A segunda temporada de Haven mergulha Audrey Parker, uma determinada agente do FBI investigando aflições sobrenaturais, em uma cidade onde eventos estranhos, conhecidos como "Troubles", são comuns. Ela trabalha ao lado de Nathan Wuornos, um policial que não sente dor, e Duke Crocker, um homem com um passado misterioso. O conflito central da temporada gira em torno da busca de Audrey para entender e controlar esses Troubles, ao mesmo tempo em que descobre a verdade sobre sua própria identidade e conexão com Haven.

A temporada é marcada por revelações chocantes e encontros perigosos. Uma segunda Audrey Parker aparece, levando à descoberta de que a Audrey original é, na verdade, uma pessoa com Troubles e memórias implantadas. Ian Haskell, que rouba aflições, é morto após tentar destruir Haven. Mais tarde, as memórias de Audrey são apagadas por um prédio misterioso. Lori é eletrocutada por seus próprios poderes, e Chris se transforma em uma estátua. Evi Ryan é fatalmente baleada durante um bloqueio na delegacia. Audrey mata o Reverendo Driscoll para proteger Duke. A temporada culmina com Audrey descobrindo que ela é Lucy Ripley, uma iteração passada de si mesma, e Kyle Hopkins comete suicídio para acabar com as perturbações sobrenaturais.

A temporada termina com Haven presa em uma cúpula invisível, fazendo com que os moradores desapareçam. Audrey consegue libertar a cidade, restaurando a todos, mas os eventos são esquecidos pelos moradores.

A temporada 2 de Haven cobre os episódios 1-13. Aqui está tudo o que aconteceu:

Temporada 2, Episódio 1: Um Conto de Duas Audreys - O episódio começa com a chegada de uma segunda Audrey Parker, que afirma ser uma agente do FBI e possui muitas das memórias da Audrey original. Enquanto pragas bíblicas descem sobre Haven, causadas por um homem chamado T.J. cujo poder manifesta o que ele lê, as duas Audreys trabalham juntas. É revelado que a "outra" Audrey é a verdadeira Audrey Parker, enquanto a Audrey original é a Troubled com memórias implantadas. O episódio termina com a verdadeira Audrey protegendo a Audrey impostora de seu suposto chefe do FBI, que é revelado ser da realidade da impostora.

Temporada 2, Episódio 2: Medo e Delírio - Os habitantes de Haven são atormentados por seus piores medos se manifestando visualmente, um fenômeno ligado a Ian Haskell roubando aflições. Nathan Wuornos recupera seu senso de tato, e Ian é mortalmente ferido por Nathan após tentar destruir Haven com um tabuleiro de quebra-cabeça, mas ele transfere a aflição de Jackie para ele antes de morrer.

Temporada 2, Episódio 3: Máquina do Amor - Audrey e Nathan investigam os cais de Haven, que começaram a atacar pessoas. Eles descobrem que um homem chamado Louis Pufahl, que conserta máquinas, causou inadvertidamente este "Problema" ao imbuí-las com afeto obsessivo. Halsey é morta pelas máquinas possuídas, e a namorada de Louis, Marcia, é o alvo. O episódio termina com Audrey encontrando um prédio misterioso que apaga suas memórias, deixando-a com amnésia.

Temporada 2, Episódio 4: Faíscas e Recreação - A esposa do prefeito Brody, Felicia, usa uma mulher chamada Lori, que pode canalizar eletricidade, para matá-lo. Audrey investiga a morte do prefeito, descobrindo que sua aflição fez com que as pessoas o adorassem. Chris, o filho do prefeito, herda a aflição de seu pai, e Audrey começa a desenvolver uma conexão com ele. O episódio termina com Lori sendo eletrocutada por seus próprios poderes, e Chris sucumbindo à sua aflição herdada, transformando-se em uma estátua.

Temporada 2, Episódio 5: Raízes - Enquanto participa de um casamento, Audrey descobre que um convidado pode controlar plantas. O casamento se transforma em uma armadilha mortal quando raízes irrompem do chão, engolindo a propriedade e prendendo os convidados, incluindo Audrey, Chris, Duke e Evi. Nathan, Vince e Dave também ficam presos pela flora agressiva. O episódio termina com a revelação de que o ódio profundamente enraizado da família causou a reação das plantas, e o amor é sugerido como solução.

Temporada 2, Episódio 6: O Dia de Folga de Audrey Parker - Audrey descobre que está revivendo o mesmo dia, com um amigo diferente morrendo a cada vez. A causa é um homem com TOC cuja culpa pela morte de sua filha desencadeia um loop temporal. Ele se sacrifica para quebrar o ciclo, mas Audrey fica arrasada por não ter conseguido salvá-lo.

Temporada 2, Episódio 7: As Marés Que Ligam - Um misterioso afogamento leva Audrey e Nathan à reclusa família Glendower, que possui um "Problema" único que os obriga a passar longos períodos submersos em água. É revelado que Cole Glendower assassinou Leith Glendower para proteger o segredo de Gwen/Penny. O episódio termina com os homens Glendower, incluindo um jovem Daniel, abraçando sua natureza aquática e migrando para o mar, deixando para trás o mundo humano.

Temporada 2, Episódio 8: Amigo ou Falso - Um pacato banqueiro, Cornell Stamoran, gera cópias mais sombrias e desequilibradas de si mesmo. Esses clones estão determinados a matar Henry, uma jovem testemunha do desfalque e assassinato de seu chefe por Stamoran. Audrey convence um clone a matar o Stamoran original, encerrando o ciclo de cópias. O episódio termina com Nathan enfrentando a possibilidade de demissão de seu cargo de chefe de polícia devido a provas forjadas contra ele.

Temporada 2, Episódio 9: Lockdown - Uma misteriosa infecção se espalha pela delegacia de Haven, forçando um lockdown com Audrey e Nathan presos lá dentro. Eles suspeitam de uma causa sobrenatural, não de um mero surto. Evi Ryan é fatalmente baleada enquanto tentava ajudar, e o episódio termina com a revelação de que o Chefe Merrill estava em contato com Driscoll, indicando uma cumplicidade mais profunda.

Temporada 2, Episódio 10: Quem, O Quê, Onde, Wendigo? - Um adolescente desaparece na floresta, levando Audrey e Nathan a investigar uma lenda local de um Wendigo. Eles descobrem que os "Wendigos" são duas jovens com aflições canibais. Audrey mata o Reverendo Driscoll para proteger Duke e as meninas. O episódio termina com as meninas sendo levadas sob custódia protetora, e Duke lamentando a perda de uma potencial fonte de informação sobre seu passado.

Temporada 2, Episódio 11: Negócios como Sempre - Audrey e Nathan investigam uma série de assassinatos bizarros onde as vítimas são mumificadas. Duke descobre um segredo chocante sobre sua linhagem que pode alterar seu futuro, enquanto Audrey confronta uma figura de seu passado, levando a uma revelação surpreendente sobre sua própria identidade. O episódio conclui com essas descobertas pessoais significativas para Duke e Audrey.

Temporada 2, Episódio 12: Pecados dos Pais - Fantasmas do passado surgem em Haven, buscando vingança e revelando segredos. Bill acidentalmente atira e mata Sheila, acreditando que a está salvando de Arlo, seu falecido marido, que está orquestrando o evento. Audrey descobre que ela é Lucy Ripley, uma iteração passada de si mesma. O episódio termina com Kyle Hopkins cometendo suicídio para interromper as perturbações sobrenaturais, fazendo os fantasmas desaparecerem.

Temporada 2, Episódio 13: Noite de Silêncio - Um episódio com tema natalino ambientado em julho, Audrey descobre que Haven está presa em uma cúpula invisível, fazendo com que os moradores desapareçam e sejam esquecidos. Uma garota perturbada, obcecada por um globo de neve, é a responsável. Audrey a convence a libertar a cidade, restaurando todos que desapareceram, mas ninguém se lembra dos eventos.