La première saison de Stargate Atlantis lance une expédition humaine vers la galaxie de Pégase, où ils découvrent la légendaire cité perdue d'Atlantis. Dirigée par la diplomate civile Dr. Elizabeth Weir, l'équipe comprend le Major John Sheppard, un officier militaire doté d'une rare capacité génétique à opérer la technologie Ancienne, et Teyla Emmagan, une leader athosienne qui devient une alliée et un guide essentiel dans la nouvelle galaxie. Leur objectif principal est d'explorer Atlantis, de découvrir sa technologie avancée et de trouver un moyen de survivre dans une galaxie lointaine sans chemin immédiat pour rentrer chez eux. Cependant, leur arrivée réveille par inadvertance les Wraiths, une race extraterrestre puissante et parasitaire qui se nourrit d'humains, devenant l'ennemi le plus redoutable de l'expédition.

La saison établit rapidement la terrible menace des Wraiths alors que l'équipe navigue les défis de leur nouvelle demeure. Atlantis, initialement submergée, remonte à la surface de l'océan, mais ses réserves d'énergie sont dangereusement basses. Les premières rencontres avec les Wraiths sont brutales, menant au moment choquant où le Colonel Sumner est tué par Sheppard pour empêcher sa transformation complète en Wraith. L'expédition rencontre également d'autres civilisations humaines, comme les Genii, qui apparaissent initialement comme de simples fermiers mais se révèlent être une société militariste développant secrètement des armes pour combattre les Wraiths. Une dangereuse drogue hoffane, destinée à conférer l'immunité aux Wraiths, se révèle tragiquement mortelle pour ceux qui la prennent. Au fur et à mesure que la saison avance, les intentions des Wraiths deviennent claires : ils prévoient d'envahir Atlantis et d'utiliser son Stargate pour atteindre un nouveau terrain de chasse – la Terre.

Dans un climax désespéré, une flotte Wraith massive approche d'Atlantis, forçant l'équipe à se préparer pour un siège. Pendant les préparatifs, le Dr. Peter Grodin est tué lorsqu'un satellite de défense Ancien subit une surcharge. Avec des renforts terriens en route mais encore à plusieurs jours, l'équipe d'Atlantis élabore un plan risqué pour camoufler la cité et faire croire aux Wraiths qu'elle a été détruite, tout en se préparant à l'inévitable attaque.

La saison 1 de Stargate Atlantis couvre les épisodes 1-20. Voici tout ce qui s'est passé:

Saison 1, Épisode 1 : L'Ascension, Partie 1 - L'équipe du Dr Weir, incluant le Major Sheppard, voyage vers Atlantis dans la galaxie de Pégase, un voyage sans retour. Ils découvrent que la cité est sous l'eau et perd de l'énergie. La capacité de Sheppard à utiliser la technologie des Anciens devient cruciale. L'équipe rencontre les Athosiens et, involontairement, réveille les Wraiths. L'épisode se termine avec l'équipe bloquée, face à un avenir incertain.

Saison 1, Épisode 2 : L'Ascension, Partie 2 - L'équipe d'Atlantis, ainsi que des Athosiens capturés, sont emprisonnés par les Wraiths. Sheppard, Ford et Teyla s'échappent pour les secourir. Le Colonel Sumner est tué par Sheppard après avoir été transformé en Wraith. Atlantis remonte à la surface de l'océan alors que son bouclier tombe en panne. L'épisode se termine avec les Athosiens s'installant à Atlantis.

Saison 1, Épisode 3 : Cache-cache - Pendant que McKay teste la thérapie génique de Beckett et se retrouve piégé dans un bouclier personnel, un enfant athosien libère accidentellement une créature d'ombre. La créature se nourrit de l'énergie d'Atlantis, provoquant des dysfonctionnements. L'équipe attire l'entité à travers la Porte des Étoiles vers une planète inhabitée.

Saison 1, Épisode 4 : Trente-huit minutes - Alors qu'il revient d'une planète des Wraiths, Sheppard est attaqué par un insecte Iratus. Le Puddle Jumper de l'équipe se coince dans la Porte des Étoiles, leur laissant seulement 38 minutes avant que la porte ne se ferme. Teyla accompagne le corps de Sheppard dans le trou de ver. McKay et Zelenka travaillent à rétracter manuellement les nacelles de propulsion du Jumper. Ford dépressurise le Jumper, le poussant à travers la porte.

Saison 1, Épisode 5 : Suspicion - Après des embuscades répétées des Wraith, Weir suspecte un traître parmi les Athosiens. Les tensions montent alors que Weir confine et interroge les Athosiens, provoquant l'indignation de Halling et un exode massif. Sheppard découvre un émetteur Wraith caché dans le collier de Teyla, innocentant les Athosiens. Un Wraith est capturé, annonçant de futurs conflits.

Saison 1, Épisode 6 : La Fin de l'Enfance - L'équipe d'Atlantis s'écrase sur une planète où les habitants pratiquent le suicide rituel à 25 ans pour éviter les Wraiths. McKay découvre qu'un bouclier électromagnétique Ancien les protège, alimenté par un ZPM. Il le désactive, alertant sans le savoir les Wraiths. L'équipe réactive le bouclier, convainquant le chef, Keras, de reconsidérer la tradition sacrificielle. L'équipe repart, laissant les villageois faire face à un avenir incertain, libérés du rituel de suicide obligatoire.

Saison 1, Épisode 7 : Empoisonner la source - L'équipe d'Atlantis rencontre les Hoffans, qui développent un médicament pour devenir immunisés contre les Wraith. Le Dr Beckett les aide, mais les Hoffans se précipitent dans les essais sur l'homme. Malgré un taux de mortalité de 50 %, ils décident d'inoculer leur peuple. Le médicament s'avère efficace contre les Wraith, mais aussi mortel, entraînant une maladie généralisée. L'épisode se termine par la prise de conscience que la population Hoffan est confrontée à un avenir sombre en raison des effets secondaires du médicament.

Saison 1, Épisode 8 : Souterrain - L'équipe d'Atlantis, confrontée à des pénuries alimentaires, négocie avec les Genii, des fermiers apparemment simples. Cependant, ils découvrent que les Genii sont une société militariste développant secrètement des armes atomiques pour combattre les Wraith. Lors d'une mission de collecte de données sur les Wraith, Tyrus est tué par un Wraith, et Teyla le laisse derrière elle. L'alliance se dissout après des trahisons mutuelles, l'équipe obtenant des renseignements précieux sur les Wraith.

Saison 1, Épisode 9 : Retour - L'équipe d'Atlantis découvre une planète dotée d'une atmosphère riche en énergie et l'utilise pour composer la Terre. Ils rentrent chez eux, mais d'étranges événements révèlent qu'il s'agit d'une illusion créée par des êtres d'énergie qui sont tués lorsque la porte est activée. L'équipe retourne à Atlantis, leurs espoirs de secours anéantis lorsqu'ils apprennent un accident qui a détruit l'hyperdrive du Prométhée.

Saison 1, Épisode 10 : La Tempête - Alors qu'un ouragan massif menace Atlantis, l'équipe prévoit d'évacuer. McKay et Zelenka élaborent un plan risqué pour exploiter l'énergie de la tempête afin d'alimenter les boucliers de la ville. Les Genii, menés par Kolya, infiltrent Atlantis, capturant Weir et McKay. Sheppard doit arrêter les Genii et sauver Atlantis de l'invasion avant que la tempête ne frappe. L'épisode se termine avec Weir et McKay en otages.

Saison 1, Épisode 11 : L'Œil - Alors qu'une tempête massive approche d'Atlantis, le Commandant Kolya et ses soldats Genii s'emparent de la ville, prenant Weir et McKay en otage. Sheppard mène une guerre solitaire, sabotant la ville pour diviser les forces Genii. Sheppard active le bouclier de la porte, tuant les renforts Genii. Kolya est abattu et tombe à travers la Porte des Étoiles. La tempête se dissipe et Atlantis est sauvée.

Saison 1, Épisode 12 : Le Rebelle - L'équipe de Sheppard enquête sur un vaisseau Wraith abattu et découvre un Wraith en hibernation qui tue le Dr Abrams et se nourrit du Dr Gall. Le Wraith prend le contrôle de leur Jumper, mais Sheppard, avec l'aide de McKay, le leurre. Le Lieutenant Ford arrive et détruit le Wraith avec une frappe de drone.

Saison 1, Épisode 13 : Zone à risque - Après une tempête, une équipe d'exploration découvre un laboratoire où un virus mortel de nanites est libéré, provoquant des hallucinations et la mort. Une quarantaine à l'échelle de la ville est initiée. Sheppard et Teyla, en combinaisons hazmat, poursuivent un individu infecté. Pour éradiquer le virus, Sheppard fait exploser un générateur de Naquadah au-dessus d'Atlantis. Le nanovirus est exterminé, et la ville redevient normale.

Saison 1, Épisode 14 : Sanctuaire - L'équipe d'Atlantis découvre une planète apparemment sans Wraith, protégée par un mystérieux champ d'énergie. Ils y trouvent une société pré-technologique dirigée par la prêtresse Chaya, qui est secrètement une Ancienne ascensionnée. Chaya refuse d'offrir le sanctuaire aux étrangers mais visite Atlantis, créant un lien avec Sheppard. Finalement, Chaya retourne sur sa planète pour la défendre contre une attaque des Wraith, révélant sa vraie nature et son pouvoir.

Saison 1, Épisode 15 : Avant que je ne dorme - L'équipe d'Atlantis découvre une femme âgée en stase, qui se révèle être le Dr Weir d'une chronologie alternative. Elle raconte une arrivée désastreuse où Atlantis a été inondé, entraînant de nombreux morts. Weir a voyagé dans le passé pour modifier les événements, mais meurt dans le présent. La jeune Weir disperse ensuite les cendres de sa version plus âgée sur la ville.

Saison 1, Épisode 16 : La Confrérie - L'équipe de Sheppard cherche un ZPM sur Dagan, rencontrant les Genii et une Confrérie locale. Ils naviguent à travers un puzzle, mais l'équipe de Kolya subit une perte. La Confrérie, dirigée par Allina, révèle qu'elle ne renoncera pas au ZPM, estimant qu'elle doit le protéger jusqu'au retour des Anciens. Un dard Wraith scanne Atlantis.

Saison 1, Épisode 17 : Lettres de Pégase - Face à une flotte Wraith approchant, l'équipe d'Atlantis prépare une rafale de données vers la Terre, incluant des messages personnels. Sheppard et Teyla patrouillent les Wraith, promettant de l'aide au village d'Orin, mais ne peuvent garantir leur sécurité. L'équipe enregistre des messages sincères. L'épisode se termine par la transmission réussie vers la Terre, offrant un adieu sombre alors qu'Atlantis se prépare à l'attaque imminente des Wraith.

Saison 1, Épisode 18 : Le Don - Teyla est tourmentée par des cauchemars et découvre qu'elle possède de l'ADN Wraith suite à d'anciennes expériences sur ses ancêtres. Cela lui confère une connexion mentale avec les Wraith. Alors qu'elle tente de recueillir des informations, un Wraith prend le contrôle de Teyla, révélant leur plan d'envahir la Terre. L'épisode se termine avec la prise de conscience que les Wraith se dirigent vers Atlantis pour atteindre un nouveau terrain de chasse : la Terre.

Saison 1, Épisode 19 : Le Siège, Partie 1 - Alors que des vaisseaux-ruches Wraith approchent d'Atlantis, l'équipe de McKay tente de réactiver une arme satellite des Anciens. Teyla est suspectée. Grodin est tué lorsque le satellite surcharge. Weir déclenche l'autodestruction. Un infiltré Wraith, Bob, est découvert. L'épisode se termine avec Atlantis se préparant à l'inévitable attaque des Wraith.

Saison 1, Épisode 20 : Le Siège, Partie 2 - Alors que les Wraith se rapprochent, Atlantis se prépare à l'évacuation et active l'autodestruction. Les renforts de la Terre arrivent, menés par le Colonel Everett, mais la situation reste désespérée. L'équipe se tourne vers les Genii pour obtenir de l'aide, sécurisant des armes nucléaires. Finalement, ils prévoient de rendre la ville invisible après avoir projeté une bombe nucléaire au-dessus d'elle, trompant les Wraith qui croiront qu'Atlantis est détruite.