Dexter Morgan é um analista de salpicos de sangue para a Miami Metro que secretamente vive uma vida dupla como um assassino em série, caçando outros assassinos que escaparam à justiça. Nesta temporada, Dexter mata acidentalmente Oscar Prado, o irmão do Procurador-Adjunto Miguel Prado. Este evento inesperado força Dexter a uma aliança desconfortável com Miguel, enquanto a sua namorada, Rita, revela que está grávida, adicionando uma nova e significativa complicação à sua vida.

Enquanto Dexter caça o traficante de drogas Freebo, ele é descoberto por Miguel, que surpreendentemente agradece a Dexter por vingar o seu irmão. Miguel fica fascinado pelo "passageiro sombrio" de Dexter e quer participar na sua justiça vigilante. Dexter tenta ensinar a Miguel o seu código, mas a verdadeira natureza de Miguel emerge quando ele começa a matar fora das regras de Dexter, notavelmente assassinando a advogada Ellen Wolf. Isto revela as intenções manipuladoras de Miguel, transformando a sua aliança num perigoso jogo de gato e rato. Dexter percebe que Miguel é uma ameaça perigosa e deve ser parado.

A temporada culmina com Dexter confrontando e estrangulando Miguel Prado até à morte, incriminando outro assassino, George King (conhecido como "O Esfolador"), pelo assassinato. Dexter consegue então matar George King depois de ser capturado e torturado. A temporada termina com Dexter a casar-se com Rita, aparentemente abraçando uma vida normal, embora uma gota de sangue no vestido de noiva de Rita insinue a sua escuridão duradoura.

A temporada 3 de Dexter cobre os episódios 1-12. Aqui está tudo o que aconteceu:

Temporada 3, Episódio 1: Nosso Pai - Dexter mata acidentalmente Oscar Prado, o irmão do Procurador Assistente Miguel Prado, enquanto tenta matar um traficante de drogas. Esta morte não planejada leva Dexter a formar uma aliança desconfortável com Miguel. Enquanto isso, Rita revela a Dexter que ela está grávida, adicionando uma nova complicação significativa à sua vida.

Temporada 3, Episódio 2: Encontrando Freebo - Dexter caça o traficante Freebo, que é responsável pela morte de Teegan. Dexter mata Freebo com sucesso em uma garagem separada, mas é descoberto por Miguel Prado. Dexter alega legítima defesa, e Miguel, surpreendentemente, agradece a Dexter por vingar a morte de seu irmão. O episódio termina com Dexter se desfazendo do corpo de Freebo no oceano, enquanto Rita decide ficar com o bebê deles.

Temporada 3, Episódio 3: O Leão Adormece Esta Noite - Dexter descobre um pedófilo, Nathan Marten, fotografando Astor. Apesar de Marten não se encaixar nos critérios habituais, Dexter o estrangula até a morte, afirmando: "Ninguém machuca meus filhos." Dexter também lida com a iminente paternidade. O episódio termina com Dexter levando leite para a casa de Rita, colocando a mão em sua barriga e aceitando seu papel como pai.

Temporada 3, Episódio 4: Tudo em Família - Dexter pede Rita em casamento, que inicialmente recusa, mas eventualmente aceita depois que ele usa falas de uma mulher perturbada que ele está investigando. Dexter manipula o irmão volátil de Miguel, Ramon, para uma confrontação agressiva, isolando ainda mais Miguel e solidificando o controle de Dexter. Ramon é incriminado como instável e não confiável, e Dexter convence com sucesso Miguel de que ele é o único em quem ele pode confiar.

Temporada 3, Episódio 5: Tornando-se Biminese - Dexter rastreia um marido que assassinou duas esposas por ganho financeiro até Bimini. Enquanto isso, Rita tem uma emergência médica durante uma ultrassonografia, fazendo com que Dexter reavalie suas prioridades. A manipulação de Miguel Prado do "passageiro sombrio" de Dexter aumenta à medida que Dexter percebe as verdadeiras intenções de Miguel.

Temporada 3, Episódio 6: Sí Se Puede - Dexter testa o compromisso de Miguel com seu caminho sombrio, organizando para que eles matem um supremacista branco, Clemson Galt. Enquanto isso, Debra suspeita que Ramon Prado seja "O Esfolador", e Rita considera uma nova oportunidade de carreira. O episódio conclui com Dexter matando Galt sozinho com sucesso, percebendo que Miguel ainda não está pronto para compartilhar sua matança, e Miguel percebendo que Dexter o enganou.

Temporada 3, Episódio 7: Fácil como Torta - Dexter está dividido entre seu código e suas amizades. Ele luta para reconciliar o desejo de Miguel de matar a advogada Ellen Wolf com suas próprias regras. Enquanto isso, a amiga de Dexter, Camilla, que está em fase terminal, pede a ele para acabar com seu sofrimento. Dexter, no final, eutanásia Camilla com uma torta de limão envenenada, e ela morre pacificamente, até mesmo reconhecendo que Dexter estava certo em matar seu irmão. Dexter e Miguel se reconciliam, com Miguel se tornando seu padrinho de casamento.

Temporada 3, Episódio 8: O Dano Que Um Homem Pode Causar - Dexter relutantemente ensina a Miguel Prado o "Código" para matar Billy Fleeter. Depois que Dexter injeta Fleeter, Miguel o esfaqueia e mata, achando o ato estimulante. Enquanto isso, Debra descobre que seu namorado informante Anton está desaparecido, percebendo que ele foi levado pelo Skinner. Dexter pede Rita em casamento, dando a ela um anel de noivado.

Temporada 3, Episódio 9: Sobre a Noite Passada - A amizade de Dexter com Miguel se desgasta enquanto Rita o confronta sobre suspeitas de infidelidade. Debra procura freneticamente por Anton, que é revelado ter sido sequestrado por "O Esfolador". Dexter descobre que Miguel assassinou Ellen Wolf, e um exame de sangue confirma que Miguel usou sangue de vaca para enganar Dexter, revelando que Miguel o tem manipulado o tempo todo. O episódio termina com Dexter percebendo que Miguel é uma ameaça perigosa.

Temporada 3, Episódio 10: Siga Seu Próprio Caminho - A aliança tensa entre Dexter e Miguel chega a um ponto de ruptura enquanto eles se envolvem em um perigoso jogo de gato e rato. Miguel ameaça a carreira de Debra para manipular Dexter, enquanto Dexter retalia expondo o caso de Miguel com LaGuerta para sua esposa, Sylvia. O episódio culmina com Dexter sendo emboscado e sequestrado enquanto ele contempla seu próximo movimento contra Miguel.

Temporada 3, Episódio 11: Eu Tive um Sonho - Dexter é inesperadamente sequestrado para sua despedida de solteiro, apenas para perceber que agora deve eliminar seu padrinho, Miguel. LaGuerta fica desconfiada do envolvimento de Miguel no assassinato de Ellen Wolf, levando Dexter a armar uma armadilha. Dexter confronta e estrangular Miguel Prado até a morte, incriminando o Skinner pelo assassinato. Debra descobre sobre o caso de seu pai com uma CI, e Dexter pede a ela para ser seu padrinho.

Temporada 3, Episódio 12: Aceita Dexter Morgan? - Dexter se prepara para seu casamento com Rita enquanto lida simultaneamente com as consequências da morte de Miguel e uma nova ameaça de George King. Dexter consegue matar George King após ser capturado e torturado. O episódio termina com Dexter e Rita se casando, sem perceberem uma gota de sangue caindo do gesso de Dexter no vestido de noiva de Rita, insinuando uma futura escuridão.