Efsaneye göre, gizemli Milenyum Bulmacası, kadim sırlarını çözen kişiye tek bir dilek hakkı verecektir. Bulmacayı çözen lise öğrencisi Yuugi Mutou, içinde barındırdığı tuhaf bir varlık olan "başka bir Yuugi"yi serbest bırakır. Artık, ne zaman bir ikilemle karşılaşsa, bu gizemli alter egosu ortaya çıkar ve sorunlarında ona yardım eder. Bu garip ruhun ardındaki gizemi çözmek isteyen Yuugi ve arkadaşları, Milenyum Bulmacası'nı çalmaya çalışan ve içindeki büyük gücü ele geçirmek için çaresizce uğraşan kişilerin kullandığı zorlu bir kart oyunu olan "Düello Canavarları"nda kendilerini birkaç rakiple rekabet ederken bulurlar. Sorular arttıkça, bu düellolarda ortaya konanın gururdan fazlası olduğunu anlamaları uzun sürmez.