Trapper John, M.D. berfokus pada Dr. "Trapper" John McIntyre 28 tahun setelah ia keluar dari Rumah Sakit Bedah Mobil Angkatan Darat (MASH) 4077 di Perang Korea. Selama masa setelah perang itu, karakternya telah jauh lebih tenang. Ia tidak hanya belajar cara berhenti melawan sistem tetapi juga menjadi bagian darinya, dalam arti tertentu, sebagai Kepala Bedah di Rumah Sakit Memorial San Francisco. Trapper menunjukkan belas kasih yang luar biasa terhadap pasiennya, sering kali melanggar "prosedur rumah sakit yang telah ditetapkan." Bekerja bersama Trapper adalah seorang profesional muda yang bercita-cita tinggi bernama Dr. George Alonzo "Gonzo" Gates. Gates memiliki banyak kesamaan dengan Trapper, karena ia juga pernah bertugas di MASH (meskipun selama Perang Vietnam belakangan). Selera humor dan kecintaannya pada kehidupan juga mencerminkan elemen masa muda Trapper. Dalam acara tersebut, Gonzo tinggal di sebuah rumah motor (dijuluki "The Titanic") di tempat parkir rumah sakit.