Naruto: Shippuden adalah kelanjutan dari serial animasi TV asli Naruto. Cerita ini berfokus pada Uzumaki Naruto yang lebih dewasa dan sedikit lebih matang dalam pencariannya untuk menyelamatkan temannya, Uchiha Sasuke, dari cengkeraman Shinobi mirip ular, Orochimaru. Setelah 2 setengah tahun, Naruto akhirnya kembali ke desanya, Konoha, dan mulai mewujudkan ambisinya, meskipun itu tidak akan mudah, karena ia telah mengumpulkan beberapa musuh (yang lebih berbahaya), seperti organisasi shinobi; Akatsuki.