La primera temporada de Stargate Atlantis lanza una expedición humana a la galaxia Pegaso, donde descubren la legendaria ciudad perdida de Atlantis. Liderado por la diplomática civil Dra. Elizabeth Weir, el equipo incluye al Mayor John Sheppard, un oficial militar con una rara habilidad genética para operar tecnología Antigua, y a Teyla Emmagan, una líder athosiana que se convierte en una aliada y guía vital en la nueva galaxia. Su objetivo principal es explorar Atlantis, descubrir su tecnología avanzada y encontrar una manera de sobrevivir en una galaxia distante sin un camino inmediato a casa. Sin embargo, su llegada despierta inadvertidamente a los Wraith, una poderosa y parasitaria raza alienígena que se alimenta de humanos, convirtiéndose en el enemigo más formidable de la expedición.

La temporada establece rápidamente la terrible amenaza de los Wraith mientras el equipo navega por los desafíos de su nuevo hogar. Atlantis, inicialmente sumergida, emerge a la superficie del océano, pero sus reservas de energía son críticamente bajas. Los primeros encuentros con los Wraith son brutales, lo que lleva al impactante momento en que el Coronel Sumner es asesinado por Sheppard para evitar su transformación completa en un Wraith. La expedición también encuentra otras civilizaciones humanas, como los Genii, que inicialmente parecen ser simples granjeros pero se revela que son una sociedad militarista que desarrolla secretamente armas para luchar contra los Wraith. Una peligrosa droga Hoffan, destinada a otorgar inmunidad a los Wraith, resulta trágicamente mortal para quienes la toman. A medida que avanza la temporada, las intenciones de los Wraith se vuelven claras: planean invadir Atlantis y usar su Stargate para llegar a un nuevo lugar de alimentación: la Tierra.

En un clímax desesperado, una enorme flota Wraith se acerca a Atlantis, obligando al equipo a prepararse para un asedio. Durante los preparativos, el Dr. Peter Grodin es asesinado cuando un satélite de defensa Antiguo se sobrecarga. Con los refuerzos de la Tierra en camino pero aún a días de distancia, el equipo de Atlantis idea un plan arriesgado para camuflar la ciudad y engañar a los Wraith para que crean que ha sido destruida, todo mientras se preparan para el inevitable ataque.

La temporada 1 de Stargate Atlantis cubre los episodios 1-20. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 1, Episodio 1: Ascenso, Parte 1 - El equipo del Dr. Weir, incluido el Mayor Sheppard, viaja a Atlantis en la galaxia Pegaso, un viaje de ida. Descubren que la ciudad está bajo el agua y perdiendo energía. La habilidad de Sheppard para usar tecnología Antigua se vuelve crucial. El equipo se encuentra con los Athosianos y, sin querer, despierta a los Wraith. El episodio concluye con el equipo varado, enfrentando un futuro incierto.

Temporada 1, Episodio 2: Ascenso, Parte 2 - El equipo de Atlantis, junto con los atosienses capturados, son encarcelados por los Wraith. Sheppard, Ford y Teyla escapan para rescatarlos. El Coronel Sumner es asesinado por Sheppard después de ser convertido en un Wraith. Atlantis asciende a la superficie del océano al fallar su escudo. El episodio concluye con los atosienses instalándose en Atlantis.

Temporada 1, Episodio 3: Escondite - Mientras McKay prueba la terapia génica de Beckett y queda atrapado en un escudo personal, un niño athosiano libera accidentalmente una criatura sombría. La criatura se alimenta de la energía de Atlantis, causando fallos. El equipo atrae a la entidad a través del Stargate hacia un planeta deshabitado.

Temporada 1, Episodio 4: Treinta y ocho minutos - Mientras regresan de un planeta Wraith, Sheppard es atacado por un insecto Iratus. El Puddle Jumper del equipo se atasca en el Stargate, dejándoles solo 38 minutos antes de que la puerta se cierre. Teyla acompaña el cuerpo de Sheppard al agujero de gusano. McKay y Zelenka trabajan para retraer manualmente las cápsulas de empuje del Jumper. Ford despresuriza el Jumper, empujándolo a través de la puerta.

Temporada 1, Episodio 5: Sospecha - Después de repetidas emboscadas de los Wraith, Weir sospecha de un traidor entre los Athosianos. Las tensiones aumentan cuando Weir confina y entrevista a los Athosianos, lo que lleva a la indignación de Halling y a un éxodo masivo. Sheppard descubre un transmisor Wraith escondido en el collar de Teyla, lo que exculpa a los Athosianos. Se captura a un Wraith, lo que presagia futuros conflictos.

Temporada 1, Episodio 6: El Fin de la Infancia - El equipo de Atlantis se estrella en un planeta donde los habitantes cometen suicidio ritual a los 25 años para evitar a los Wraith. McKay descubre que un escudo electromagnético de los Antiguos los protege, alimentado por un ZPM. Lo desactiva, alertando sin saberlo a los Wraith. El equipo reactiva el escudo, convenciendo al líder, Keras, de reconsiderar la tradición sacrificial. El equipo parte, dejando a los aldeanos a enfrentar un futuro incierto, libres del ritual de suicidio obligatorio.

Temporada 1, Episodio 7: Envenenando el pozo - El equipo de Atlantis se encuentra con los Hoffan, quienes están desarrollando un fármaco para volverse inmunes a los Wraith. El Dr. Beckett los asiste, pero los Hoffan se apresuran a realizar ensayos en humanos. A pesar de una tasa de mortalidad del 50%, deciden inocular a su pueblo. El fármaco demuestra ser efectivo contra los Wraith, pero también mortal, lo que provoca una enfermedad generalizada. El episodio concluye con la comprensión de que la población Hoffan se enfrenta a un futuro sombrío debido a los efectos secundarios del fármaco.

Temporada 1, Episodio 8: Subterráneo - El equipo de Atlantis, enfrentando escasez de alimentos, negocia con los Genii, aparentemente simples granjeros. Sin embargo, descubren que los Genii son una sociedad militarista que desarrolla en secreto armas atómicas para luchar contra los Wraith. Durante una misión para recopilar datos de los Wraith, Tyrus es asesinado por un Wraith, y Teyla lo deja atrás. La alianza se disuelve tras traiciones mutuas, y el equipo obtiene valiosa información sobre los Wraith.

Temporada 1, Episodio 9: Hogar - El equipo de Atlantis descubre un planeta con una atmósfera rica en energía y lo utiliza para marcar la Tierra. Regresan a casa, pero extraños sucesos revelan que es una ilusión creada por seres de energía que mueren cuando se activa el portal. El equipo regresa a Atlantis, sus esperanzas de rescate se desvanecen al enterarse de un accidente que destruyó el hiperimpulsor del Prometeo.

Temporada 1, Episodio 10: La Tormenta - Mientras un huracán masivo amenaza Atlantis, el equipo planea evacuar. McKay y Zelenka idean un plan arriesgado para aprovechar la energía de la tormenta para alimentar los escudos de la ciudad. Los Genii, liderados por Kolya, se infiltran en Atlantis, capturando a Weir y McKay. Sheppard debe detener a los Genii y salvar Atlantis de la invasión antes de que llegue la tormenta. El episodio concluye con Weir y McKay como rehenes.

Temporada 1, Episodio 11: El Ojo - Con una tormenta masiva acercándose a Atlantis, el Comandante Kolya y sus soldados Genii se apoderan de la ciudad, tomando a Weir y McKay como rehenes. Sheppard libra una guerra unipersonal, saboteando la ciudad para dividir las fuerzas Genii. Sheppard activa el escudo de la puerta, matando a los refuerzos Genii. Kolya recibe un disparo y cae a través de la Puerta de las Estrellas. La tormenta amaina y Atlantis se salva.

Temporada 1, Episodio 12: El Desafiante - El equipo de Sheppard investiga una nave Wraith derribada y descubre a un Wraith hibernando que mata al Dr. Abrams y se alimenta del Dr. Gall. El Wraith toma el control de su Jumper, pero Sheppard, con la ayuda de McKay, lo atrae hacia afuera. El Teniente Ford llega y destruye al Wraith con un ataque de drones.

Temporada 1, Episodio 13: Zona Caliente - Después de una tormenta, un equipo de reconocimiento descubre un laboratorio donde un virus mortal de nanites es liberado, causando alucinaciones y muerte. Se inicia una cuarentena en toda la ciudad. Sheppard y Teyla, con trajes de protección, persiguen a un individuo infectado. Para erradicar el virus, Sheppard detona un generador de Naquadah sobre Atlantis. El nanovirus es exterminado, y la ciudad vuelve a la normalidad.

Temporada 1, Episodio 14: Santuario - El equipo de Atlantis se encuentra con un planeta aparentemente libre de Wraith, protegido por un misterioso campo de energía. Descubren una sociedad pretecnológica liderada por la sacerdotisa Chaya, quien es secretamente una Antigua ascendida. Chaya se niega a ofrecer santuario a los forasteros, pero visita Atlantis, forjando una conexión con Sheppard. Finalmente, Chaya regresa a su planeta para defenderlo de un ataque de Wraith, revelando su verdadera naturaleza y poder.

Temporada 1, Episodio 15: Antes de que duerma - El equipo de Atlantis descubre a una anciana en estasis, que resulta ser la Dra. Weir de una línea temporal alternativa. Ella relata una llegada desastrosa donde Atlantis se inundó, resultando en muchas muertes. Weir viajó al pasado para alterar los eventos, pero muere en el presente. La joven Weir luego esparce las cenizas de su yo mayor sobre la ciudad.

Temporada 1, Episodio 16: La Hermandad - El equipo de Sheppard busca un ZPM en Dagan, encontrándose con los Genii y una Hermandad local. Navegan por un acertijo, pero el equipo de Kolya sufre una baja. La Hermandad, liderada por Allina, revela que no entregarán el ZPM, creyendo que deben protegerlo hasta que regresen los Antiguos. Un dardo Wraith escanea Atlantis.

Temporada 1, Episodio 17: Cartas desde Pegaso - Ante una flota Wraith que se aproxima, el equipo de Atlantis prepara una ráfaga de datos a la Tierra, incluyendo mensajes personales. Sheppard y Teyla exploran a los Wraith, prometiendo ayuda a la aldea de Orin, pero no pueden garantizar su seguridad. El equipo graba mensajes sinceros. El episodio concluye con la exitosa transmisión a la Tierra, ofreciendo una sombría despedida mientras Atlantis se prepara para el inminente ataque Wraith.

Temporada 1, Episodio 18: El Regalo - Teyla es atormentada por pesadillas y descubre que tiene ADN Wraith debido a experimentos antiguos en sus ancestros. Esto le da una conexión mental con los Wraith. Mientras intenta recopilar información, un Wraith toma el control de Teyla, revelando su plan de invadir la Tierra. El episodio concluye con la comprensión de que los Wraith se dirigen a Atlantis para alcanzar un nuevo terreno de alimentación: la Tierra.

Temporada 1, Episodio 19: El Asedio, Parte 1 - Mientras las naves colmena Wraith se acercan a Atlantis, el equipo de McKay intenta reactivar un arma satelital de los Antiguos. Teyla enfrenta sospechas. Grodin muere cuando el satélite se sobrecarga. Weir inicia la autodestrucción. Se descubre un infiltrado Wraith, Bob. El episodio concluye con Atlantis preparándose para el inevitable ataque Wraith.

Temporada 1, Episodio 20: El Asedio, Parte 2 - Mientras los Wraith se acercan, Atlantis se prepara para la evacuación y activa la autodestrucción. Llegan refuerzos de la Tierra, liderados por el Coronel Everett, pero la situación sigue siendo desesperada. El equipo recurre a los Genii en busca de ayuda, asegurando armas nucleares. Finalmente, planean ocultar la ciudad después de transmitir un arma nuclear sobre ella, engañando a los Wraith haciéndoles creer que Atlantis ha sido destruida.