Star Trek: Starfleet Academy spielt im 32. Jahrhundert, einer Ära in der fernen Zukunft des Star Trek-Universums, in der sich Starfleet und die Vereinigte Föderation der Planeten von einem katastrophalen Ereignis erholen, wie in Star Trek: Discovery dargestellt. Die Serie stellt den Zuschauern eine junge Gruppe von Kadetten vor, die zusammenkommen, um einen gemeinsamen Traum von Hoffnung und Optimismus zu verfolgen. Unter den wachsamen und fordernden Augen ihrer Ausbilder entdecken sie, was es braucht, um Offiziere der Sternenflotte zu werden, während sie sich durch aufkeimende Freundschaften, explosive Rivalitäten, erste Lieben und einen neuen Feind navigieren, der sowohl die Akademie als auch die Föderation selbst bedroht.