Yugi Moto adında genç bir çocuk, Kadim Mısır'dan kalma bir bulmacayı çözer ve karanlık ve güçlü bir alter egoyu ortaya çıkarır. Kendisi ve arkadaşları kötülükle tehdit edildiğinde, bu alter ego Milenyum Bulmacası'nın sınırlarından çıkarak suçluları Gölge Oyunları'na davet eder: İnsanların gerçek doğasını sınayan ölüm kalım durumları. Kaybedenler veya hile yapanlar, akıl sağlıklarını veya hatta hayatlarını kaybetmelerine yol açan ciddi cezalara çarptırılır. Arkadaşları Joey, Tristan, Téa ve Miho ile birlikte; Yugi ve karanlık sureti, düello canavarları kart oyununun acımasız şampiyonu Seto Kaiba ve Milenyum Yüzüğü'nü taşıyan, Yami Yugi'den daha vahşi bir ruha sahip Ryo Bakura gibi düşmanlarla karşı karşıya gelir. Yugi ve arkadaşları başarılı olacak mı, yoksa ruhlarını mı kaybedecekler?