Druga sezona serije Haven uvodi Odri Parker, odlučnu agentkinju FBI-ja koja istražuje natprirodne nevolje, u grad gde su čudni događaji, poznati kao "Nevolje", uobičajeni. Ona radi zajedno sa Nejtanom Vurnosom, policajcem koji ne oseća bol, i Dukeom Crockerom, čovekom sa misterioznom prošlošću. Glavni sukob sezone vrti se oko Odrine potrage da razume i kontroliše ove Nevolje, dok istovremeno otkriva istinu o svom identitetu i povezanosti sa Havenom.

Sezona je obeležena šokantnim otkrićima i opasnim susretima. Pojavljuje se druga Odri Parker, što dovodi do otkrića da je originalna Odri zapravo osoba sa nevoljama i implantiranim sećanjima. Ian Haskell, koji krade nevolje, ubijen je nakon pokušaja da uništi Haven. Kasnije, Odriina sećanja briše misteriozna zgrada. Lori se elektriše sopstvenim moćima, a Kris se pretvara u statuu. Evi Rajan je smrtno upucana tokom blokade policijske stanice. Odri ubija sveštenika Driskola da bi zaštitila Dukea. Sezona kulminira time što Odri saznaje da je ona Lusi Ripley, prethodna iteracija sebe, i Kajl Hopkins izvršava samoubistvo da bi okončao natprirodne poremećaje.

Sezona se završava tako što je Haven zarobljen u nevidljivoj kupoli, zbog čega stanovnici nestaju. Odri uspeva da oslobodi grad, vraćajući sve, ali stanovnici zaboravljaju te događaje.

Sezona 2 serije Haven pokriva epizode od 1 do 13. Evo svega što se desilo:

Sezona 2, Epizoda 1: Priča o dve Odri - Epizoda počinje dolaskom druge Odri Parker, koja tvrdi da je FBI agent i poseduje mnoge uspomene originalne Odri. Dok biblijske pošasti pogađaju Hejven, uzrokovane čovekom po imenu T.D. čija moć manifestuje ono što čita, dve Odri rade zajedno. Otkriva se da je "druga" Odri prava Odri Parker, dok je originalna Odri Problematična sa implantiranim uspomenama. Epizoda se završava tako što prava Odri štiti Odri varalicu od njihovog navodnog FBI šefa, za koga se otkriva da je iz stvarnosti Odri varalice.

Сезона 2, Епизода 2: Страх и гађење - Становници Хејвена муче се са својим најгорим страховима који се визуелно манифестују, феномен повезан са крађом невоља од стране Ијана Хаскела. Нејтан Вурнос повраћа чуло додира, а Ијана смртно рањава Нејтан након што је покушао да уништи Хејвен са таблом за слагање, али пре него што умре, преноси Џекијеву невољу на њега.

Sezona 2, Epizoda 3: Mašina za ljubav - Audrey i Nathan istražuju dokove u Hevenu, koji su počeli da napadaju ljude. Otkrivaju da je čovek po imenu Louis Pufahl, koji popravlja mašine, nehotice izazvao ovu "Nevolju" tako što ih je obdario opsesivnom naklonošću. Halsey ubijaju posednute mašine, a Louisova devojka, Marcia, postaje meta. Epizoda se završava tako što Audrey pronalazi misterioznu zgradu koja joj briše sećanja, ostavljajući je sa amnezijom.

Sezona 2, Epizoda 4: Iskre i rekreacija - Gradonačelnikova supruga, Felicia, koristi ženu po imenu Lori, koja može da kanališe električnu energiju, da ga ubije. Audrey istražuje gradonačelnikovu smrt, otkrivajući da je njegova bolest naterala ljude da ga obožavaju. Chris, gradonačelnikov sin, nasleđuje očevu bolest, a Audrey počinje da razvija povezanost sa njim. Epizoda se završava tako što Lori biva elektrokuirana sopstvenim moćima, a Chris podleže svojoj naslednoj bolesti, pretvarajući se u statuu.

Sezona 2, Epizoda 5: Koreni - Dok prisustvuje venčanju, Odri otkriva da jedan gost može da kontroliše biljke. Venčanje se pretvara u smrtonosnu zamku dok koreni izbijaju iz zemlje, gutaju imanje i zarobljavaju prisutne, uključujući Odri, Krisa, Duka i Evu. Natan, Vins i Dejv su takođe zarobljeni od strane agresivne flore. Epizoda se završava otkrićem da je duboko ukorenjena mržnja porodice izazvala reakciju biljaka, a ljubav se sugeriše kao rešenje.

Sezona 2, Epizoda 6: Audrey Parker's Day Off - Audrey otkriva da proživljava isti dan iznova, sa drugačijim prijateljem koji umire svaki put. Uzrok je čovek sa opsesivno-kompulsivnim poremećajem čija krivica zbog smrti njegove ćerke pokreće vremensku petlju. On se na kraju žrtvuje da bi prekinuo ciklus, ali Audrey ostaje slomljena jer ga nije mogla spasiti.

Sezona 2, Epizoda 7: Plime koje vežu - Misteriozno utapanje dovodi Odri i Natanu do povučene porodice Glendover, koja poseduje jedinstvenu "Nevolju" koja zahteva da provode duge periode potopljeni u vodi. Otkriva se da je Koul Glendover ubio Leita Glendovera kako bi zaštitio Gven/Peni tajnu. Epizoda se završava tako što muškarci iz porodice Glendover, uključujući mladog Danijela, prihvataju svoju vodenu prirodu i migriraju ka moru, ostavljajući za sobom ljudski svet.

Sezona 2, Epizoda 8: Prijatelj ili lažnjak - Blag bankar, Cornell Stamoran, stvara mračnije, poremećene kopije sebe. Ovi klonovi nameravaju da ubiju Henrija, mladog svedoka Stamoranove pronevere i ubistva njegovog šefa. Odri ubeđuje klona da ubije originalnog Stamorana, prekidajući ciklus kopija. Epizoda se završava tako što se Nathan suočava sa mogućim otkazom sa pozicije policijskog načelnika zbog izmišljenih dokaza protiv njega.

Sezona 2, Epizoda 9: Zaključavanje - Misteriozna infekcija zahvata policijsku stanicu u Hevenu, nalažući zaključavanje sa Odri i Nejtanom zarobljenim unutra. Oni sumnjaju na natprirodni uzrok, a ne na običnu epidemiju. Evi Rajan je smrtonosno upucana dok je pokušavala da pomogne, a epizoda se završava otkrićem da je načelnik Meril bio u kontaktu sa Driskolom, što ukazuje na dublju umešanost.

Sezona 2, Epizoda 10: Ko, Šta, Gde, Wendigo? - Nestaje tinejdžer u šumi, što navodi Audrey i Nathana da istraže lokalnu legendu o Wendigu. Otkrivaju da su "Wendigo" dve mlade devojke sa kanibalističkim oboljenjima. Audrey ubija sveštenika Driscola kako bi zaštitila Dukea i devojke. Epizoda se završava tako što devojke bivaju predate pod zaštitu, a Duke oplakuje gubitak potencijalnog izvora informacija o svojoj prošlosti.

Sezona 2, Epizoda 11: Posao kao i obično - Audrey i Nathan istražuju niz bizarnih ubistava gde su žrtve mumificirane. Duke otkriva šokantnu tajnu o svom poreklu koja bi mogla da promeni njegovu budućnost, dok se Audrey suočava sa likom iz svoje prošlosti, što dovodi do zapanjujućeg otkrića o sopstvenom identitetu. Epizoda se završava ovim značajnim ličnim otkrićima za Dukea i Audrey.

Sezona 2, Epizoda 12: Grehovi očeva - Duhovi prošlosti dižu se u Hevenu, tražeći osvetu i otkrivajući tajne. Bil slučajno puca i ubija Šilu, verujući da je spašava od Arla, njenog pokojnog supruga, koji orkestrira događaj. Odri saznaje da je Lusi Ripley, njena prošla iteracija. Epizoda se završava samoubistvom Kajla Hopkinsa kako bi zaustavio natprirodne poremećaje, što dovodi do nestanka duhova.

Сезона 2, Епизода 13: Тиха ноћ - Божићна епизода смештена у јулу, Одри открива да је Хејвен заробљен у невидљивој куполи, због чега становници нестају и бивају заборављени. За то је одговорна проблематична девојка, опседнута куглом са снежним пејзажом. Одри је убеђује да ослободи град, враћајући све који су нестали, али се нико не сећа догађаја.