Temporada 5, Episodio 1: A qué precio - Peter Burke se enfrenta a cargos de asesinato, lo que lleva a Neal a llegar a un acuerdo con Curtis Hagen. Neal falsifica la confesión de su padre y roba monedas de oro para asegurar la libertad de Peter. Peter es exonerado y ascendido, pero Hagen chantajea a Neal con imágenes del robo. Peter, ahora jefe de la división de Cuello Blanco, sospecha la participación de Neal y, al darse cuenta de que su asociación está comprometida, le asigna a Neal un nuevo manejador, poniendo fin efectivamente a su relación laboral directa.

Temporada 5, Episodio 2: Saliendo del fuego - El nuevo manejador de Neal investiga un mercado negro en línea, lo que lleva a Mozzie, cuyo nombre real, Teddy Winters, es revelado mientras Neal lo ayuda a fingir su muerte. Neal también destruye pruebas contra Curtis Hagen. El episodio concluye con Mozzie ayudando inesperadamente a Diana a dar a luz a su bebé, a quien ella llama Theo, un resultado irreversible que forja una conexión inesperada.

Temporada 5, Episodio 3: Una Última Vigilancia - Peter se adapta a su nuevo rol en el FBI mientras Neal es chantajeado por Curtis Hagen para robar un capítulo de un códice raro en un museo. Neal y Mozzie orquestan un atraco de distracción, utilizando a otro ladrón, Zev, para cubrir el verdadero objetivo de Neal. El plan se complica por el deseo de Peter de tener "una última vigilancia" con Neal. Finalmente, el Agente David Siegel es encontrado muerto, y Mozzie revela que hizo una copia del capítulo robado, dándoles influencia sobre Hagen.

Temporada 5, Episodio 4: Interés de Control - Peter envía a Neal de incógnito con la Dra. Mara Summers, una psiquiatra que manipula a sus pacientes para que cometan robos. Neal descubre sus métodos y, tras ser drogado, hace confesiones sinceras sobre su naturaleza. Más tarde, Neal droga a Summers para obtener su confesión. Finalmente, Neal se queda con los 2 millones de dólares robados, dándoselos a Mozzie. Declara que ha "vuelto al juego", abrazando sus inclinaciones criminales.

Temporada 5, Episodio 5: Plan Maestro - Neal se infiltra como mayordomo para desenmascarar a un impostor que afirma ser el heredero perdido hace mucho tiempo, Patrick Wolcott, de una familia adinerada. Las sospechas de Elizabeth llevan al equipo a descubrir que el impostor utiliza un dispositivo para falsificar ADN. Peter, a pesar de estar enfermo, ayuda a exponer el fraude. Rescatan con éxito al verdadero Patrick Wolcott, reuniéndolo con su familia, y el impostor es detenido.

Temporada 5, Episodio 6: Rompehielos - Peter y Neal se infiltran en una red rusa de pasaportes falsos en Little Odessa, con Peter haciéndose pasar por un entrenador de patinaje artístico y Neal como un agente deportivo. Reclutan a la patinadora Katya para ayudar a atrapar al líder de la red, Sergei, en su fiesta de compromiso. Mientras tanto, Neal recluta en secreto a Rebecca para que le ayude a descifrar el Códice Moscone, renovando las sospechas de Peter sobre las actividades clandestinas de Neal. El FBI desmantela la red después de que Katya apuñala a Sergei para escapar de su ataque con cuchillo.

Temporada 5, Episodio 7: Cierre en Quantico - Peter se une a su exnovia, Jill, en un caso de espionaje clasificado, lo que despierta las sospechas de Elizabeth. Mientras Neal y Elizabeth los observan encubiertamente, Neal también continúa descifrando el Códice con Rebecca. El caso se intensifica cuando mercenarios capturan a Peter y Jill, pero la rápida reacción de Elizabeth ayuda a liberar a Peter y Jill. Mientras tanto, Neal y Rebecca descubren que el Códice revela una vidriera y Neal y Rebecca comparten un beso.

Temporada 5, Episodio 8: Cavando más profundo - Neal y Peter recuperan un esqueleto y un huevo de T-Rex robados engañando al coleccionista Forsythe con una réplica falsificada. Peter desconfía del nuevo romance de Neal. Neal finalmente confiesa su verdadera identidad como informante criminal a Rebecca. Ella acepta su verdad, solidificando su relación en medio del misterio en curso del Códice Mosconi.

Temporada 5, Episodio 9: No Good Deed - Peter investiga un caso de robo que involucra una rara moneda de oro galesa, sin saber que Neal fue el ladrón. Neal y Mozzie intentan desviar a Peter mientras también trabajan para robar una vidriera para Hagen. Cuando Peter acorrala a Neal, Neal confiesa haber robado las monedas para proteger a Peter de un escándalo de soborno. Peter luego se enfrenta al fiscal, forzando su renuncia a cambio de no presentar cargos.

Temporada 5, Episodio 10: Live Feed - Neal y Mozzie trabajan para descifrar el Códice Mosconi para Hagen, quien tiene a Rebecca cautiva. Neal quema las páginas descifradas para forzar la liberación de Rebecca, y se reúnen. Sin embargo, Hagen es inesperadamente asesinado a tiros por un francotirador mientras intentaba revelar información a Peter. El episodio concluye con la impactante revelación de que Rebecca es la socia de Hagen y la verdadera mente maestra, habiendo orquestado los eventos e incluso matado a Siegel.

Temporada 5, Episodio 11: Disparado en el Corazón - Neal confronta la traición de Rebecca, descubriendo que es Rachel Turner, una agente renegada del MI5. La trampa de Peter y Neal resulta en su escape temporal, pero encuentran el arma homicida del Agente Siegel. Esto lleva al arresto de Rebecca. El episodio concluye con ella llamando a Neal desde la prisión, advirtiéndole que el juego no ha terminado.

Temporada 5, Episodio 12: Tomando Inventario - Peter recluta a Diana para una operación encubierta contra un corredor de bolsa deshonesto, mientras Neal interroga a Rebecca en prisión. Mozzie, cuidando niños, descifra los símbolos de Mosconi como números. El episodio termina con Rebecca escapando de prisión y escuchando el descubrimiento de diamantes de Mozzie por correo de voz, lo que prepara una peligrosa persecución.

Temporada 5, Episodio 13: Intercambio de Diamantes - Rebecca envenena a Mozzie, obligando a Neal y Peter a recuperar un diamante oculto para el antídoto. Neal finalmente cambia el diamante por un ladrillo, lo que lleva a la captura de Rebecca y la recuperación de Mozzie. A pesar de los esfuerzos de Peter, se niega la liberación anticipada de Neal. El episodio concluye con Neal siendo secuestrado por un grupo misterioso, su tobillera desechada.