Dexter Morgan es un analista de salpicaduras de sangre para Miami Metro que secretamente vive una doble vida como un asesino en serie, cazando a otros asesinos que han escapado de la justicia. Esta temporada, Dexter mata accidentalmente a Oscar Prado, el hermano del Fiscal Adjunto Miguel Prado. Este evento inesperado obliga a Dexter a una incómoda alianza con Miguel, mientras que su novia, Rita, revela que está embarazada, añadiendo una nueva y significativa complicación a su vida.

Mientras Dexter caza al traficante de drogas Freebo, es descubierto por Miguel, quien sorprendentemente agradece a Dexter por vengar a su hermano. Miguel se fascina con el "pasajero oscuro" de Dexter y quiere participar en su justicia vigilante. Dexter intenta enseñarle su código a Miguel, pero la verdadera naturaleza de Miguel emerge cuando comienza a matar fuera de las reglas de Dexter, asesinando notablemente a la abogada Ellen Wolf. Esto revela las intenciones manipuladoras de Miguel, convirtiendo su alianza en un peligroso juego del gato y el ratón. Dexter se da cuenta de que Miguel es una amenaza peligrosa y debe ser detenido.

La temporada culmina con Dexter enfrentándose y estrangulando a Miguel Prado hasta la muerte, incriminando a otro asesino, George King (conocido como "El Desollador"), por el asesinato. Dexter luego logra matar a George King después de ser capturado y torturado. La temporada concluye con Dexter casándose con Rita, aparentemente abrazando una vida normal, aunque una gota de sangre en el vestido de novia de Rita insinúa su oscuridad perdurable.

La temporada 3 de Dexter cubre los episodios 1-12. Aquí está todo lo que sucedió:

Temporada 3, Episodio 1: Nuestro Padre - Dexter mata por error a Oscar Prado, el hermano del Asistente del Fiscal de Distrito Miguel Prado, mientras intenta matar a un traficante de drogas. Esta muerte no planeada lleva a Dexter a formar una alianza incómoda con Miguel. Mientras tanto, Rita le revela a Dexter que está embarazada, añadiendo una nueva complicación significativa a su vida.

Temporada 3, Episodio 2: Encontrando a Freebo - Dexter caza al traficante de drogas Freebo, quien es responsable de la muerte de Teegan. Dexter mata con éxito a Freebo en un garaje independiente, pero es descubierto por Miguel Prado. Dexter alega defensa propia, y Miguel, sorprendentemente, le agradece a Dexter por vengar la muerte de su hermano. El episodio concluye con Dexter deshaciéndose del cuerpo de Freebo en el océano, mientras que Rita decide quedarse con su bebé.

Temporada 3, Episodio 3: El león duerme esta noche - Dexter descubre a un pedófilo, Nathan Marten, fotografiando a Astor. A pesar de que Marten no encaja con los criterios habituales, Dexter lo estrangula hasta la muerte, declarando: "Nadie lastima a mis hijos". Dexter también lidia con la inminente paternidad. El episodio concluye con Dexter llevando leche a la casa de Rita, colocando una mano sobre su vientre y aceptando su papel como padre.

Temporada 3, Episodio 4: Todo en Familia - Dexter le propone matrimonio a Rita, quien inicialmente se niega pero finalmente acepta después de que él usa frases de una mujer perturbada que está investigando. Dexter manipula al volátil hermano de Miguel, Ramón, para que tenga una confrontación agresiva, aislando aún más a Miguel y solidificando el control de Dexter. Ramón es presentado como inestable y poco confiable, y Dexter convence con éxito a Miguel de que él es el único en quien puede confiar.

Temporada 3, Episodio 5: Convirtiéndose en Biminese - Dexter rastrea a un esposo que asesinó a dos esposas por ganancias financieras hasta Bimini. Mientras tanto, Rita experimenta una emergencia médica durante una ecografía, lo que hace que Dexter reevalúe sus prioridades. La manipulación de Miguel Prado del "pasajero oscuro" de Dexter se intensifica a medida que Dexter se da cuenta de las verdaderas intenciones de Miguel.

Temporada 3, Episodio 6: Sí Se Puede - Dexter pone a prueba el compromiso de Miguel con su oscuro camino organizando que maten a un supremacista blanco, Clemson Galt. Mientras tanto, Debra sospecha que Ramón Prado es "El Desollador", y Rita considera una nueva oportunidad profesional. El episodio concluye con Dexter matando con éxito a Galt solo, dándose cuenta de que Miguel aún no está listo para compartir su muerte, y Miguel dándose cuenta de que Dexter lo ha engañado.

Temporada 3, Episodio 7: Pan Comido - Dexter está dividido entre su código y sus amistades. Lucha por reconciliar el deseo de Miguel de matar a la abogada Ellen Wolf con sus propias reglas. Mientras tanto, la amiga de Dexter, Camilla, que está enferma terminal, le pide que termine con su sufrimiento. Dexter finalmente aplica la eutanasia a Camilla con un pastel de lima envenenado, y ella muere pacíficamente, incluso reconociendo que Dexter tenía razón al matar a su hermano. Dexter y Miguel se reconcilian, y Miguel se convierte en su padrino de boda.

Temporada 3, Episodio 8: El daño que un hombre puede hacer - Dexter enseña a regañadientes a Miguel Prado el "Código" para matar a Billy Fleeter. Después de que Dexter inyecta a Fleeter, Miguel lo apuñala y lo mata, encontrando el acto estimulante. Mientras tanto, Debra descubre que su novio informante Anton está desaparecido, dándose cuenta de que ha sido secuestrado por el Skinner. Dexter le propone matrimonio a Rita, dándole un anillo de compromiso.

Temporada 3, Episodio 9: Sobre la noche anterior - La amistad de Dexter con Miguel se tensa mientras Rita lo confronta por una supuesta infidelidad. Debra busca frenéticamente a Anton, quien se revela que ha sido secuestrado por "El Desollador". Dexter descubre que Miguel asesinó a Ellen Wolf, y un análisis de sangre confirma que Miguel usó sangre de vaca para engañar a Dexter, revelando que Miguel lo ha estado manipulando todo el tiempo. El episodio concluye con Dexter dándose cuenta de que Miguel es una amenaza peligrosa.

Temporada 3, Episodio 10: Sigue Tu Propio Camino - La tensa alianza entre Dexter y Miguel llega a un punto de quiebre mientras participan en un peligroso juego del gato y el ratón. Miguel amenaza la carrera de Debra para manipular a Dexter, mientras que Dexter toma represalias exponiendo el romance de Miguel con LaGuerta a su esposa, Sylvia. El episodio culmina con Dexter siendo emboscado y secuestrado mientras contempla su próximo movimiento contra Miguel.

Temporada 3, Episodio 11: Tuve un sueño - Dexter es secuestrado inesperadamente para su despedida de soltero, solo para darse cuenta de que ahora debe eliminar a su padrino, Miguel. LaGuerta sospecha de la participación de Miguel en el asesinato de Ellen Wolf, lo que lleva a Dexter a tender una trampa. Dexter confronta y estrangula a Miguel Prado hasta la muerte, incriminando al Desollador por el asesinato. Debra se entera de la aventura de su padre con una IC, y Dexter le pide que sea su padrino.

Temporada 3, Episodio 12: ¿Aceptas a Dexter Morgan? - Dexter se prepara para su boda con Rita mientras simultáneamente lidia con las consecuencias de la muerte de Miguel y una nueva amenaza de George King. Dexter logra matar a George King después de ser capturado y torturado. El episodio concluye con Dexter y Rita casándose, sin darse cuenta de una gota de sangre cayendo del yeso de Dexter sobre el vestido de novia de Rita, insinuando una futura oscuridad.