リック・サンチェスは、虚無的で天才的な科学者であり、不安を抱える孫のモーティ・スミスを危険な異次元の冒険に引きずり込みます。モーティの母親であるベスはリックの娘で、自分のアイデンティティに悩む馬の外科医です。一方、父親のジェリーは自信がなく、リックの影響力にしばしば不満を抱いています。特にベスとジェリーが最近離婚したため、家族の力学は緊張しています。

シーズンは、リックが銀河連邦の刑務所から脱出し、連邦経済の崩壊とリックのシタデルの破壊を画策するところから始まります。この出来事が直接、ベスがジェリーと離婚する原因となります。リック、モーティ、そしてサマー（モーティの不安を抱える姉）が離婚に対処する中、彼らは様々な冒険に乗り出します。リックは、下水道での冒険を生き延びるために自分をピクルスに変身させることで家族療法を避けます。その後、今は評議会がないリックのシタデルを訪れると、邪悪なモーティが権力を握り、大統領になるために出来事を操っていたことが明らかになります。ベスはリックが作った子供時代のファンタジーの世界で自分の過去と向き合い、彼女自身の暗く破壊的な性質が父親のそれに似ていることに気づきます。

最終的に、リックとアメリカ大統領は些細な対立を繰り広げます。一方、ベスとジェリーは和解し、その結果、リックはしぶしぶジェリーを家族に受け入れ、彼の支配的な地位を犠牲にします。スミス一家は機能不全の日常に戻ったように見えますが、モーティは密かにリックのポータルガンを盗みます。

Rick and Mortyのシーズン3は、エピソード1から10までをカバーしています。すべてをまとめると：

シーズン3、エピソード1：リックシャンク・リックデンプション - リックは、意図的に捕らえられた後、銀河連邦とリックのシタデルを操り、連邦経済の崩壊とシタデルの破壊を引き起こす。彼は、彼を裏切ったジェリーに復讐するためにこれを画策する。エピソードは、ベスがジェリーと離婚し、リックがモーティに、彼の計画全体はジェリーを家族から排除し、自身の支配を確保することであり、その間ずっと四川ソースに執着していたことを明かすことで締めくくられる。

シーズン3、第2話：リックと石のロマンス - リック、モーティ、そしてサマーは、両親の離婚を乗り越えるため、終末後の地球へ旅立つ。サマーはニヒリズム的な生き方を受け入れ、前のリーダーを殺害した後、デス・ストーカーズのリーダーとなる。一方、モーティは強力な意思を持つ腕を使って怒りをぶつける。リックは最終的に貴重なアイソトープ322を盗み、荒れ地を元の状態に戻してしまう。エピソードは、サマーとモーティが感情的な混乱に対処する方法を見つけ、帰宅するところで終わる。

シーズン3、第3話：ピクルス・リック - リックは家族療法を避けるために、自分をピクルスに変える。猫が彼を排水溝に落とした後、彼はゴキブリの外骨格を作り、次にネズミのスーツを作って生き残り、脱出する。彼はジャガーと協力して厳重に警備された施設から脱出し、帰宅後、リックはベスに謝罪する。エピソードは、リックとベスが飲みに行くことを決め、モーティとサマーがもっとセラピーを望んでいるのを無視して終わる。

シーズン3、エピソード4：ヴィンディケーターズ3：ワールドエンダーの帰還 - 酔っ払ったリックがヴィランのワールドエンダーを倒した後、彼はヴィンディケーターズのためにソウのような一連の死の試練を仕掛ける。翌朝、二日酔いのリックは残りのヴィンディケーターズに彼のねじれたゲームを強制的に完了させる。スーパーノヴァがミリオン・アンツを殺し、エピソードはリックが主催するパーティーで締めくくられ、そこではラッパーのLogicがパフォーマンスを行い、ヴィンディケーターズは混乱したままとなる。

シーズン3、第5話：ワーリー・ダーリー陰謀 - リックはジェリーを不死のフィールドがある銀河間リゾートに連れて行く。そこでジェリーはリック暗殺のために勧誘される。サマーはリックの技術で胸を大きくしようとするが、その結果、巨大化し、その後ベスによって裏返される。リックとジェリーはワーリー・ダーリーでの暗殺未遂を生き延び、リックがリゾット・グルーポンを殺害する。エピソードはリックとジェリーが別れを告げ、ベスとジェリーの離婚における彼らの役割を認めることで締めくくられる。

シーズン3、第6話：安息とリックラクセーション - 過酷な冒険の後、リックとモーティは、彼らのネガティブな特性を抽出する機械を使うスパを訪れる。これにより、知覚を持つ「有毒」な彼らのバージョンが生まれる。「クリーン」なバージョンはより思いやりがあり、自信を持つようになる一方、有毒な相手は脱出する。最終的に、リックは自分には欠点が必要だと気づき、有毒な自分との再統合を強制する。一方、自信に満ちたソシオパスとなったモーティは、分離したままでいることを選び、株式仲買人としての人生を追求する。

シーズン3、第7話：リックアトランティス・ミクスアップ - このエピソードは、リックC-137が評議会を破壊した後のリックのシタデルに焦点を当てています。複数のストーリーが展開され、犯罪を捜査する警官リックとモーティ、学校を卒業するモーティたち、そしてモーティの大統領候補などが描かれます。エピソードは、候補者モーティが実は邪悪なモーティであるという事実が明らかになり、権力の座への彼の台頭を彼が画策していたことが判明してクライマックスを迎えます。警官モーティは死亡、ビッグ・モーティを殺害した後、警官リックは降伏し、リックの破壊的な性質を嘆きます。

シーズン3、第8話：モーティの記憶消去 - モーティがトラウマ的な記憶の消去を依頼した後、リックは忘れられた記憶の保管庫を明らかにする。リックはそれらを復元し始め、モーティが無実の男の自殺を不注意に引き起こしたことや、リック自身の愚かさが消去されたことなど、ますます不穏な事実が明らかになる。その結果、リックとモーティは自殺を決意するが、サマーによって救われ、彼女が彼らの記憶を復元する。

シーズン3、第9話：ベスのABC - リックがベスの想像上の子供時代の世界、フルーピーランドが彼が創造した現実の次元だったことを明かすと、ベスは自身の過去と向き合う。そこで彼女は、幼なじみのトミーが、不穏な行為に手を染めながら生き延びていたことを知る。ベスは自身の本質と格闘し、自分がリックと驚くほど似ていることに気づく。エピソードは曖昧な結末を迎え、ベスはクローンと入れ替わる選択肢を提示され、彼女の最終的な選択は確認されないまま終わる。

シーズン3、第10話：リックとモーティのマンチュリアン・デート - リックとモーティは任務を完了後、アメリカ大統領と対立し、エゴのぶつかり合いと物的損害につながる。一方、ベスは自分のアイデンティティに苦悩し、最終的にジェリーと和解する。リックはしぶしぶジェリーを家族に迎え入れ、自身の家父長的な立場を犠牲にする。エピソードは、スミス一家が元の状態に戻ったように見える状態で終わるが、モーティはリックのポータルガンを盗んでいる。