Dünya yavaş yavaş ölüyor... İnsanların çöllerle çevrili büyük kubbeli şehirlerde yaşadığı kıyamet sonrası bir gelecekte, kurtların 200 yıldır neslinin tükendiğine inanılıyor. Ama bazı kurtlar hala hayatta. Bu kurtlar hayatta kalmak için kendilerini insan gibi göstererek yaşıyorlar. Wolf's Rain, cenneti bulmak için ay çiçeğinin kokusunu takip edecek dört kurdun, Kiba, Tsume, Hige ve Toboe'nin hikayesidir.