Naruto mengikuti dengan dekat kehidupan seorang bocah yang ditakuti dan dibenci oleh penduduk desa tersembunyi, desa Konoha. Ketidakpercayaan terhadap bocah ini sedikit banyak tidak ada hubungannya dengan dirinya sendiri, tetapi apa yang ada di dalam dirinya yang menyebabkan kecemasan. Jauh sebelum Naruto ada, seekor Kyuubi (rubah iblis) dengan kemarahan dan kekuatan yang besar mengobarkan perang yang merenggut banyak nyawa. Pertempuran berlangsung lama hingga seorang pria yang dikenal sebagai Hokage Keempat, Yondaime, ninja terkuat di Konoha, bertarung dengan sengit melawan Kyuubi. Pertarungan itu segera dimenangkan oleh Yondaime saat ia menyegel iblis jahat itu ke dalam tubuh manusia. Dengan demikian, bocah itu, Naruto, lahir. Seiring Naruto tumbuh, ia memutuskan untuk menjadi ninja terkuat di Konoha dalam usaha untuk menunjukkan kepada semua orang bahwa ia tidak seperti yang mereka anggap, tetapi adalah seorang manusia yang layak dicintai dan dihormati. Namun, jalan untuk menjadi Hokage, gelar bagi ninja terkuat di Konoha, adalah jalan yang panjang dan penuh tantangan. Ini adalah jalan yang dipenuhi pengkhianatan, rasa sakit, dan kehilangan; tetapi dengan kerja keras, Naruto mungkin dapat mencapai Hokage.