritt die Scheune, opfert sich scheinbar, um die Troubles zu stoppen, und Duke verschwindet in der Scheune, als diese verschwindet. Haven steht vor der Zerstörung durch einen drohenden Meteoritenschauer, und Nathan bleibt allein inmitten des Chaos zurück.

Staffel 3 von Haven umfasst die Episoden 1-13. Hier ist alles, was passiert ist:

Staffel 3, Episode 1: 301 - Audrey wird von einem mysteriösen Mann gefangen gehalten, der Informationen über den Colorado Kid verlangt. Unterdessen wird Haven von bizarren außerirdischen Phänomenen heimgesucht, und Nathans und Dukes Konflikt eskaliert. Das Grab des Colorado Kid wird als leer befunden, und Audrey entdeckt eine kryptische Nachricht in ihrer eigenen Handschrift von vor 27 Jahren, die darauf hindeutet, dass der Colorado Kid noch am Leben sein könnte.

Staffel 3, Folge 2: Stay - Eine mysteriöse Krankheit lässt Menschen zu nackten, knurrenden Männern werden. Audrey und Nathan untersuchen und entdecken, dass die Verwandlungen mit dem Hund eines Farmers zusammenhängen. Die Folge enthüllt, dass der "Jäger" ein Meteoritenschauer ist, der alle 27 Jahre stattfindet, und Audreys frühere Persönlichkeiten verschwinden währenddessen. Audrey erfährt, dass sie nur noch zwei Monate bis zum nächsten Schauer hat.

Staffel 3, Episode 3: Der Farmer - Eine Reihe grausamer Morde, bei denen den Opfern die Organe entnommen werden, führt Audrey und Nathan zu einer problematischen Person aus einer lokalen Fruchtbarkeitsklinik. Das "Problem" dieser Person führt zum Versagen ihrer Organe, was sie zwingt, diese von Familienmitgliedern zu entnehmen. Duke ist gezwungen, den problematischen Mann zu töten, wodurch der Kreislauf der Organentnahme beendet wird. Währenddessen kämpft Audrey mit ihrem bevorstehenden Verschwinden aufgrund des Meteoritenschauers "Hunter".

Staffel 3, Episode 4: Over My Head - Während mysteriöse Ertrinkungsfälle Haven plagen, untersucht Audrey eine Reihe von todesfällen im Zusammenhang mit dem Meer und vermutet eine Verbindung zum schwer fassbaren Bolt Gun Killer. Währenddessen erlebt Audrey einen mächtigen Rückblick auf den Tag, an dem der Colorado Kid starb, ausgelöst durch ihr Medaillon. Die Episode endet damit, dass Audrey und Duke versuchen, Daphne zu finden, die in einem Auto gefangen ist, während die Flut steigt, und Audrey erkennt, dass Daphne die Verbindung zwischen den Opfern sein könnte.

Staffel 3, Episode 5: Double Jeopardy - Eine mysteriöse Frau in Weiß beginnt, Kriminelle in Haven brutal anzugreifen. Duke Crocker gerät ins Visier, und Audrey vermutet, dass diese "Frau in Weiß" mit anderen jüngsten Gewalttaten in Verbindung steht. Die Episode endet mit der Enthüllung, dass die Angreiferin eine "Troubled" ist, die sich bei Verletzung in Gips zersplittern kann, und der Bolzenschuss-Killer wird gezeigt, wie er Körperteile näht, was auf eine erschreckende neue Schöpfung hindeutet.

Staffel 3, Episode 6: Immobilien - Angelockt in ein berüchtigtes Spukhaus an Halloween, werden Audrey, Nathan, Duke und andere gefangen. Der bösartige Geist des Hauses, Roland Holloway, zwingt sie, sich ihren Ängsten und einander zu stellen. Chad wird tot aufgefunden, und später wird Tina aufgespießt, während das Haus die Ereignisse manipuliert und schließlich zu seiner Zerstörung durch eine Bombe führt.

Staffel 3, Folge 7: Magic Hour (1) - Während Audrey und Duke in Colorado die Eltern des Colorado Kids untersuchen, kümmern sich Nathan und Tommy in Haven um eine "Störung", bei der Tote gegen Bezahlung wiederbelebt werden. Rica Hamilton wird von einem Auto getötet, nur um auf wundersame Weise wiederbelebt zu werden, aber dann wird Noelle von Tommy erschossen und getötet. Die Folge endet damit, dass Audrey Nathan scheinbar tot vorfindet.

Staffel 3, Episode 8: Magic Hour (2) - Audrey und Duke tun sich mit dem Killer zusammen, den sie jagen, um Nathan zu retten, der in kritischem Zustand ist. Sie eilen, um eine Frau mit der Macht, die Toten wiederzuerwecken, zu finden. In der Zwischenzeit entdecken die Teagues, dass der Bolt Gun Killer sie manipuliert hat, und verfolgen den Mörder zu seinem wahren Ziel. Die Episode endet damit, dass Nathans Leben auf Messers Schneide steht, während sie verzweifelt nach der Berührung der Auferstehung suchen.

Staffel 3, Episode 9: Sarah - Duke und Nathan werden ins Jahr 1955 zurückgeschickt, wo Dukes Handlungen zur Rettung seines Großvaters unwissentlich die Zeitlinie verändern. In der Vergangenheit entwickelt Nathan Gefühle für Sarah, eine frühere Identität von Audrey. Die Episode endet damit, dass Sarah Dukes Großvater in Notwehr tötet, und Audrey erkennt die schlimmen Folgen ihrer zeitlichen Einmischung.

Staffel 3, Folge 10: Verbrannt - Audrey und Nathan untersuchen eine verkohlte Leiche und stellen fest, dass es sich um Tommy handelt, der jedoch bereits vor Wochen gestorben ist. Sie treffen auf Ginger, ein Mädchen mit Gedankenkontrollfähigkeiten, das die manipulativen Absichten der Wache enthüllt. Der Bolzenschuss-Killer wird als Gestaltwandler entlarvt, und Jordan versucht, Ginger zu entführen, was zu ihrer Verhaftung führt. Die Folge endet damit, dass Audrey erkennt, dass sie die Scheune betreten muss, um die Unruhen zu beenden.

Staffel 3, Episode 11: Letzte Abschiede - Audrey erwacht und findet ganz Haven im Tiefschlaf vor, bis auf einen Mann, der unter Amnesie leidet. Sie entdeckt, dass er unwissentlich das Koma der ganzen Stadt verursacht hat, als seine Todesangst seinen Trouble auslöste. Um alle zu retten, muss er in sein Koma zurückversetzt werden, was sein Opfer bedeutet, um die Massenbewusstlosigkeit zu beenden. Die Episode enthüllt auch, dass Claire Callahan eine Haut war, die vom Bolt Gun Killer benutzt wurde.

Staffel 3, Episode 12: Wiedersehen - Ein Mörder nimmt die Teilnehmer von Nathans Highschool-Wiedersehen ins Visier, versetzt sie in ihre jugendlichen Ichs zurück und ermordet sie dann. Der Skinwalker entpuppt sich als Arla Cogan, die Frau des Colorado Kids, die Audreys Hilfe sucht, um die Scheune zu erreichen. Arlas wahre Identität und ihr Motiv werden aufgedeckt, und sie wird von den Teague-Brüdern festgenommen. Die Episode endet damit, dass Audrey der bevorstehenden Ankunft der Scheune gegenübersteht.

Staffel 3, Episode 13: Danke für die Erinnerungen - Als ein Meteoritenschauer Haven bedroht, stellen sich Audrey, Nathan und Duke dem Bolt Gun Killer und Audreys bevorstehendem Schicksal. James Cogan, der sich als Nathans Sohn mit Sarah herausstellt, wird von Arla in die Scheune gebracht. Audrey betritt die Scheune und opfert sich, um die Troubles zu beenden, während Duke in der Scheune verschwindet, als diese verschwindet. Die Episode endet damit, dass Haven der Zerstörung durch den Meteoritenschauer gegenübersteht, und Nathan allein zurückbleibt.