Berlatar di Brasil alam semesta alternatif, Michiko to Hatchin menceritakan kisah Hana Morenos. Hana secara rutin dianiaya oleh setiap anggota keluarga angkatnya, yang hanya merawatnya karena pemerintah membayar mereka untuk melakukannya... sampai suatu hari, seorang narapidana yang melarikan diri bernama Michiko Malandro menerobos jendela dapur mereka dengan sepeda motor, mengaku sebagai ibu kandung Hana. Bingung tetapi bersedia melakukan apa saja untuk melarikan diri, Hana setuju untuk pergi bersamanya...