부모의 끔찍한 죽음 이후 신비로운 마법사에게 길러진 시로 에미야는 이제 막 배운 작은 마법의 조각들을 사용해 다른 사람들을 돕기 시작했다. 그러나 갑자기 두 명의 더 강력한 마법사 간의 전투에 휘말리게 된 시로는 예상치 못한 능력을 발휘해 아름다운 영혼 전사 세이버를 소환하여 자신을 보호하게 한다! 하지만 안전은 잠깐의 순간일 뿐, 시로와 세이버는 이제 어둠의 마법과 치명적인 도전이 가득한 비밀스러운 세계에 던져지게 된다: 죽음을 건 무제한 결투, 성배 전쟁! 걸려 있는 것은 상상할 수 없는 힘의 상. 하지만 경험이 부족한 시로와 세이버가 이 대회에 참가할 만큼 오래 생존할 수 있을까? 그들은 먼저 배신과 암살의 물결을 견뎌내야 하며, 일곱 팀의 마법사와 영혼의 하인이 치열한 전투를 벌이는 가운데 살아남기 위해 필요한 모든 것을 배우기 위해 분투해야 한다! 죽음과 마법의 궁극적인 게임이 펼쳐지며, 성스러운 전쟁이 Fate/Stay Night에서 폭발한다!