헌터 × 헌터의 이야기는 곤 프리크스라는 어린 소년이 주인공이다. 어느 날 그는 자신이 항상 죽었다고 들었던 아버지가 살아있다는 사실을 알게 된다. 곤은 그의 아버지인 진 프리크스가 전설적인 헌터라는 것을 배우게 되며, 헌터란 시험을 통해 인류의 엘리트 구성원으로 인정받은 사람으로, 어디든지 가고 무엇이든 할 수 있는 면허를 가진 존재이다. 아버지가 자신의 꿈을 쫓기 위해 곤을 친척에게 맡겼음에도 불구하고, 곤은 아버지의 발자취를 따라 헌터 시험에 합격하고 결국 아버지를 찾겠다는 결심을 하게 된다. 그는 자신의 힘으로 헌터로서 인정받기 위해 노력한다.