Drugi sezon Haven wrzuca Audrey Parker, zdeterminowaną agentkę FBI badającą nadprzyrodzone przypadłości, do miasteczka, w którym dziwne wydarzenia, zwane "Kłopotami", są na porządku dziennym. Pracuje ona u boku Nathana Wuornosa, policjanta, który nie czuje bólu, i Duke'a Crockera, mężczyzny z tajemniczą przeszłością. Główny konflikt sezonu koncentruje się na dążeniu Audrey do zrozumienia i kontrolowania tych Kłopotów, jednocześnie odkrywając prawdę o swojej własnej tożsamości i powiązaniach z Haven.

Sezon naznaczony jest szokującymi odkryciami i niebezpiecznymi spotkaniami. Pojawia się druga Audrey Parker, co prowadzi do odkrycia, że oryginalna Audrey jest w rzeczywistości osobą z Kłopotami i wszczepionymi wspomnieniami. Ian Haskell, który kradnie przypadłości, ginie po próbie zniszczenia Haven. Później wspomnienia Audrey zostają wymazane przez tajemniczy budynek. Lori zostaje porażona prądem przez swoje własne moce, a Chris zamienia się w posąg. Evi Ryan zostaje śmiertelnie postrzelona podczas blokady na posterunku policji. Audrey zabija pastora Driscolla, aby chronić Duke'a. Sezon kończy się, gdy Audrey dowiaduje się, że jest Lucy Ripley, poprzednią wersją siebie, a Kyle Hopkins popełnia samobójstwo, aby zakończyć nadprzyrodzone zakłócenia.

Sezon kończy się uwięzieniem Haven w niewidzialnej kopule, co powoduje znikanie mieszkańców. Audrey udaje się uwolnić miasto, przywracając wszystkich, ale wydarzenia zostają zapomniane przez mieszkańców.

Sezon 2 serialu Haven obejmuje odcinki 1-13. Oto wszystko, co się wydarzyło:

Sezon 2, Odcinek 1: Opowieść o dwóch Audrey - Odcinek rozpoczyna się przybyciem drugiej Audrey Parker, która twierdzi, że jest agentką FBI i posiada wiele wspomnień oryginalnej Audrey. Gdy na Haven spadają biblijne plagi, spowodowane przez mężczyznę o imieniu T.J., którego moc manifestuje to, co czyta, obie Audrey współpracują. Okazuje się, że "inna" Audrey jest prawdziwą Audrey Parker, podczas gdy oryginalna Audrey jest tą z problemami i wszczepionymi wspomnieniami. Odcinek kończy się tym, jak prawdziwa Audrey chroni Audrey-oszustkę przed ich rzekomym szefem z FBI, który okazuje się pochodzić z rzeczywistości oszustki.

Sezon 2, Odcinek 2: Strach i obrzydzenie - Mieszkańcy Haven są nękani przez swoje najgorsze lęki objawiające się wizualnie, zjawisko powiązane z kradzieżą przypadłości przez Iana Haskell'a. Nathan Wuornos odzyskuje zmysł dotyku, a Ian zostaje śmiertelnie ranny przez Nathana po próbie zniszczenia Haven za pomocą planszy z łamigłówkami, ale przed śmiercią przekazuje Jackie jego przypadłość.

Sezon 2, Odcinek 3: Maszyna miłości - Audrey i Nathan badają nabrzeże Haven, które zaczęło atakować ludzi. Odkrywają, że mężczyzna o imieniu Louis Pufahl, który naprawia maszyny, nieumyślnie spowodował ten "problem", nasycając je obsesyjną miłością. Halsey zostaje zabita przez opętane maszyny, a dziewczyna Louisa, Marcia, staje się celem. Odcinek kończy się tym, że Audrey znajduje tajemniczy budynek, który wymazuje jej wspomnienia, pozostawiając ją z amnezją.

Sezon 2, Odcinek 4: Iskry i Rekreacja - Żona burmistrza Brody'ego, Felicia, wykorzystuje kobietę o imieniu Lori, która potrafi kierować prądem, aby go zabić. Audrey bada śmierć burmistrza, odkrywając, że jego przypadłość sprawiała, że ludzie go uwielbiali. Chris, syn burmistrza, dziedziczy przypadłość ojca, a Audrey zaczyna nawiązywać z nim więź. Odcinek kończy się porażeniem Lori przez jej własne moce, a Chris ulega dziedzicznej przypadłości, zamieniając się w posąg.

Sezon 2, Odcinek 5: Korzenie - Podczas wesela Audrey odkrywa, że jeden z gości potrafi kontrolować rośliny. Wesele zamienia się w śmiertelną pułapkę, gdy korzenie wyrastają z ziemi, pochłaniając posiadłość i uwięziwszy uczestników, w tym Audrey, Chrisa, Duke'a i Evi. Nathan, Vince i Dave również zostają uwięzieni przez agresywną florę. Odcinek kończy się ujawnieniem, że głęboko zakorzeniona nienawiść rodziny spowodowała reakcję roślin, a miłość jest sugerowana jako rozwiązanie.

Sezon 2, Odcinek 6: Dzień wolny Audrey Parker - Audrey odkrywa, że przeżywa ten sam dzień na nowo, a za każdym razem umiera inna osoba. Przyczyną jest mężczyzna z OCD, którego poczucie winy z powodu śmierci córki wyzwala pętlę czasową. Ostatecznie poświęca się, aby przerwać cykl, ale Audrey jest zrozpaczona, że nie udało jej się go uratować.

Sezon 2, Odcinek 7: Fale, które wiążą - Tajemnicze utonięcie prowadzi Audrey i Nathana do odludnie zamieszkującej rodziny Glendowerów, która posiada unikalny "Problem", wymagający od nich spędzania długich okresów zanurzenia w wodzie. Okazuje się, że Cole Glendower zamordował Leitha Glendowera, aby chronić sekret Gwen/Penny. Odcinek kończy się tym, że mężczyźni z rodziny Glendowerów, w tym młody Daniel, akceptują swoją wodną naturę i migrują do morza, pozostawiając za sobą ludzki świat.

Sezon 2, Odcinek 8: Przyjaciel czy Fałsz - Łagodny bankier, Cornell Stamoran, tworzy swoje mroczniejsze, niezrównoważone kopie. Te klony zamierzają zabić Henry'ego, młodego świadka malwersacji i morderstwa szefa Stamorana. Audrey przekonuje jednego z klonów, aby zabił oryginalnego Stamorana, kończąc cykl kopii. Odcinek kończy się tym, że Nathan stoi w obliczu potencjalnego zwolnienia ze stanowiska szefa policji z powodu sfabrykowanych przeciwko niemu dowodów.

Sezon 2, Odcinek 9: Lockdown - Tajemnicza infekcja rozprzestrzenia się w komisariacie Haven, zmuszając do lockdownu, w którym uwięzieni zostają Audrey i Nathan. Podejrzewają nadprzyczynę, a nie zwykłą epidemię. Evi Ryan zostaje śmiertelnie postrzelona podczas próby pomocy, a odcinek kończy się ujawnieniem, że szef Merrill miał kontakt z Driscollem, co wskazuje na głębszy spisek.

Sezon 2, Odcinek 10: Kto, Co, Gdzie, Wendigo? - Zaginiony nastolatek w lesie prowadzi Audrey i Nathana do zbadania lokalnej legendy o Wendigo. Odkrywają, że "Wendigo" to dwie młode dziewczyny z kanibalistycznymi skłonnościami. Audrey zabija Reverendera Driscolla, aby chronić Duke'a i dziewczyny. Odcinek kończy się tym, że dziewczyny trafiają pod opiekę, a Duke ubolewa nad utratą potencjalnego źródła informacji o swojej przeszłości.

Sezon 2, Odcinek 11: Jak zwykle - Audrey i Nathan badają serię dziwnych morderstw, w których ofiary są mumifikowane. Duke odkrywa szokujący sekret dotyczący swojego pochodzenia, który może zmienić jego przyszłość, podczas gdy Audrey konfrontuje się z postacią ze swojej przeszłości, co prowadzi do zaskakującego odkrycia dotyczącego jej własnej tożsamości. Odcinek kończy się tymi znaczącymi osobistymi odkryciami zarówno dla Duke'a, jak i Audrey.

Sezon 2, Odcinek 12: Grzechy ojców - Duchy przeszłości powstają w Haven, szukając zemsty i ujawniając sekrety. Bill przypadkowo postrzela i zabija Sheilę, wierząc, że ratuje ją przed Arlo, jej zmarłym mężem, który aranżuje to wydarzenie. Audrey dowiaduje się, że jest Lucy Ripley, poprzednią wersją siebie. Odcinek kończy się samobójstwem Kyle'a Hopkinsa, aby powstrzymać nadprzyrodzone zakłócenia, co powoduje zniknięcie duchów.

Sezon 2, Odcinek 13: Cicha noc - Odcinek świąteczny, którego akcja rozgrywa się w lipcu. Audrey odkrywa, że Haven jest uwięzione w niewidzialnej kopule, przez co mieszkańcy znikają i zostają zapomniani. Odpowiedzialna jest za to problematyczna dziewczyna, zafascynowana śnieżną kulą. Audrey przekonuje ją do uwolnienia miasta, przywracając wszystkich, którzy zniknęli, ale nikt nie pamięta tych wydarzeń.