La prima stagione di Stargate Atlantis lancia una spedizione umana nella galassia di Pegaso, dove scoprono la leggendaria città perduta di Atlantide. Guidata dalla diplomatica civile Dr. Elizabeth Weir, la squadra include il Maggiore John Sheppard, un ufficiale militare con una rara abilità genetica di operare la tecnologia Antica, e Teyla Emmagan, una leader Athosiana che diventa un'alleata e guida vitale nella nuova galassia. Il loro obiettivo primario è esplorare Atlantide, scoprire la sua tecnologia avanzata e trovare un modo per sopravvivere in una galassia distante senza un percorso immediato per tornare a casa. Tuttavia, il loro arrivo risveglia inavvertitamente gli Wraith, una potente e parassitaria razza aliena che si nutre di umani, diventando il nemico più formidabile della spedizione.

La stagione stabilisce rapidamente la terribile minaccia degli Wraith mentre la squadra affronta le sfide della loro nuova casa. Atlantide, inizialmente sommersa, emerge sulla superficie dell'oceano, ma le sue riserve di energia sono criticamente basse. I primi incontri con gli Wraith sono brutali, portando al momento scioccante in cui il Colonnello Sumner viene ucciso da Sheppard per prevenire la sua completa trasformazione in un Wraith. La spedizione incontra anche altre civiltà umane, come i Genii, che inizialmente appaiono come semplici agricoltori ma si rivelano essere una società militaristica che sviluppa segretamente armi per combattere gli Wraith. Un pericoloso farmaco Hoffan, inteso a garantire l'immunità agli Wraith, si rivela tragicamente mortale per coloro che lo assumono. Con il progredire della stagione, le intenzioni degli Wraith diventano chiare: intendono invadere Atlantide e usare il suo Stargate per raggiungere un nuovo terreno di caccia—la Terra.

In un disperato climax, una massiccia flotta Wraith si avvicina ad Atlantide, costringendo la squadra a prepararsi per un assedio. Durante i preparativi, il Dr. Peter Grodin viene ucciso quando un satellite di difesa Antico va in sovraccarico. Con i rinforzi dalla Terra in arrivo ma ancora a giorni di distanza, la squadra di Atlantide escogita un piano rischioso per camuffare la città e ingannare gli Wraith facendogli credere che sia stata distrutta, il tutto mentre si prepara per l'inevitabile attacco.

La stagione 1 di Stargate Atlantis copre gli episodi 1-20. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 1, Episodio 1: Ascesa, Parte 1 - Il team del Dr. Weir, incluso il Maggiore Sheppard, viaggia verso Atlantide nella galassia di Pegaso, un viaggio di sola andata. Scoprono che la città è sott'acqua e sta perdendo energia. La capacità di Sheppard di usare la tecnologia degli Antichi diventa cruciale. Il team incontra gli Athosiani e, involontariamente, risveglia i Wraith. L'episodio si conclude con il team bloccato, di fronte a un futuro incerto.

Stagione 1, Episodio 2: Ascesa, Parte 2 - Il team di Atlantis, insieme agli Athosiani catturati, viene imprigionato dai Wraith. Sheppard, Ford e Teyla fuggono per salvarli. Il colonnello Sumner viene ucciso da Sheppard dopo essere stato trasformato in un Wraith. Atlantis emerge in superficie mentre il suo scudo cede. L'episodio si conclude con gli Athosiani che si stabiliscono ad Atlantis.

Stagione 1, Episodio 3: Nascondino - Mentre McKay testa la terapia genica di Beckett e rimane intrappolato in uno scudo personale, un bambino Athosiano rilascia accidentalmente una creatura d'ombra. La creatura si nutre dell'energia di Atlantis, causando malfunzionamenti. La squadra attira l'entità attraverso lo Stargate verso un pianeta disabitato.

Stagione 1, Episodio 4: Trentotto Minuti - Mentre tornano da un pianeta dei Wraith, Sheppard viene attaccato da un insetto Iratus. Il Puddle Jumper della squadra rimane incastrato nello Stargate, lasciando loro solo 38 minuti prima che il portale si chiuda. Teyla accompagna il corpo di Sheppard nel wormhole. McKay e Zelenka lavorano per ritrarre manualmente i pod di spinta del Jumper. Ford depressurizza il Jumper, spingendolo attraverso il portale.

Stagione 1, Episodio 5: Sospetto - Dopo ripetuti agguati dei Wraith, Weir sospetta un traditore tra gli Athosiani. Le tensioni aumentano mentre Weir confina e interroga gli Athosiani, provocando l'indignazione di Halling e un esodo di massa. Sheppard scopre un trasmettitore Wraith nascosto nella collana di Teyla, scagionando gli Athosiani. Viene catturato un Wraith, prefigurando futuri conflitti.

Stagione 1, Episodio 6: La fine dell'infanzia - Il team di Atlantis precipita su un pianeta dove gli abitanti commettono suicidio rituale a 25 anni per evitare i Wraith. McKay scopre uno scudo elettromagnetico degli Antichi che li protegge, alimentato da uno ZPM. Lo disattiva, allertando inconsapevolmente i Wraith. Il team riattiva lo scudo, convincendo il leader, Keras, a riconsiderare la tradizione sacrificale. Il team parte, lasciando gli abitanti del villaggio ad affrontare un futuro incerto, liberi dal rituale di suicidio obbligatorio.

Stagione 1, Episodio 7: Avvelenare il pozzo - Il team di Atlantis incontra gli Hoffan, che stanno sviluppando un farmaco per diventare immuni ai Wraith. Il dottor Beckett li assiste, ma gli Hoffan affrettano le sperimentazioni sull'uomo. Nonostante un tasso di mortalità del 50%, decidono di inoculare il loro popolo. Il farmaco si rivela efficace contro i Wraith, ma anche letale, portando a una diffusa malattia. L'episodio si conclude con la consapevolezza che la popolazione Hoffan sta affrontando un futuro cupo a causa degli effetti collaterali del farmaco.

Stagione 1, Episodio 8: Underground - Il team di Atlantis, a corto di cibo, negozia con i Genii, apparentemente semplici contadini. Tuttavia, scoprono che i Genii sono una società militarista che sta segretamente sviluppando armi atomiche per combattere i Wraith. Durante una missione per raccogliere dati sui Wraith, Tyrus viene ucciso da un Wraith, e Teyla lo lascia indietro. L'alleanza si scioglie dopo tradimenti reciproci, con il team che ottiene preziose informazioni sui Wraith.

Stagione 1, Episodio 9: Casa - Il team di Atlantis scopre un pianeta con un'atmosfera ricca di energia e lo usa per comporre la Terra. Tornano a casa, ma strani avvenimenti rivelano che si tratta di un'illusione creata da esseri energetici che vengono uccisi quando il gate viene attivato. Il team torna ad Atlantis, le loro speranze di soccorso infrante quando apprendono di un incidente che ha distrutto l'iperguida della Prometheus.

Stagione 1, Episodio 10: La Tempesta - Mentre un'enorme uragano minaccia Atlantide, il team pianifica l'evacuazione. McKay e Zelenka escogitano un piano rischioso per sfruttare l'energia della tempesta per alimentare gli scudi della città. I Genii, guidati da Kolya, si infiltrano ad Atlantide, catturando Weir e McKay. Sheppard deve fermare i Genii e salvare Atlantide dall'invasione prima che arrivi la tempesta. L'episodio si conclude con Weir e McKay in ostaggio.

Stagione 1, Episodio 11: L'Occhio - Con una massiccia tempesta che si avvicina ad Atlantide, il Comandante Kolya e i suoi soldati Genii si impossessano della città, prendendo Weir e McKay in ostaggio. Sheppard ingaggia una guerra da solo, sabotando la città per dividere le forze Genii. Sheppard attiva lo scudo del gate, uccidendo i rinforzi Genii. Kolya viene colpito e cade attraverso lo Stargate. La tempesta si placa e Atlantide è salva.

Stagione 1, Episodio 12: Il Ribelle - La squadra di Sheppard indaga su una nave Wraith precipitata e scopre un Wraith in letargo che uccide il Dr. Abrams e si nutre del Dr. Gall. Il Wraith prende il controllo del loro Jumper, ma Sheppard, con l'aiuto di McKay, lo attira fuori. Il Tenente Ford arriva e distrugge il Wraith con un attacco di droni.

Stagione 1, Episodio 13: Zona calda - Dopo una tempesta, una squadra di rilevamento scopre un laboratorio dove viene rilasciato un mortale virus nanite, causando allucinazioni e morte. Viene avviata una quarantena a livello cittadino. Sheppard e Teyla, in tute Hazmat, inseguono un individuo infetto. Per eradicare il virus, Sheppard fa detonare un generatore di Naquadah sopra Atlantide. Il nanovirus viene sterminato e la città torna alla normalità.

Stagione 1, Episodio 14: Santuario - Il team di Atlantis incontra un pianeta apparentemente privo di Wraith protetto da un misterioso campo di energia. Scoprono una società pre-tecnologica guidata dalla sacerdotessa Chaya, che è segretamente un Antico asceso. Chaya rifiuta di offrire santuario agli estranei ma visita Atlantis, creando un legame con Sheppard. Alla fine, Chaya torna sul suo pianeta per difenderlo da un attacco dei Wraith, rivelando la sua vera natura e il suo potere.

Stagione 1, Episodio 15: Prima che io dorma - Il team di Atlantis scopre un'anziana donna in stasi, che si rivela essere la dottoressa Weir di una linea temporale alternativa. Racconta di un arrivo disastroso in cui Atlantis si è allagata, causando molte morti. Weir è tornata indietro nel tempo per alterare gli eventi, ma muore nel presente. La giovane Weir disperde poi le ceneri della sua versione più anziana sulla città.

Stagione 1, Episodio 16: La Confraternita - La squadra di Sheppard cerca uno ZPM su Dagan, incontrando i Genii e una Confraternita locale. Navigano un enigma, ma la squadra di Kolya subisce una perdita. La Confraternita, guidata da Allina, rivela che non rinuncerà allo ZPM, credendo di doverlo proteggere finché gli Antichi non torneranno. Una navetta Wraith scansiona Atlantis.

Stagione 1, Episodio 17: Lettere da Pegasus - Di fronte a una flotta Wraith in avvicinamento, il team di Atlantis prepara un burst di dati verso la Terra, inclusi messaggi personali. Sheppard e Teyla esplorano i Wraith, promettendo aiuto al villaggio di Orin, ma non possono garantirne la sicurezza. Il team registra messaggi commoventi. L'episodio si conclude con la trasmissione riuscita verso la Terra, offrendo un cupo addio mentre Atlantis si prepara all'imminente attacco dei Wraith.

Stagione 1, Episodio 18: Il Dono - Teyla è tormentata da incubi e scopre di avere DNA Wraith a causa di antichi esperimenti sui suoi antenati. Questo le conferisce una connessione mentale con gli Wraith. Mentre cerca di raccogliere informazioni, uno Wraith prende il controllo di Teyla, rivelando il loro piano di invadere la Terra. L'episodio si conclude con la consapevolezza che gli Wraith si stanno dirigendo verso Atlantide per raggiungere un nuovo terreno di caccia: la Terra.

Stagione 1, Episodio 19: L'assedio, Parte 1 - Mentre le navi alveare dei Wraith si avvicinano ad Atlantis, la squadra di McKay cerca di riattivare un'arma satellitare degli Antichi. Teyla affronta sospetti. Grodin viene ucciso quando il satellite va in sovraccarico. Weir avvia l'autodistruzione. Viene scoperto un infiltrato Wraith, Bob. L'episodio si conclude con Atlantis che si prepara all'inevitabile attacco dei Wraith.

Stagione 1, Episodio 20: L'assedio, Parte 2 - Mentre i Wraith si avvicinano, Atlantide si prepara all'evacuazione e attiva l'autodistruzione. Arrivano i rinforzi dalla Terra, guidati dal Colonnello Everett, ma la situazione rimane disperata. La squadra si rivolge ai Genii per chiedere aiuto, assicurandosi armi nucleari. Alla fine, pianificano di rendere invisibile la città dopo aver teletrasportato una bomba nucleare sopra di essa, ingannando i Wraith facendogli credere che Atlantide sia distrutta.