Musim pertama Stargate Atlantis meluncurkan ekspedisi manusia ke galaksi Pegasus, di mana mereka menemukan kota Atlantis yang hilang dan legendaris. Dipimpin oleh diplomat sipil Dr. Elizabeth Weir, tim tersebut termasuk Mayor John Sheppard, seorang perwira militer dengan kemampuan genetik langka untuk mengoperasikan teknologi Ancient, dan Teyla Emmagan, seorang pemimpin Athosian yang menjadi sekutu dan pemandu vital di galaksi baru. Tujuan utama mereka adalah menjelajahi Atlantis, mengungkap teknologi canggihnya, dan menemukan cara untuk bertahan hidup di galaksi yang jauh tanpa jalur pulang yang langsung. Namun, kedatangan mereka secara tidak sengaja membangunkan Wraith, ras alien parasit yang kuat yang memangsa manusia, menjadi musuh paling tangguh bagi ekspedisi tersebut.

Musim ini dengan cepat menetapkan ancaman mengerikan dari Wraith saat tim menghadapi tantangan di rumah baru mereka. Atlantis, yang awalnya terendam, naik ke permukaan laut, tetapi cadangan dayanya sangat rendah. Pertemuan awal dengan Wraith sangat brutal, mengarah pada momen mengejutkan ketika Kolonel Sumner dibunuh oleh Sheppard untuk mencegah transformasinya sepenuhnya menjadi Wraith. Ekspedisi ini juga bertemu peradaban manusia lainnya, seperti Genii, yang awalnya tampak seperti petani sederhana tetapi terungkap sebagai masyarakat militeristik yang diam-diam mengembangkan senjata untuk melawan Wraith. Obat Hoffan yang berbahaya, yang dimaksudkan untuk memberikan kekebalan terhadap Wraith, terbukti sangat mematikan bagi mereka yang meminumnya. Seiring berjalannya musim, niat Wraith menjadi jelas: mereka berencana untuk menyerbu Atlantis dan menggunakan Stargate-nya untuk mencapai tempat makan baru—Bumi.

Dalam klimaks yang putus asa, armada Wraith besar mendekati Atlantis, memaksa tim untuk bersiap menghadapi pengepungan. Selama persiapan, Dr. Peter Grodin terbunuh ketika satelit pertahanan Ancient kelebihan beban. Dengan bala bantuan Bumi yang sedang dalam perjalanan tetapi masih beberapa hari lagi, tim Atlantis menyusun rencana berisiko untuk menyamarkan kota dan menipu Wraith agar percaya bahwa kota itu telah dihancurkan, sambil bersiap menghadapi serangan yang tak terhindarkan.

Musim 1 dari Stargate Atlantis mencakup episode 1-20. Berikut semua yang terjadi:

Musim 1, Episode 1: Bangkit, Bagian 1 - Tim Dr. Weir, termasuk Mayor Sheppard, melakukan perjalanan ke Atlantis di galaksi Pegasus, sebuah perjalanan satu arah. Mereka menemukan kota itu berada di bawah air dan kehilangan daya. Kemampuan Sheppard untuk menggunakan teknologi Kuno menjadi krusial. Tim bertemu dengan Athosian dan, secara tidak sengaja, membangunkan Wraith. Episode berakhir dengan tim terdam, menghadapi masa depan yang tidak pasti.

Musim 1, Episode 2: Bangkit, Bagian 2 - Tim Atlantis, bersama dengan Athosian yang tertangkap, dipenjara oleh Wraith. Sheppard, Ford, dan Teyla melarikan diri untuk menyelamatkan mereka. Kolonel Sumner dibunuh oleh Sheppard setelah diubah menjadi Wraith. Atlantis naik ke permukaan laut saat perisainya gagal. Episode berakhir dengan Athosian menetap di Atlantis.

Musim 1, Episode 3: Petak Umpet - Saat McKay menguji terapi gen Beckett dan terjebak dalam perisai pribadi, seorang anak Athosian secara tidak sengaja melepaskan makhluk bayangan. Makhluk itu memakan daya Atlantis, menyebabkan malfungsi. Tim memancing entitas itu melalui Stargate ke planet tak berpenghuni.

Musim 1, Episode 4: Tiga Puluh Delapan Menit - Saat kembali dari planet Wraith, Sheppard diserang oleh serangga Iratus. Puddle Jumper tim tersangkut di Stargate, menyisakan mereka hanya 38 menit sebelum gerbang ditutup. Teyla menemani tubuh Sheppard ke dalam lubang cacing. McKay dan Zelenka bekerja untuk menarik pod dorong Jumper secara manual. Ford mengurangi tekanan di Jumper, mendorongnya melewati gerbang.

Musim 1, Episode 5: Kecurigaan - Setelah serangan Wraith berulang kali, Weir mencurigai adanya pengkhianat di antara orang Athos. Ketegangan meningkat saat Weir mengurung dan mewawancarai orang Athos, yang menyebabkan kemarahan Halling dan eksodus massal. Sheppard menemukan pemancar Wraith yang tersembunyi di kalung Teyla, membebaskan orang Athos. Seorang Wraith tertangkap, menandakan konflik di masa depan.

Musim 1, Episode 6: Akhir Masa Kecil - Tim Atlantis mendarat darurat di sebuah planet di mana penduduknya melakukan bunuh diri ritual pada usia 25 untuk menghindari Wraith. McKay menemukan perisai elektromagnetik Kuno melindungi mereka, ditenagai oleh ZPM. Dia menonaktifkannya, tanpa sadar memperingatkan Wraith. Tim mengaktifkan kembali perisai, meyakinkan pemimpin, Keras, untuk mempertimbangkan kembali tradisi pengorbanan. Tim pergi, meninggalkan penduduk desa untuk menghadapi masa depan yang tidak pasti, bebas dari ritual bunuh diri wajib.

Musim 1, Episode 7: Meracuni Sumur - Tim Atlantis bertemu dengan Hoffan, yang sedang mengembangkan obat untuk menjadi kebal terhadap Wraith. Dr. Beckett membantu mereka, tetapi Hoffan terburu-buru melakukan uji coba pada manusia. Meskipun tingkat kematian 50%, mereka memutuskan untuk menginokulasi rakyat mereka. Obat tersebut terbukti efektif melawan Wraith, tetapi juga mematikan, menyebabkan penyakit yang meluas. Episode ini berakhir dengan kesadaran bahwa populasi Hoffan menghadapi masa depan yang suram karena efek samping obat tersebut.

Musim 1, Episode 8: Bawah Tanah - Tim Atlantis, menghadapi kekurangan makanan, bernegosiasi dengan Genii, yang tampaknya adalah petani sederhana. Namun, mereka menemukan bahwa Genii adalah masyarakat militeristik yang diam-diam mengembangkan senjata atom untuk melawan Wraith. Selama misi untuk mengumpulkan data Wraith, Tyrus terbunuh oleh Wraith, dan Teyla meninggalkannya. Aliansi bubar setelah pengkhianatan bersama, dengan tim memperoleh intelijen Wraith yang berharga.

Musim 1, Episode 9: Rumah - Tim Atlantis menemukan planet dengan atmosfer kaya energi dan menggunakannya untuk menghubungi Bumi. Mereka pulang, tetapi kejadian aneh mengungkapkan bahwa itu adalah ilusi yang diciptakan oleh makhluk energi yang mati ketika gerbang diaktifkan. Tim kembali ke Atlantis, harapan mereka untuk diselamatkan pupus ketika mereka mengetahui kecelakaan yang menghancurkan hyperdrive Prometheus.

Musim 1, Episode 10: Badai - Saat badai besar mengancam Atlantis, tim berencana untuk mengevakuasi. McKay dan Zelenka menyusun rencana berisiko untuk memanfaatkan energi badai guna memberi daya pada perisai kota. Genii, dipimpin oleh Kolya, menyusup ke Atlantis, menangkap Weir dan McKay. Sheppard harus menghentikan Genii dan menyelamatkan Atlantis dari invasi sebelum badai menerjang. Episode berakhir dengan Weir dan McKay sebagai sandera.

Musim 1, Episode 11: The Eye - Dengan badai besar yang mendekati Atlantis, Komandan Kolya dan tentara Genii-nya merebut kota, menyandera Weir dan McKay. Sheppard melancarkan perang satu orang, menyabotase kota untuk memecah belah pasukan Genii. Sheppard mengaktifkan perisai gerbang, membunuh bala bantuan Genii. Kolya tertembak dan jatuh melalui Stargate. Badai mereda, dan Atlantis terselamatkan.

Musim 1, Episode 12: Si Pemberontak - Tim Sheppard menyelidiki kapal Wraith yang jatuh dan menemukan Wraith yang sedang hibernasi yang membunuh Dr. Abrams dan memakan Dr. Gall. Wraith itu mengambil alih Jumper mereka, tetapi Sheppard, dengan bantuan McKay, memancingnya keluar. Letnan Ford tiba dan menghancurkan Wraith dengan serangan drone.

Musim 1, Episode 13: Zona Panas - Setelah badai, tim survei menemukan sebuah laboratorium tempat virus nanite mematikan dilepaskan, menyebabkan halusinasi dan kematian. Karantina seluruh kota diberlakukan. Sheppard dan Teyla, mengenakan pakaian hazmat, mengejar individu yang terinfeksi. Untuk membasmi virus tersebut, Sheppard meledakkan generator Naquadah di atas Atlantis. Nanovirus dimusnahkan, dan kota kembali normal.

Musim 1, Episode 14: Sanctuary - Tim Atlantis menemukan planet yang tampaknya bebas Wraith yang dilindungi oleh medan energi misterius. Mereka menemukan masyarakat pra-teknologi yang dipimpin oleh pendeta wanita Chaya, yang diam-diam adalah Ancient yang telah naik. Chaya menolak untuk menawarkan suaka kepada orang luar tetapi mengunjungi Atlantis, memicu hubungan dengan Sheppard. Akhirnya, Chaya kembali ke planetnya untuk mempertahaninya dari serangan Wraith, mengungkapkan sifat dan kekuatannya yang sebenarnya.

Musim 1, Episode 15: Sebelum Aku Tidur - Tim Atlantis menemukan seorang wanita tua dalam stasis, yang ternyata adalah Dr. Weir dari garis waktu alternatif. Dia menceritakan kedatangan yang membawa bencana di mana Atlantis banjir, mengakibatkan banyak kematian. Weir melakukan perjalanan kembali ke masa lalu untuk mengubah peristiwa, tetapi meninggal di masa kini. Weir muda kemudian menaburkan abu dirinya yang lebih tua di atas kota.

Musim 1, Episode 16: Persaudaraan - Tim Sheppard mencari ZPM di Dagan, bertemu dengan Genii dan Persaudaraan lokal. Mereka menavigasi sebuah teka-teki, tetapi tim Kolya menderita korban. Persaudaraan, yang dipimpin oleh Allina, mengungkapkan bahwa mereka tidak akan menyerahkan ZPM, percaya bahwa mereka harus melindunginya sampai para Leluhur kembali. Sebuah anak panah Wraith memindai Atlantis.

Musim 1, Episode 17: Surat dari Pegasus - Menghadapi armada Wraith yang mendekat, tim Atlantis menyiapkan ledakan data ke Bumi, termasuk pesan pribadi. Sheppard dan Teyla mengintai Wraith, menjanjikan bantuan kepada desa Orin, tetapi tidak dapat menjamin keselamatan mereka. Tim merekam pesan-pesan yang tulus. Episode berakhir dengan transmisi yang berhasil ke Bumi, menawarkan perpisahan yang suram saat Atlantis bersiap menghadapi serangan Wraith yang akan datang.

Musim 1, Episode 18: Hadiah - Teyla dihantui oleh mimpi buruk dan menemukan bahwa dia memiliki DNA Wraith karena eksperimen kuno pada leluhurnya. Ini memberinya hubungan mental dengan Wraith. Saat mencoba mengumpulkan informasi, seorang Wraith mengambil alih Teyla, mengungkapkan rencana mereka untuk menyerang Bumi. Episode ini berakhir dengan kesadaran bahwa Wraith sedang menuju Atlantis untuk mencapai tempat makan baru: Bumi.

Musim 1, Episode 19: Pengepungan, Bagian 1 - Saat kapal sarang Wraith mendekati Atlantis, tim McKay mencoba mengaktifkan kembali senjata satelit Kuno. Teyla menghadapi kecurigaan. Grodin terbunuh saat satelit kelebihan beban. Weir memulai penghancuran diri. Seorang penyusup Wraith, Bob, ditemukan. Episode berakhir dengan Atlantis bersiap menghadapi serangan Wraith yang tak terhindarkan.

Musim 1, Episode 20: Pengepungan, Bagian 2 - Saat Wraith semakin mendekat, Atlantis bersiap untuk evakuasi dan mengaktifkan penghancuran diri. Pasukan bantuan dari Bumi tiba, dipimpin oleh Kolonel Everett, tetapi situasinya tetap genting. Tim beralih ke Genii untuk meminta bantuan, mengamankan senjata nuklir. Akhirnya, mereka berencana untuk menyembunyikan kota setelah memancarkan nuklir di atasnya, menipu Wraith agar percaya Atlantis telah hancur.