Pierwszy sezon Stargate Atlantis rozpoczyna ludzką ekspedycję do galaktyki Pegaza, gdzie odkrywają legendarne zaginione miasto Atlantyda. Dowodzony przez cywilną dyplomatkę dr Elizabeth Weir, zespół składa się z majora Johna Shepparda, oficera wojskowego z rzadką genetyczną zdolnością do obsługi technologii Starożytnych, oraz Teyli Emmagan, przywódczyni Athosian, która staje się kluczowym sojusznikiem i przewodnikiem w nowej galaktyce. Ich głównym celem jest eksploracja Atlantydy, odkrycie jej zaawansowanej technologii i znalezienie sposobu na przetrwanie w odległej galaktyce bez natychmiastowej drogi do domu. Jednak ich przybycie nieumyślnie budzi Wraithów, potężną i pasożytniczą rasę obcych, która żywi się ludźmi, stając się najgroźniejszym wrogiem ekspedycji.

Sezon szybko ustala poważne zagrożenie ze strony Wraithów, gdy zespół radzi sobie z wyzwaniami swojego nowego domu. Atlantyda, początkowo zanurzona, wynurza się na powierzchnię oceanu, ale jej rezerwy mocy są krytycznie niskie. Wczesne spotkania z Wraithami są brutalne, prowadząc do szokującego momentu, gdy pułkownik Sumner zostaje zabity przez Shepparda, aby zapobiec jego pełnej transformacji w Wraitha. Ekspedycja spotyka również inne ludzkie cywilizacje, takie jak Genii, którzy początkowo wydają się prostymi rolnikami, ale okazują się być militarystycznym społeczeństwem potajemnie rozwijającym broń do walki z Wraithami. Niebezpieczny narkotyk Hoffan, mający na celu zapewnienie odporności na Wraithów, okazuje się tragicznie śmiertelny dla tych, którzy go zażywają. W miarę postępu sezonu intencje Wraithów stają się jasne: planują najechać Atlantydę i użyć jej Gwiezdnych Wrót, aby dotrzeć do nowego żerowiska – Ziemi.

W desperackim punkcie kulminacyjnym, ogromna flota Wraithów zbliża się do Atlantydy, zmuszając zespół do przygotowania się do oblężenia. Podczas przygotowań dr Peter Grodin ginie, gdy starożytny satelita obronny ulega przeciążeniu. Z posiłkami z Ziemi w drodze, ale wciąż oddalonymi o kilka dni, zespół Atlantydy opracowuje ryzykowny plan ukrycia miasta i oszukania Wraithów, aby uwierzyli, że zostało zniszczone, jednocześnie przygotowując się na nieuchronny atak.

Sezon 1 serialu Stargate Atlantis obejmuje odcinki 1-20. Oto wszystko, co się wydarzyło:

Sezon 1, Odcinek 1: Powstanie, Część 1 - Zespół doktora Weira, w tym major Sheppard, podróżuje do Atlantydy w galaktyce Pegaza, podróż w jedną stronę. Odkrywają, że miasto jest pod wodą i traci moc. Zdolność Shepparda do korzystania z technologii Pradawnych staje się kluczowa. Zespół spotyka Athosian i nieumyślnie budzi Widma. Odcinek kończy się uwięzionym zespołem, stojącym w obliczu niepewnej przyszłości.

Sezon 1, Odcinek 2: Powstanie, część 2 - Drużyna z Atlantydy, wraz z pojmanymi Athosianami, zostaje uwięziona przez Wraithów. Sheppard, Ford i Teyla uciekają, aby ich uratować. Pułkownik Sumner zostaje zabity przez Shepparda po tym, jak został przemieniony w Wraith. Atlantyda wynurza się na powierzchnię oceanu, gdy jej tarcza zawodzi. Odcinek kończy się osiedleniem się Athosian w Atlantydzie.

Sezon 1, Odcinek 3: Chowany - Kiedy McKay testuje terapię genową Beckett i zostaje uwięziony w osobistej tarczy, athosiańskie dziecko przypadkowo uwalnia stworzenie cienia. Stworzenie żywi się energią Atlantydy, powodując awarie. Drużyna wabi byt przez Gwiezdne Wrota na bezludną planetę.

Sezon 1, Odcinek 4: Trzydzieści osiem minut - Podczas powrotu z planety Wraith, Sheppard zostaje zaatakowany przez robaka Iratusa. Prom Puddle Jumper zespołu utknął w Gwiezdnych Wrotach, pozostawiając im tylko 38 minut, zanim wrota się zamkną. Teyla towarzyszy ciału Shepparda w tunelu czasoprzestrzennym. McKay i Zelenka pracują nad ręcznym wycofaniem gondoli napędowych Jumpera. Ford odpręża Jumpera, przepychając go przez wrota.

Sezon 1, Odcinek 5: Podejrzenie - Po powtarzających się zasadzkach Widm, Weir podejrzewa zdrajcę wśród Athosian. Napięcie rośnie, gdy Weir zamyka i przesłuchuje Athosian, co prowadzi do oburzenia Hallinga i masowego exodusu. Sheppard odkrywa nadajnik Widm ukryty w naszyjniku Teyli, oczyszczając Athosian. Schwytano jednego Widma, zapowiadając przyszłe konflikty.

Sezon 1, Odcinek 6: Koniec dzieciństwa - Drużyna z Atlantydy ląduje awaryjnie na planecie, której mieszkańcy popełniają rytualne samobójstwa w wieku 25 lat, aby uniknąć Wraithów. McKay odkrywa, że chroni ich starożytna tarcza elektromagnetyczna, zasilana przez ZPM. Dezaktywuje ją, nieświadomie alarmując Wraithów. Drużyna ponownie aktywuje tarczę, przekonując przywódcę, Kerasa, do ponownego rozważenia tradycji ofiar. Drużyna odlatuje, pozostawiając mieszkańców wioski w obliczu niepewnej przyszłości, wolnych od obowiązkowego rytuału samobójczego.

Sezon 1, Odcinek 7: Trucizna w studni - Drużyna Atlantydy spotyka Hoffanów, którzy opracowują lek zapewniający odporność na Wraithów. Doktor Beckett im pomaga, ale Hoffanowie spieszą się z próbami na ludziach. Pomimo 50% śmiertelności, decydują się zaszczepić swoich ludzi. Lek okazuje się skuteczny przeciwko Wraithom, ale także śmiertelny, prowadząc do powszechnej choroby. Odcinek kończy się uświadomieniem sobie, że populacja Hoffanów stoi w obliczu ponurej przyszłości z powodu skutków ubocznych leku.

Sezon 1, Odcinek 8: Podziemia - Drużyna Atlantydy, borykająca się z niedoborami żywności, negocjuje z Genii, pozornie prostymi rolnikami. Odkrywają jednak, że Genii to społeczeństwo militarne potajemnie rozwijające broń atomową do walki z Wraith. Podczas misji zbierania danych o Wraith, Tyrus zostaje zabity przez Wraith, a Teyla zostawia go. Sojusz rozpada się po wzajemnych zdradach, a drużyna zdobywa cenne informacje o Wraith.

Sezon 1, Odcinek 9: Dom - Drużyna Atlantydy odkrywa planetę z atmosferą bogatą w energię i wykorzystuje ją do nawiązania połączenia z Ziemią. Wracają do domu, ale dziwne zdarzenia ujawniają, że jest to iluzja stworzona przez istoty energetyczne, które giną po aktywacji bramy. Drużyna wraca do Atlantydy, a ich nadzieje na ratunek gasną, gdy dowiadują się o wypadku, który zniszczył hipernapęd Prometeusza.

Sezon 1, Odcinek 10: Burza - Gdy potężny huragan zagraża Atlantydzie, zespół planuje ewakuację. McKay i Zelenka opracowują ryzykowny plan, aby wykorzystać energię burzy do zasilenia tarcz miasta. Genii, pod wodzą Kolyi, infiltrują Atlantydę, porywając Weir i McKaya. Sheppard musi powstrzymać Genii i uratować Atlantydę przed inwazją zanim nadejdzie burza. Odcinek kończy się Weir i McKayem jako zakładnikami.

Sezon 1, Odcinek 11: Oko - Gdy do Atlantydy zbliża się potężna burza, dowódca Kolya i jego żołnierze z Genii zajmują miasto, biorąc Weir i McKaya jako zakładników. Sheppard prowadzi wojnę w pojedynkę, sabotując miasto, aby podzielić siły Genii. Sheppard aktywuje tarczę bramy, zabijając posiłki Genii. Kolya zostaje postrzelony i wpada przez Gwiezdne Wrota. Burza ustępuje, a Atlantyda zostaje uratowana.

Sezon 1, Odcinek 12: Ten Uparty - Zespół Shepparda bada rozbity statek Wraithów i odkrywa hibernującego Wraith, który zabija doktora Abramsa i żywi się doktorem Gallem. Wraith przejmuje kontrolę nad ich Skoczkem, ale Sheppard, z pomocą McKaya, zwabia go na zewnątrz. Porucznik Ford przybywa i niszczy Wraith atakiem dronów.

Sezon 1, Odcinek 13: Gorąca Strefa - Po burzy zespół badawczy odkrywa laboratorium, w którym uwalniany jest śmiertelny wirus nanitowy, powodujący halucynacje i śmierć. Wprowadzona zostaje kwarantanna obejmująca całe miasto. Sheppard i Teyla, w kombinezonach ochronnych, ścigają zarażoną osobę. Aby wyeliminować wirusa, Sheppard detonuje generator Naquadah nad Atlantydą. Nanowirus zostaje wytępiony, a miasto wraca do normy.

Sezon 1, Odcinek 14: Sanktuarium - Drużyna Atlantydy natrafia na planetę pozornie wolną od Widm, chronioną przez tajemnicze pole energetyczne. Odkrywają przedtechnologiczną społeczność kierowaną przez kapłankę Chayę, która potajemnie jest Wzniesionym Starożytnym. Chaya odmawia udzielenia sanktuarium obcym, ale odwiedza Atlantydę, nawiązując więź z Sheppardem. Ostatecznie Chaya wraca na swoją planetę, aby bronić ją przed atakiem Widm, ujawniając swoją prawdziwą naturę i moc.

Sezon 1, Odcinek 15: Zanim zasnę - Drużyna Atlantydy odkrywa starszą kobietę w stanie hibernacji, która okazuje się być dr Weir z alternatywnej linii czasowej. Opowiada ona o katastrofalnym przybyciu, podczas którego Atlantyda została zalana, co spowodowało wiele ofiar. Weir cofnęła się w czasie, aby zmienić bieg wydarzeń, ale umiera w teraźniejszości. Młoda Weir następnie rozsypuje prochy swojej starszej wersji nad miastem.

Sezon 1, Odcinek 16: Bractwo - Zespół Shepparda poszukuje ZPM na Dagan, napotykając Genii i lokalne Bractwo. Rozwiązują zagadkę, ale zespół Kolyi ponosi straty. Bractwo, pod wodzą Alliny, ujawnia, że nie odda ZPM, wierząc, że muszą go chronić do powrotu Starożytnych. Promień Wraitha skanuje Atlantydę.

Sezon 1, Odcinek 17: Listy z Pegaza - W obliczu zbliżającej się floty Wraith, zespół z Atlantydy przygotowuje transmisję danych na Ziemię, zawierającą osobiste wiadomości. Sheppard i Teyla zwiadowują Wraithów, obiecując pomoc wiosce Orina, ale nie mogą zagwarantować ich bezpieczeństwa. Zespół nagrywa szczere wiadomości. Odcinek kończy się udaną transmisją na Ziemię, oferując ponure pożegnanie, gdy Atlantyda przygotowuje się na nadchodzący atak Wraithów.

Sezon 1, Odcinek 18: Dar - Teylę nękają koszmary i odkrywa, że posiada DNA Wraithów z powodu starożytnych eksperymentów na jej przodkach. Daje jej to mentalne połączenie z Wraithami. Podczas próby zebrania informacji, Wraith przejmuje kontrolę nad Teylą, ujawniając ich plan inwazji na Ziemię. Odcinek kończy się uświadomieniem sobie, że Wraithowie zmierzają do Atlantydy, aby dotrzeć do nowego miejsca żerowania: Ziemi.

Sezon 1, Odcinek 19: Oblężenie, część 1 - Gdy statki roju Wraithów zbliżają się do Atlantydy, zespół McKaya próbuje ponownie uruchomić starożytną broń satelitarną. Teyla spotyka się z podejrzeniami. Grodin ginie, gdy satelita ulega przeciążeniu. Weir inicjuje autodestrukcję. Odkryty zostaje infiltrator Wraithów, Bob. Odcinek kończy się przygotowaniami Atlantydy do nieuniknionego ataku Wraithów.

Sezon 1, Odcinek 20: Oblężenie, część 2 - Gdy Widma zbliżają się, Atlantis przygotowuje się do ewakuacji i aktywuje autodestrukcję. Przybywają posiłki z Ziemi, dowodzone przez pułkownika Everetta, ale sytuacja pozostaje beznadziejna. Drużyna zwraca się o pomoc do Genii, zdobywając broń nuklearną. Ostatecznie planują ukryć miasto, po wysłaniu nuklearnej głowicy nad nim, oszukując Widma, by uwierzyli, że Atlantis został zniszczony.