Haven é uma cidade misteriosa onde aflições sobrenaturais, conhecidas como "Troubles", se manifestam regularmente, causando caos e perigo. A agente do FBI Audrey Parker chega a Haven e logo descobre que tem uma conexão profunda e inexplicável com a cidade e seus Troubles recorrentes. Ela faz parceria com o detetive local Nathan Wuornos, que é imune aos Troubles, e muitas vezes se vê em conflito com Duke Crocker, um charmoso contrabandista cuja linhagem familiar é amaldiçoada pelos Troubles. O objetivo principal de Audrey é entender sua verdadeira identidade e o mistério do "Colorado Kid", uma figura de seu passado, enquanto tenta impedir que os Troubles destruam Haven.

Nesta temporada, Audrey descobre uma verdade chocante: ela é uma figura recorrente que aparece em Haven a cada 27 anos para parar os Troubles, apenas para desaparecer quando um evento celestial chamado "Hunter" ocorre. A busca pelo Colorado Kid se intensifica quando seu túmulo é encontrado vazio, sugerindo que ele ainda pode estar vivo. Uma nova ameaça surge na forma do "Bolt Gun Killer", que tem como alvo indivíduos com Troubles. Nathan e Duke são inesperadamente enviados de volta a 1955, onde Nathan se apaixona por "Sarah", uma identidade anterior de Audrey. Mais tarde, o Bolt Gun Killer é revelado como um skin-walker chamado Arla Cogan, a esposa do Colorado Kid, que manipula eventos para forçar Audrey a entrar em um celeiro misterioso.

À medida que a temporada culmina, Audrey enfrenta uma escolha impossível. Para acabar com o ciclo de Troubles que assola Haven, ela deve entrar no celeiro, um sacrifício que significa seu desaparecimento. Audrey entra no celeiro, aparentemente se sacrificando para parar os Troubles, e Duke desaparece no celeiro enquanto ele some. Haven fica enfrentando a destruição de uma tempestade de meteoros iminente, deixando Nathan sozinho em meio ao caos.

A temporada 3 de Haven cobre os episódios 1-13. Aqui está tudo o que aconteceu:

Temporada 3, Episódio 1: 301 - Audrey é mantida cativa por um homem misterioso que exige informações sobre o Garoto do Colorado. Enquanto isso, Haven é assolada por bizarros fenômenos alienígenas, e o conflito entre Nathan e Duke se intensifica. O túmulo do Garoto do Colorado é encontrado vazio, e Audrey descobre uma mensagem críptica em sua própria caligrafia de 27 anos antes, sugerindo que o Garoto do Colorado pode ainda estar vivo.

Temporada 3, Episódio 2: Ficar - Uma misteriosa aflição faz com que as pessoas se transformem em homens nus e rosnando. Audrey e Nathan investigam, descobrindo que as transformações estão ligadas ao cachorro de um fazendeiro. O episódio revela que o "Caçador" é uma tempestade de meteoros que ocorre a cada 27 anos, e as personas passadas de Audrey desaparecem durante ela. Audrey descobre que tem apenas dois meses até a próxima tempestade.

Temporada 3, Episódio 3: O Fazendeiro - Uma série de assassinatos brutais, onde as vítimas têm seus órgãos removidos, leva Audrey e Nathan a um indivíduo problemático de uma clínica de fertilidade local. O "Problema" desse indivíduo causa falência em seus órgãos, forçando-o a colhê-los de membros da família. Duke é forçado a matar o homem problemático, encerrando o ciclo de colheita de órgãos. Enquanto isso, Audrey lida com seu desaparecimento iminente devido à chuva de meteoros Hunter.

Temporada 3, Episódio 4: Over My Head - Enquanto afogamentos misteriosos assolam Haven, Audrey investiga uma série de mortes relacionadas ao oceano, suspeitando de uma conexão com o elusivo Bolt Gun Killer. Enquanto isso, Audrey tem um poderoso flashback do dia em que o Colorado Kid morreu, desencadeado por seu medalhão. O episódio termina com Audrey e Duke trabalhando para localizar Daphne, que está presa em um carro enquanto a maré sobe, e Audrey percebendo que Daphne pode ser o elo entre as vítimas.

Temporada 3, Episódio 5: Dupla Perigo - Uma misteriosa mulher de branco começa a atacar brutalmente criminosos em Haven. Duke Crocker é alvo, e Audrey suspeita que esta "mulher de branco" esteja ligada a outros crimes violentos recentes. O episódio termina com a revelação de que a atacante é um indivíduo Troubled que pode se estilhaçar em gesso quando ferido, e o assassino da espingarda é mostrado costurando partes do corpo, implicando uma nova e horrível criação.

Temporada 3, Episódio 6: Imóveis - Atraídos para uma notória casa mal-assombrada no Halloween, Audrey, Nathan, Duke e outros ficam presos. O espírito malévolo da casa, Roland Holloway, os força a confrontar seus medos e uns aos outros. Chad é encontrado morto, e mais tarde, Tina é empalada, enquanto a casa manipula os eventos, levando finalmente à sua destruição por bomba.

Temporada 3, Episódio 7: Hora Mágica (1) - Enquanto Audrey e Duke investigam os pais do Colorado Kid no Colorado, Nathan e Tommy lidam com um "problema" em Haven onde os mortos estão sendo ressuscitados por pagamento. Rica Hamilton é morta por um carro, apenas para ser milagrosamente revivida, mas então Noelle é baleada e morta por Tommy. O episódio termina com Audrey encontrando Nathan aparentemente morto.

Temporada 3, Episódio 8: Hora Mágica (2) - Audrey e Duke se unem ao assassino que eles têm caçado para salvar Nathan, que está em estado crítico. Eles correm para encontrar uma mulher com o poder de ressuscitar os mortos. Enquanto isso, os Teagues descobrem que o Assassino da Pistola de Parafusos os manipulou e rastreiam o assassino até seu verdadeiro alvo. O episódio termina com a vida de Nathan por um fio enquanto eles buscam desesperadamente o toque da ressurreição.

Temporada 3, Episódio 9: Sarah - Duke e Nathan são enviados de volta para 1955, onde as ações de Duke para salvar seu avô alteram inadvertidamente a linha do tempo. No passado, Nathan desenvolve sentimentos por Sarah, uma identidade anterior de Audrey. O episódio termina com Sarah matando o avô de Duke em legítima defesa, e Audrey percebendo as terríveis consequências de sua interferência temporal.

Temporada 3, Episódio 10: Queimado - Audrey e Nathan investigam um corpo queimado, apenas para descobrir que é Tommy, mas o verdadeiro Tommy morreu semanas atrás. Eles encontram Ginger, uma garota com habilidades de controle mental, que revela as intenções manipuladoras da Guarda. O Assassino da Pistola de Parafusos é revelado como um metamorfo, e Jordan tenta sequestrar Ginger, levando à sua prisão. O episódio termina com Audrey percebendo que ela deve entrar no celeiro para acabar com os Problemas.

Temporada 3, Episódio 11: Últimos Adeuses - Audrey acorda e encontra toda Haven em um sono profundo, exceto por um homem que sofre de amnésia. Ela descobre que ele inadvertidamente causou o coma em toda a cidade quando seu medo de morrer desencadeou seu Problema. Para salvar a todos, ele deve ser devolvido ao seu coma, levando a seu sacrifício para acabar com a inconsciência em massa. O episódio também revela que Claire Callahan era uma pele usada pelo Assassino da Pistola de Parafusos.

Temporada 3, Episódio 12: Reencontro - Um assassino ataca os participantes do reencontro do ensino médio de Nathan, revertendo-os às suas versões adolescentes antes de assassiná-los. O Skinwalker é revelado como Arla Cogan, a esposa do Colorado Kid, que busca a ajuda de Audrey para chegar ao celeiro. A verdadeira identidade e o motivo de Arla são expostos, e ela é detida pelos irmãos Teague. O episódio termina com Audrey enfrentando a chegada iminente do celeiro.

Temporada 3, Episódio 13: Thanks for the Memories - Enquanto uma tempestade de meteoros ameaça Haven, Audrey, Nathan e Duke confrontam o Assassino da Pistola de Parafusos e o destino iminente de Audrey. James Cogan, revelado como filho de Nathan com Sarah, é levado ao celeiro por Arla. Audrey entra no celeiro, sacrificando-se para acabar com os Troubles, e Duke desaparece no celeiro enquanto ele some. O episódio termina com Haven enfrentando a destruição pela tempestade de meteoros, deixando Nathan sozinho.