Önceki Yu-Gi-Oh! serisinden birkaç yıl sonra geçen GX, prestijli Düello Akademisi'nde yeni bir düellocu neslini takip ediyor; burası kurşun kalemlerin ve kitapların Düello Diskleri ve canavar kartlarıyla değiştirildiği oldukça rekabetçi bir yatılı okul! Yine de, bu yükselen öğrenciler için mesele sadece notları yükseltmek değil; bir sonraki Oyunların Kralı olmak!