Naruto, Konoha'nın gizli yaprak köyündeki köylüler tarafından korkulan ve nefret edilen bir çocuğun hayatını yakından takip ediyor. Çocuğa duyulan güvensizlik, onun kendisiyle pek ilgili değil, ama içindeki şey kaygı yaratıyor. Naruto'dan çok önce, büyük öfke ve güçle dolu bir Kyuubi (şeytan tilkisi) savaş açarak birçok hayat aldı. Savaş uzun süre devam etti ta ki Dördüncü Hokage olarak bilinen, Konoha'nın en güçlü ninjası Yondaime, Kyuubi ile şiddetli bir şekilde savaşana kadar. Mücadele kısa sürede Yondaime tarafından kazanıldı, çünkü kötü ruhu bir insan bedenine mühürledi. Böylece Naruto adındaki çocuk doğdu. Naruto büyüdükçe, herkesin onu düşündüğü gibi biri olmadığını, sevgi ve hayranlığı hak eden bir insan olduğunu göstermek için Konoha'nın en güçlü ninjası olmayı karar verir. Ancak Hokage olma yolu, Konoha'nın en güçlü ninjası unvanı için uzun ve zorlu bir yoldur. Bu yol, ihanet, acı ve kayıplarla doludur; ama sıkı çalışmayla, Naruto Hokage olmayı başarabilir.