B: The Beginning se déroule dans un futur où des scientifiques ont tenté de créer "l'humain parfait" dans l'espoir de maintenir la paix dans l'univers. Ayant presque atteint leur objectif grâce à plusieurs enfants, les scientifiques envoient leurs "nouveaux humains" pour un entraînement supplémentaire, où ils sont enlevés par une organisation maléfique déterminée à utiliser leurs pouvoirs pour mettre en œuvre sa propre conception d'un nouvel ordre mondial.