La stagione è incentrata sulla continua lotta per il potere a Westeros, con varie fazioni che competono per il controllo. Daenerys Targaryen, pretendente al Trono di Spade, cerca di costruire un esercito e liberare gli schiavi oltre il Mare Stretto. Nel frattempo, Jon Snow, un bastardo della famiglia Stark, si infiltra tra le tribù dei Bruti oltre la Barriera per comprenderne la minaccia. A Approdo del Re, Tyrion Lannister, un nano e consigliere, naviga nella politica insidiosa della corte reale.

Il conflitto centrale si intensifica con il mutare delle alleanze e il dispiegarsi dei tradimenti. Daenerys acquisisce un esercito di guerrieri Immacolati e conquista città, mentre Jon Snow affronta pericoli sia dai Bruti che dai non morti. In un colpo di scena scioccante, Robb Stark e sua madre Catelyn vengono brutalmente assassinati a un banchetto nuziale, un colpo devastante per la causa degli Stark. Contemporaneamente, la mano della spada di Jaime Lannister viene mozzata, e Theon Greyjoy subisce orribili torture e castrazioni.

La stagione si conclude con Daenerys acclamata come liberatrice a Yunkai, il suo potere in crescita. Jon Snow sopravvive a un attacco e i restanti Stark lottano con un'immensa perdita e la minaccia sempre presente della guerra.

La stagione 3 di Game of Thrones copre gli episodi 1-10. Ecco tutto quello che è successo:

Stagione 3, Episodio 1: Valar Dohaeris - Jon Snow si infiltra nell'accampamento dei Bruti e incontra Mance Rayder, mentre Samwell Tarly sfugge per un pelo a un attacco di Estranei. A Approdo del Re, Tyrion viene insultato da suo padre Tywin, che si rifiuta di nominarlo erede. Daenerys arriva ad Astapor, dove viene quasi assassinata ma ottiene un nuovo alleato in Ser Barristan Selmy. L'episodio si conclude con Davos imprigionato da Stannis dopo aver affrontato Melisandre, e Daenerys che decide di acquistare l'esercito degli Immacolati.

Stagione 3, Episodio 2: Ali oscure, parole oscure - Robb Stark apprende che Grande Inverno è stata distrutta e che Bran e Rickon sono scomparsi. Lui e Catelyn viaggiano a Delta delle Acque per il funerale di suo padre. Arya incontra la Fratellanza Senza Stendardi, che cattura Sandor "Il Mastino" Clegane. Jaime e Brienne duellano, e vengono poi catturati da uomini di Bolton. Bran incontra Jojen Reed, che si rivela un warg, e Bran capisce di poter essere anche lui un warg. Theon Greyjoy viene mostrato mentre viene torturato.

Stagione 3, Episodio 3: La Marcia della Punizione - Daenerys negozia per un esercito di Immacolati ad Astapor, mentre Jon Snow viene inviato a scalare la Barriera. Theon Greyjoy fugge dai suoi rapitori con l'aiuto di un misterioso ragazzo. A Approdo del Re, Tyrion viene nominato Maestro della Moneta. L'episodio culmina con la brutale amputazione della mano della spada di Jaime da parte di Locke, e il presunto salvataggio di Theon dallo stesso ragazzo che lo ha aiutato a fuggire, solo per il ragazzo rivelarsi un uomo dei Bolton, portando alla ricattura e ulteriore tortura di Theon.

Stagione 3, Episodio 4: E ora il suo turno è finito - Una rivolta a Craster's Keep si traduce nella morte del Lord Comandante Mormont. Nel frattempo, Jaime Lannister subisce ulteriori umiliazioni dopo che la sua mano viene amputata. L'episodio culmina con Daenerys Targaryen che supera brillantemente in astuzia i suoi nemici ad Astapor, scatenando i suoi draghi e gli Immacolati per conquistare la città.

Stagione 3, Episodio 5: Baciato dal fuoco - Robb Stark è costretto a giustiziare Lord Karstark per tradimento, perdendo un supporto cruciale dal Nord. Jaime Lannister confessa a Brienne di Tarth le vere ragioni per cui ha ucciso il Re Folle. Jon Snow consuma la sua relazione con Ygritte. L'episodio si conclude con Tywin Lannister che organizza i matrimoni per Tyrion e Cersei, e il Mastino che viene liberato dopo un giudizio per combattimento.

Stagione 3, Episodio 6: La Scalata - Jon e Ygritte affrontano il pericolo mentre scalano la Barriera, sfuggendo per un pelo alla morte durante una valanga. Nel frattempo, Ros viene brutalmente assassinata da Joffrey, e il fidanzamento di Sansa con Tyrion viene confermato, infrangendo le sue speranze di lasciare Approdo del Re. Ditocorto filosofeggia sul caos come scala, mentre Melisandre porta via Gendry, lasciando Arya con una oscura profezia. L'episodio si conclude con Jon e Ygritte che raggiungono la cima della Barriera.

Stagione 3, Episodio 7: L'orso e la fanciulla - Jaime torna a Harrenhal per salvare Brienne da una fossa di orsi, salvandole la vita dopo che è stata costretta a combattere la bestia con solo una spada di legno. Nel frattempo, Talisa rivela a Robb che è incinta, e Arya fugge dalla Fratellanza, solo per essere ricatturata dal Mastino. L'episodio si conclude con Theon che subisce una brutale emasculazione.

Stagione 3, Episodio 8: Second Sons - Daenerys Targaryen incontra il gruppo di mercenari noti come i Second Sons, offrendo loro un posto nel suo esercito. Nel frattempo, Melisandre sacrifica Gendry in un rituale usando il sangue di re, nominando Robb Stark, Balon Greyjoy e Joffrey Baratheon come bersagli. L'episodio si conclude con Daario Naharis che assassina Mero e Prendahl per giurare fedeltà a Daenerys.

Stagione 3, Episodio 9: Le Piogge di Castamere - Al matrimonio di Edmure Tully e Roslin Frey, Robb Stark e sua madre Catelyn vengono traditi da Walder Frey. Robb Stark e sua moglie incinta Talisa vengono brutalmente assassinati, insieme a molti alfieri Stark, in un evento noto come le Nozze Rosse. La gola di Catelyn Stark viene tagliata dopo che ha assistito al massacro. L'episodio si conclude con la devastante consapevolezza della caduta degli Stark.

Stagione 3, Episodio 10: Mhysa - Daenerys libera Yunkai, acclamata come "Mhysa" dagli schiavi liberati. A Approdo del Re, la crudeltà di Joffrey è evidente mentre si vanta del Red Wedding. Nel frattempo, Theon Greyjoy viene brutalmente torturato e castrato da Ramsay Snow, che lo ribattezza "Reek". Jon Snow sopravvive a un attacco di Ygritte. L'episodio si conclude con Daenerys portata in trionfo dalla folla adorante, consolidando il suo crescente potere.